Kolibasillozisli broylerlerden aşılama öncesi ve sonrasında elde edilen kanatlı  patojenik Escherichia coli izolatlarının filogenetik karakterizasyonunun incelenmesi

DSpace Ana Sayfası
→
Tez
→
Doktora
→
Öğe Göster

dc.contributor.advisor	Türkyılmaz, Süheyla
dc.contributor.author	Sur, Erdem
dc.date.accessioned	2025-02-12T09:05:11Z
dc.date.available	2025-02-12T09:05:11Z
dc.date.issued	2025
dc.date.submitted	2025
dc.identifier.citation	Sur E. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Veterinerlik Mikrobiyolojisi Programı, Doktora Tezi, Aydın, 2025.	tr_TR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11607/5286
dc.description.abstract	ÖZET KOLİBASİLLOZİSLİ BROYLERLERDEN AŞILAMA ÖNCESİ VE SONRASINDA ELDE EDİLEN KANATLI PATOJENİK ESCHERİCHİA COLİ İZOLATLARININ FİLOGENETİK KARAKTERİZASYONUN İNCELENMESİ Sur E. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Veterinerlik Mikrobiyolojisi Programı, Doktora Tezi, Aydın, 2025. Amaç: Ticari zayıflatılmış canlı Escherichia coli aşısı ile aşılanan broiler sürülerinden elde edilen kanatlı patojenik E. coli (APEC) izolatlarının filogenetik gruplarındaki değişiklikleri, aşının filogenetik çeşitlilik üzerindeki etkilerini ve broylerlerin yaşamlarının erken ve geç dönemlerinde elde edilen APEC izolatlarının antibiyotik direnç profillerini karşılaştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmanın materyalini, 2022 yılı boyunca 15 çiftlikten, aşılama öncesinde 180 ve aşılama sonrasında 180 olmak üzere, toplam 360 E. coli izolatı oluşturdu. Bakteriyel identifikasyon ve antibiyotik duyarlılık testleri otomatize mikrobiyoloji sisteminde (BD Phoenix 100™) ve Gram-negatif identifikasyon kartı (NMIC/ID-433) kullanılarak yapıldı. İzolatların filogenetik gruplandırması chuA, yjaA, TspE4.C2 ve arpA genlerini hedef alan Clermont multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemine göre yapıldı. Filogenetik grupların aşılama öncesi ve sonrası dağılımı Ki-kare (χ2) testi ile istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Bulgular: Aşılama öncesinde, izolatlar sırasıyla B1 (%22,8), F (%21,7), E (%21,1), C (%12,2) ve D (%8,9) gruplarında yoğunlaşmıştır. Aşılama sonrasında ise grup A (%56,7) ve B1 (%27,2) grupları baskın hale gelirken; C, D ve B2 gruplarının tamamen kaybolduğu gözlemlenmiştir. Broylerlerin yaşamlarının erken döneminde, tetrasiklin ve penisilin grubu antibiyotiklere karşı yüksek direnç oranları tespit edilirken, geç dönemlerinde tetrasiklin, penisilin, kinolon ve folat grubu antibiyotiklere karşı direnç oranlarında belirgin bir artış gözlemlenmiştir. Sonuç: Broylerlere uygulanan ticari canlı zayıflatılmış E. coli aşının filogenetik grupların dağılımında dikkate değer değişikliklere neden olduğu, özellikle filogrup B1 hariç tüm filogruplarda önemli etkiye sahip olduğu belirlendi. İzolatların yaygın kullanılan antibiyotiklere karşı yüksek direnç oranlarına sahip olduğunu, ancak klinik açıdan kritik öneme sahip kolistin gibi antibiyotiklere karşı düşük direnç seviyeleri saptan	tr_TR
dc.description.tableofcontents	İÇİNDEKİLER KABUL VE ONAY ....................................................................................................................i TEŞEKKÜR ...............................................................................................................................ii İÇİNDEKİLER..........................................................................................................................iii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ.............................................................................vii ŞEKİLLER DİZİNİ....................................................................................................................x RESİMLER DİZİNİ.................................................................................................................xii TABLOLAR DİZİNİ...............................................................................................................xiii ÖZET.......................................................................................................................................xiv ABSTRACT…………………………………………………………………………............xiv 1. GİRİŞ......................................................................................................................................1 2. GENEL BİLGİLER................................................................................................................3 2.1. Kanatlı Patojenik Escherichia coli ......................................................................................3 2.1.1. Patojenik E. coli'nin Sınıflandırılması..............................................................................4 2.1.2. Patogenez..........................................................................................................................6 2.1.3. E. coli Serotiplerinin Yaygınlığı.......................................................................................6 2.1.4. E. coli’nin Filogenetik Sınıflandırması ............................................................................7 2.1.5. Virulans Faktörleri............................................................................................................8 2.1.5.1. Adezinler .......................................................................................................................8 2.1.5.2. İnvazinler.......................................................................................................................9 2.1.5.3. Demir Kazanım Sistemleri ............................................................................................9 2.1.5.4. Protektinler ....................................................................................................................9 2.1.5.5. Toksinler……………………………………………………………………………...10 2.1.5.6. Quorum Sensing Sistemi……………………………………………………………..11 iv 2.1.5.7. Sekresyon Sistemleri…………………………………………………………............11 2.1.5.8. İki Bileşenli Sistemler .................................................................................................12 2.1.5.9. Transkripsiyonel Düzenleyiciler .................................................................................12 2.1.6. Zoonotik Potansiyel........................................................................................................14 2.1.7. Önlemeve Kontrol ..........................................................................................................14 2.1.7.1. Yönetim ve Biyogüvenlik Önlemleri ..........................................................................15 2.1.7.2. Antibiyotiklerin Kullanımı ve Direnç Sorunları..........................................................15 2.1.7.3. Aşılar ...........................................................................................................................17 2.1.7.3.1. Poulvac® E. coli Aşısı……………………………………………………………...18 2.1.7. 