Sığırlarda Oküler İnfeksiyonlardan İzole Edilen Moraxella osloensis'in Moleküler Tanımlanması ve Antibiyotik Direnci

DSpace Ana Sayfası
→
Tez
→
Doktora
→
Öğe Göster

dc.contributor.advisor	Türkyılmaz, Süheyla
dc.contributor.author	Uçan, Neşe
dc.date.accessioned	2026-01-20T08:41:51Z
dc.date.available	2026-01-20T08:41:51Z
dc.date.issued	2025
dc.date.submitted	2025
dc.identifier.citation	Uçan N. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Veterinerlik Mikrobiyolojisi Programı, Doktora Tezi, Aydın, 2025.	tr_TR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11607/5431
dc.description.abstract	ÖZET Sığırlarda Oküler İnfeksiyonlardan İzole Edilen Moraxella osloensis'in Moleküler Tanımlanması ve Antibiyotik Direnci Uçan N. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Veterinerlik Mikrobiyolojisi Programı, Doktora Tezi, Aydın, 2025. Amaç: Bu çalışmada, infeksiyöz keratokonjunktivitis (İBK) belirtileri gösteren sığırların konjunktival sürüntü örneklerinden elde edilen aerobik bakteriyel etkenlerin konvansiyonel ve genotipik yöntemlerle tanımlanması, sığırlarda oküler enfeksiyonlarla nadir ilişkilendirilen Moraxella osloensis izolatının antimikrobiyal direnç profilinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Haziran 2024–Mayıs 2025 döneminde altı işletmeden, klinik olarak İBK şüphesi bulunan 62 sığırdan toplam 62 konjunktival sürüntü örneği alınmıştır. İzolatların fenotipik tanımlaması konvansiyonel yöntemlerle yapılmış, tür düzeyindeki identifikasyon ise 16S rRNA gen bölgesinin sekans analizi ile gerçekleştirilmiştir. Moraxella şüphesi taşıyan izolat ayrıca otomatik tanımlama sistemi (VITEK® 2) ile de incelenmiştir. Antibiyotik duyarlılık testi, disk difüzyon yöntemi kullanılarak yedi farklı antimikrobiyal aileyi temsil eden toplam sekiz antibiyotik ile yapılmıştır. Bulgular: Alınana 62 konjunktival sürüntü örneğinin, 32’si Gram pozitif, 12’si Gram negatif olmak üzere toplam 44'ünde (%71) bakteriyel üreme saptanmıştır. Gram negatif izolatlar arasında yer alan bir suşun 16S rRNA gen bölgesine (1091 bp) ait dizinin BLASTN analizi sonucunda M. osloensis türü ile yüksek derecede dizisel benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. En güçlü eşleşme, M. osloensis strain A1920 referans dizisi ile %98,2 kimlik ve %99 kapsama oranı ile saptanmıştır (GenBank: NR_104936.1; E=0.0). Antibiyogram testi, izolatın yalnızca sefotaksim ve imipeneme duyarlı olduğunu; diğer altı antimikrobiyal gruba karşı dirençli (çoklu antibiyotik dirençli) olduğunu göstermektedir. Sonuç: Sonuç olarak, bu çalışma M. osloensis’in sığırlarda oküler enfeksiyonların etiyolojisinde yer alabileceğini ve bu tür izolatların klinik tedavi seçeneklerini sınırlayabilecek düzeyde antibiyotik direnci taşıyabileceğini göstermektedir. Literatür taramasına göre, bu bulgular Türkiye’de sığırlarda göz enfeksiyonlarından bildirilen MDR M. osloensis izolatını temsil etmekte olup, hayvan ve halk sağlığı açısından One Health yaklaşımı kapsamında dikkatle değerlendirilmesi gereken bir duruma işaret etmektedir	tr_TR
dc.description.tableofcontents	İÇİNDEKİLER KABUL VE ONAY SAYFASI……………………………………………………………. i TEŞEKKÜR……………………………………………………………………………….. iii İÇİNDEKİLER……………………………………………………………………………... iiiii SİMGELER ve KISALTMALAR………………………………………………………….. vi RESİMLER DİZİNİ………………………………………………………………………... viii TABLOLAR DİZİNİ………………………………………………………………………. ix ÖZET……………………………………………………………………………………….. x ABSTRACT………………………………………………………………………………... xi 1. GİRİŞ……………………………………………………………………………………. 1 2. GENEL BİLGİLER……………………………………………………………………… 3 2.1. Tarihçe…………………………………………………………………………………. 3 2.2. Etiyoloji………………………………………………………………………………... 5 2.3. Epidemiyoloji………………………………………………………………………….. 10 2.4. Patogenez…………………………………………………………………..................... 12 2.5. Virulans Faktörleri…………………………………………………………………...... 14 2.5.1. Tip IV Pili……………………………………………………………………………. 14 2.5.2. Sitotoksin…………………………………………………………………………….. 15 2.5.3. Fosfolipaz B, Hidrolitik ve Proteolitik Enzimleri…………………………………… 16 2.5.4. Demir Alım Sistemleri ……………………………………………………………… 16 2.6. Klinik Belirtiler………………………………………………………………………... 17 2.7. Laboratuvar Teşhisi……………………………………………………………………. 17 2.7.1. Bakteriyoskopi……………………………………………………………………….. 17 2.7.2. Kültür………………………………………………………………………………… 18 2.7.3. Serolojik Testler……………………………………………………………………... 