ESCHERICHIA COLI KAYNAKLI SIĞIR MASTİTİSLERİNİN SÜT MİKROBİYOMUNDA MEYDANA GETİRDİĞİ DEĞİŞİKLİKLERİN ARAŞTIRILMASI

DSpace Ana Sayfası
→
Tez
→
Doktora
→
Öğe Göster

dc.contributor.advisor	KIRKAN, Prof. Dr. Şükrü
dc.contributor.author	SEFEROĞLU, Yiğit
dc.date.accessioned	2026-06-24T10:20:55Z
dc.date.available	2026-06-24T10:20:55Z
dc.date.issued	2026-06-24
dc.date.submitted	2026-06-15
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11607/5478
dc.description.abstract	Amaç: Bu çalışmada, sığır mastitislerinden izole edilen Escherichia coli suşlarının patotipik karakterizasyonu ve mastitisli sütlerin mikrobiyom profillerindeki değişimlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Aydın ilindeki çiftliklerden toplanan 115 mastitisli ve 20 sağlıklı süt örneği incelenmiştir. Tespit edilen E. coli izolatlarının patotipleri PCR ile belirlenerek gruplandırılan sütlerin mikrobiyom analizleri 16S rRNA dizileme yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Örneklerin %20’sinde (n=23) E. coli tespit edilmiştir. İzolatların tamamı (%100) ETEC genlerini taşırken, %56,52’sinin (n=13) shiga toksin genleri ve %26,09’unun (n=6) eae geni taşıdığı tespit edilmiştir. İzolatların %60,87’sinin (n=14) hibrit patotip karakterinde olduğu tespit edilmiştir. Mikrobiyom analizlerinde, sağlıklı sütlerde Pseudomonadota (%42,86) ve Bacillota (%41,65) filumlarının dengeli dağılımına karşın, mastitisli sütlerde Pseudomonadota filumunun (%91,77-%98,58) belirgin bir disbiyozis tablosu oluşturduğu ve Enterobacteriaceae familyasının baskın hale geldiği saptanmıştır. Alfa ve beta çeşitlilik analizleri, enfeksiyonun mikrobiyal çeşitliliği azalttığını ve sütün ekolojik yapısını tamamen değiştiridğini ortaya koymuştur. Sonuç: Çalışma sonucunda E. coli’nin bölgedeki sığır mastitis vakalarındaki prevalansı ile beraber süt mikrobiyomunda farklı patotiplerin yarattığı değişiklikler ortaya konarak süt mikrobiyomunun patotip bazında değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.	tr_TR
dc.description.tableofcontents	KABUL VE ONAY …………...………………………..…………….…….……… i TEŞEKKÜR.……………………………………………………………...………… ii İÇİNDEKİLER.....…………………………………………….………...…..…….…. iii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ…..…………………….…………….… vi ŞEKİLLER DİZİNİ.….………….…………………………...………………...…… viii RESİMLER DİZİNİ.….………….…………………………...………………..…… x TABLOLAR DİZİNİ.….………….…………………………...……………………. xi ÖZET ……………………………………………………………………………..… xii ABSTRACT………………………………………………………………….…….. xiii 1. GİRİŞ.…………………….…………………...……………………….….…..….. 1 2. GENEL BİLGİLER.……………………..…………………………………....….. 3 2.1. Sığır Mastitisinin Etiyolojisi ve Patogenezi….………………….……………… 3 2.2. Mastitisin Klinik Sınıflandırması ….….……………………………………….. 3 2.2.1. Subklinik Mastitis...……………...……….…………………………………... 4 2.2.2. Klinik Mastitis...……….………………………………......……….………… 4 2.2.2.1. Perakut Mastitis…………………………......……….…………………… 4 2.2.2.2. Akut Mastitis…………………………......……….………………………… 4 2.2.2.3. Subakut Mastitis…………………………......……….…………………….. 5 2.2.2.4. Kronik Mastitis…………………………......……….……………………… 5 2.3. Mastitise Neden Olan Bakteriyel Etkenlerin Sınıflandırması....……………….. 5 2.3.1. Bulaşıcı (Kontagiyöz) Patojenler………………………….………….............. 5 2.3.2. Çevresel Patojenler.………………………………………………..…………. 6 2.3.2.1. Koliform Bakteriler…………………………………………..……………... 6 2.3.2.2. Çevresel Streptokoklar…………………………………………..………….. 6 2.3.3. Diğer Bakteriyel Etkenler………………..…………..