4. Probiyotikler...............................................................................................................19 2.1.7.5. Bakteriyofajlar.............................................................................................................21 2.1.7.6. Yeni Alternatif Yaklaşımlar………………………………………………………….22 2.1.8. Sorunlar ve Öneriler……………………………………………………………………22 2.1.9. Sonuçlar ve Gelecek Perspektifleri……………………………………………………..23 3. GEREÇ VE YÖNTEM……………………………………………………………………..25 3.1.GEREÇ……………………………………………………………………………………25 3.1.1. Cihazlar………………………………………………………………………………...25 3.1.2. Materyal..........................................................................................................................25 3.1.3. Referans Suşlar...............................................................................................................26 3.1.4. Besiyerleri.......................................................................................................................26 3.1.4.1. Eosin Methylene Blue Agar ........................................................................................26 3.1.4.2. MacConkey Agar.........................................................................................................26 3.1.4.3. Kanlı Agar ...................................................................................................................27 3.1.4.4. Nutrient Agar...............................................................................................................27 3.1.4.5. Nutient Broth …..........................................................................................................27 3.1.4.6. Brain Hearth Infusion Broth …...................................................................................27 v 3.1.5. Ayraç ve Boyalar............................................................................................................28 3.1.5.1. Gram Boyama ….........................................................................................................28 3.1.5.4. Oksidaz Test Kiti…....................................................................................................28 3.1.5.3. Hidrojen Peroksit.........................................................................................................28 3.1.5.4. Kovaks Ayıracı ….......................................................................................................29 3.1.6. Antibiyotik Duyarlılık Testi ...........................................................................................29 3.1.7. Polimeraz Zincir Reaksiyonu .........................................................................................29 3.1.7.1. Solüsyon ve Boyalar....................................................................................................29 3.1.7.1.1. Tris, borik asit, EDTA buffer ..................................................................................29 3.1.7.1.2. Yükleme tamponu ....................................................................................................30 3.1.7.2. 5x FirePol® Master Miks............................................................................................30 3.1.7.3. Primerler……………………………………………………………………………...31 3.1.7.4. Agaroz Jel....................................................................................................................32 3.1.7.5.Marker………………………………………………………………………………...32 3.1.7.6. Elektroforez .................................................................................................................32 3.1.7.7. Görüntüleme ve Değerlendirme ..................................................................................32 3.2. Yöntem ..............................................................................................................................33 3.2.1. İzolatların Saflaştırılması ve Saklanması .......................................................................33 3.2.2. İdentifikasyon ve Antibiyotik Duyarlılık Testleri ..........................................................33 3.2.3. DNA Ekstraksiyonu........................................................................................................34 3.2.4. Polimeraz Zincir Reaksiyonu .........................................................................................35 3.2.5. İstatistiksel Analiz ..........................................................................................................36 4. BULGULAR ........................................................................................................................37 4.1. İdentifikasyon ....................................................................................................................37 4.2. Antibiyotik Duyarlılık Testi ..............................................................................................38 4.2. 1. Çoklu Antibiyotik Direnci.............................................................................................41 vi 4.3. Filotiplendirme ..................................................................................................................42 4.4. İstatistiksel Analiz .............................................................................................................44 5. TARTIŞMA..........................................................................................................................46 6. SONUÇ VE ÖNERİLER .....................................................................................................52 KAYNAKLAR.........................................................................................................................54 EKLER .....................................................................................................................................62 Ek 1. (ADÜ-HADYEK)..……………………………………………………………………..62 BİLİMSEL ETİK BEYANI .....................................................................................................63	tr_TR
dc.language.iso	tur	tr_TR
dc.publisher	T.C. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü	tr_TR
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	tr_TR
dc.subject	İlaç Direnci	tr_TR
dc.subject	Kanatlı Hayvan	tr_TR
dc.subject	Aşı	tr_TR
dc.subject	Escherichia coli	tr_TR
dc.subject	Filogeni	tr_TR
dc.title	Kolibasillozisli broylerlerden aşılama öncesi ve sonrasında elde edilen kanatlı patojenik Escherichia coli izolatlarının filogenetik karakterizasyonunun incelenmesi	tr_TR
dc.type	doctoralThesis	tr_TR
dc.contributor.department	T.C. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Veterinerlik Mikrobiyolojisi Anabilim Dalı Doktora Programı	tr_TR