18 2.7.4. Moleküler Yöntemler………………………………………………………………... 18 2.8. Tedavi………………………………………………………………………………….. 19 2.9. Koruma ve Kontrol…………………………………………………………………….. 21 3. GEREÇ VE YÖNTEM………………………………………………………………….. 26 3.1. Gereç……………………………………………………………………………........ 26 3.1.1. Materyal……………………………………………………………………………… 26 3.1.2. Kullanılan Cihazlar.………………………………………………………................. 26 3.1.3. Kullanılan Besiyerleri……………………………………………………………..... 27 3.1.3.1. Kanlı Agar (KA)…………………………………………………………………… 27 3.1.3.2. MacConkey Agar……………………………………………………………….…. 28 3.1.3.3. Bile Aesculin Azide Agar (BEA)…..……………………………………………… 28 3.1.3.4. Kanlı Mueller-Hinton Agar (MhA)………….……………………..……………… 28 3.1.3.5. Triple Sugar Iron (TSI) Agar .……………………….…………………………… 28 3.1.3.6. Sabouraud Dextrose Agar (SDA)…………………………………………………. 29 3.1.3.7. Üre Broth …………………….…………………………………………………… 29 3.1.3.8. Brain Heart Infusion Broth (BHIB)……..….…………………………………….. 30 3.1.3.9. Brain Heart Infusion Broth (%20 Gliserinli) (BHIB)……..….…………………… 30 3.1.4. Biyokimyasal Reaktifler ve Boyalar………………………………………………… 31 3.1.4.1. Gram Boyama….. ………………………………………………………………... 31 3.1.4.2. Oksidaz Reaktifi…………………………………………………………………... 31 3.1.4.3. Katalaz Reaktifi…………..………………………………………………………... 31 3.1.4.4. Koagülaz Reaktifi………...………………………………………………………... 31 3.1.4.5. Kovacs Reaktifi...………………………………………………………………….. 31 3.1.5. Standart Suşlar ve Kontroller……………………………………………………….. 32 3.1.6. Moraxella Şüpheli İzolatın VITEK® 2 ile Değerlendirilmesi………………………. 32 3.1.7. Antibiyotik Diskler…………………………………………………………………... 32 3.1.8. Ploimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR)………………………………………………… 32 3.1.8.1. Solüsyon ve Boyalar……………………………….………………………………. 33 3.1.8.1.1. TBE buffer………………………………………………………………….......... 33 3.1.8.1.2. 5X FirePol Master Miks…………………………………………………………. 33 3.1.8.1.3. Yükleme tamponu…………………………………………..…………………… 34 3.1.8.2. Primerler……………………………………………………………........................ 35 3.1.8.3. SafeView…………………………………………………………………………... 35 3.1.8.4. Agaroz Jel……………….…………………………………….…………………… 35 3.1.8.5. Marker ………………………………………………………….…………………. 36 3.2. Yöntem………………………………………………………………………………… 36 3.2.1. Örneklerin Toplanması………………………………………………………………. 36 3.2.2. İzolasyon……………...…………………………………………..…………………. 38 3.2.3. İdentifikasyon……………………………………………………………………….. 38 3.2.3.1. Fenotipik………………..………………………………………………………...... 38 3.2.3.1.1. VITEK® 2………………………………………….……………………………. 40 3.2.3.2. Genotipik………………………………………….……………………………….. 40 3.2.3.2.1. DNA izolasyonu……………………………….………………………………… 40 3.2.3.2.2. DNA Kalite Kontrolü ve Jel Elektroforezi………………………………………. 41 3.2.3.2.3. PZR………………………………….…………………………………………... 41 3.2.3.2.4. Sekans analizi……………………………………………………………….…… 42 3.2.4. Antibiyotik Duyarlılık Testi………………………………………………………… 43 4. BULGULAR…………………………………………….………………….…………… 44 4.1. Bakteriyel İzolasyon …………………….………….…………………….…………… 44 4.1.1. Fenotipik……………………………………………………………………………... 44 4.1.1.1. Moraxella Cinsi İzolatın Biyokimyasal Özellikleri……………………………….. 45 4.1.2. Genotipik……………………………………………………………………………. 46 4.1.2.1. PZR……………………………………………………………………………….. 46 4.1.2.2. Sekans Analizi……………………………………………………………………. 47 4.1.2.2.1. M. osloensis İzolatının GenBank Üzerinden 16S rRNA Dizisi Analizi Sonuçları 52 4.2. M. osloensis İzolatının Antibiyotik Duyarlılığı………………………………………... 53 4.3. Mantar Kültürü Sonuçları……………………………………………………………… 54 5. TARTIŞMA ……………………………………………….………………….………… 55 6. SONUÇ VE ÖNERİLER……………………..……………………..…………………. 60 KAYNAKLAR……………………..……………………..……………………..……….. 62 EKLER. Ek 1. ADÜ-HADYEK…………………………………………………………… 72 EKLER. Ek 2. BİLİMSEL ETİK BEYANI...……………………………………………… 73 ÖZGEÇMİŞ……………………..……………………..……………………..……………. 74	tr_TR
dc.language.iso	tur	tr_TR
dc.publisher	T.C. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü	tr_TR
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	tr_TR
dc.subject	İnfeksiyöz keratokonjunktivitis, Moraxella spp., antibiyotik direnci, fenotipik tanı, 16S rRNA, sığır.	tr_TR
dc.title	Sığırlarda Oküler İnfeksiyonlardan İzole Edilen Moraxella osloensis'in Moleküler Tanımlanması ve Antibiyotik Direnci	tr_TR
dc.type	doctoralThesis	tr_TR
dc.contributor.department	T.C. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Veterinerlik Mikrobiyolojisi Doktora Programı	tr_TR