……………………….. 6 2.4. Escherichia coli Kaynaklı Mastitis………………………………………...…… 7 2.5. Süt Mikrobiyotası.………………………….……………………………............ 10 3. GEREÇ VE YÖNTEM.……...…………………………………….…..…………. 16 3.1. Gereç.………………………………………………………….....…...……….... 16 3.1.1. Örnekler.……………………………………………………..….........….…… 16 3.1.2. Cihazlar.…………………………..………………..…..….………………….. 16 3.1.3. Kullanılan Solüsyonlar ve Besiyerleri..…………..……………………………. 17 3.1.3.1. Kanlı Agar…………..………………………………………………………. 17 3.1.3.2. Eosin Methylen-Blue Lactose Sucrose (EMB) Agar…………..…………..... 17 3.1.3.3. Tryptic Soy Agar…………..………………………………………………... 17 3.1.3.4. Triple Sugar Iron (TSI) Agar…………..…………………………..………... 17 3.1.3.5. Urea Broth…………..…………………………..……..……..……..….....… 18 3.1.3.6. Kovac’s İndol Ayıracı…………..…………………………..……..……..…. 18 3.1.3.7. Oksidaz Testi…………..…………………………..……..……..……..……. 18 3.1.3.8. Gram Boyama…………..…………………………..……..……..……..…... 18 3.1.3.9. Primerler…………..…………………………..……..……..……..……..…. 19 3.1.3.10. Tris-Asetat-EDTA (TAE) Tamponu…………..………………………….. 20 3.1.3.11. Jel Agaroz…………..…………………………..……..……..……..……... 20 3.1.3.12. DNA İşaretleyicisi…………..…………………………………………….. 20 3.1.3.13. Jel Yükleme Boyası…………..…………………………………………… 20 3.1.4. DNA Ekstraksiyonu……………………..……………………………………. 20 3.2. Yöntem…………………………………………………………………………. 21 3.2.1. Escherichia coli Fenotipik İzolasyon………………………………………… 21 3.2.2. Genotipik E. coli İzolasyonu...………………………….…………...………... 21 3.2.3. E. coli Patotip İdentifikasyonu…………….…………………………………. 23 3.2.4. Süt Örneklerinden DNA Ekstraksiyonu………………………………………. 24 3.2.5. Mikrobiyom Analizi……….…………………………………………………. 26 3.2.6. Biyoinformatik Analiz……….……………………………………………….. 29 4. BULGULAR………………………………………………………………….….. 31 4.1. İzolasyon ve İdentifikasyon Bulguları.……………….……………….………... 31 4.1.1. Fenotipik Bulgular……….……………….…………………………………... 31 4.1.2. Genotipik Bulgular…………………….……….……………….……………. 32 4.2. Patotip Bulguları………………………………………………….….…………. 33 4.3. Mikrobiyom Bulguları………………………………………………….….…… 34 4.3.1. OTU Temelli Benzerlik Analiz Bulguları……...……...….……………....…... 36 4.3.2. Temel Komponent Analiz (PCA) Bulguları……..……...……...….………….. 37 4.3.3. Alfa Çeşitlilik Analizi Bulguları…….…………...……...….……………....… 39 4.3.4. Beta Çeşitlilik Analizi Bulguları….…...……...….……………....…………… 42 4.3.5. Filum Düzeyinde Taksonomik Dağılım Bulguları….......………...……...…… 44 4.3.6. Familya Bazında Taksonomik Dağılım Bulguları……...……...….…………... 48 4.3.7. Genus Bazında Taksonomik Dağılım Bulguları……...……...….…………….. 51 4.3.8. Krona Analiz Bulguları……...……...….……………....………...……...……. 55 4.3.9. Lineer Diskriminant Etki Analizi (Lefse) Bulguları…...….……………....…... 64 5. TARTIŞMA.…………...……….…………………...……...….……………....…. 67 6. SONUÇ VE ÖNERİLER.……………………………..…………..………….…... 76 KAYNAKLAR ..………………………………...……...……………………….….. 77 BİLİMSEL ETİK BEYANI.………………………………………………………… 92 ÖZ GEÇMİŞ.…………………………………………...…………………………… 93	tr_TR
dc.language.iso	tur	tr_TR
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	tr_TR
dc.subject	16S rRNA dizileme, Disbiyozis, Escherichia coli, Mikrobiyom, Patotip, Sığır mastitisi, Süt mikrobiyomu.	tr_TR
dc.title	ESCHERICHIA COLI KAYNAKLI SIĞIR MASTİTİSLERİNİN SÜT MİKROBİYOMUNDA MEYDANA GETİRDİĞİ DEĞİŞİKLİKLERİN ARAŞTIRILMASI	tr_TR
dc.type	doctoralThesis	tr_TR
dc.contributor.authorID	10809017	tr_TR
dc.contributor.department	Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Veterinerlik Mikrobiyolojisi Anabilim Dalı	tr_TR