MASTİTİSLİ İNEKLERDEN STAPHYLOCOCCUS AUREUS’UN MOLEKÜLER İDENTİFİKASYONU VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARININ BELİRLENMESİ

DSpace Ana Sayfası
→
Tez
→
Doktora
→
Öğe Göster

dc.contributor.advisor	PARIN, DOÇ. DR. UĞUR
dc.contributor.author	KURT, İLKER
dc.date.accessioned	2023-09-05T08:28:52Z
dc.date.available	2023-09-05T08:28:52Z
dc.date.issued	2023-09-04
dc.date.submitted	2023-08-07
dc.identifier.citation	MASTİTİSLİ İNEKLERDEN STAPHYLOCOCCUS AUREUS’UN MOLEKÜLER İDENTİFİKASYONU VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARININ BELİRLENMESİ, Kurt İ. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji Programı, Doktora Tezi, Aydın, 2023.	tr_TR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11607/5070
dc.description.abstract	Amaç: Bu tez çalışmasında, mastitisli ineklerden Staphylococcus aureus (S. aureus) izolasyonu, izole edilen suşlarda nuc, mecA ve blaZ genlerinin PCR ile araştırılması ve suşların veteriner sahada yaygın olarak kullanılan çeşitli antibiyotiklere karşı dirençliliğin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Aydın ili merkez ilçe ve çevresinde bulunan işletmelerden klinik mastitisli 41 hayvandan toplam 57 adet süt numunesi toplanmıştır. İzolasyon ve identifikasyon aşamalarını takiben Staphylococcus sp. olarak biyokimyasal identifikasyonu yapılan izolatların DNA ekstraksiyonları yapılmış, antibiyotik direnç genleri genotipik olarak polimeraz zincir reaksiyonu metoduyla araştırılmıştır. S. aureus ve Koagulaz Pozitif Stafilokok olarak identifiye edilen suşların antibiyotik duyarlılıkları/dirençlilikleri CLSI kriterleri tarafından önerildiği şekilde belirlenmiştir. Bulgular: İncelenen 57 süt örneğinden 15 (%26,3) adet Koagulaz Pozitif Stafilokok izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Koagulaz Pozitif Stafilokokların genotipik identifikasyon sonucu 6 (%10.5) adedi S. aureus olarak belirlenmiştir. Toplam 22 (%38,6) örnekte ise bakteriyel üreme saptanmamıştır. PCR sonucunda, Koagulaz Pozitif Stafilokok izolatlarında, 270 ve 517 bp uzunluğunda ürünler elde edilmiştir. Koagulaz pozitif olarak belirlenen 15 izolatın 6’sı S. aureus olarak doğrulanmıştır. 6 izolatın 2 adedinde blaZ genine rastlanmıştır. İzolatların hiçbirinde ise mecA genine rastlanmamıştır. Antibiyogram testi sonucunda S. aureus izolatları Penisilin G, Sülfometoksazol-Trimetoprim ve Amoksisilin-klavulanik asit’e %100 oranında dirençli, Vankomisin ve Klindamisine %100 oranında, Polimiksin B, Sefoperazon ve Oksasiline %83 oranında ve Enrofloksasin’e ise %50 oranında duyarlı olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Çalışma sonucunda S. aureus identifikasyonu %10,5 oranında gerçekleşmiştir. Araştırmamız ile birlikte Polimiksin B'nin alternatif bir mastitis terapötik ajanı olarak kullanımın potansiyeli ortaya çıkmıştır. Polymixin B'nin stafilokokal enfeksiyonlarla savaşmak için umut verici bir alternatif ajan olduğunu gösterilmektedir.	tr_TR
dc.description.tableofcontents	KABUL VE ONAY …………...………………………..…………….…………….. i TEŞEKKÜR ………………………………………………………….……………... ii İÇİNDEKİLER ..………………………………………….………...……….….…... iii RESİMLER DİZİNİ ….………….………………………...……………………….. vii TABLOLAR DİZİNİ ….………….……………………...…………………………. viii ÖZET ……………………………………………………………………………….. ix ABSTRACT……………………………………………………………….……….... x 1. GİRİŞ …………………….…………………...……………………….…….….... 1 2. GENEL BİLGİLER ……………………..………………………………....…….. 4 2.1. Etiyolojik Etkenlere Göre Mastitis Tipleri……………..………………………. 5 2.1.1. Bulaşıcı Mastitis ….….….…… ………………………................................... 5 2.1.2. Çevresel Mastitis ….….….…… ………………………................................... 6 2.2. Mastitise Neden Olan Başlıca Patojenler ……………………………………….. 6 2.3. Bulaşıcı Patojenler…………………………………………………………….... 6 2.4. Çevresel Patojenler……………………………………………………………… 7 2.5. Mastitise Neden Olan Bulaşıcı Etkenlerin Patogenezi………………………….. 8 2.6. Mastitis Tedavi Yöntemleri ve Korunma Stratejileri……………………………. 9 2.7. Staphylococcus Türleri…………………………………………………………. 11 2.7.1. Genel Özellikler……………………………………………………………… 12 2.7.2. Koagulaz Pozitif Stafilokoklar……………………………………………….. 12 2.7.3. Koagulaz Negatif Stafilokoklar……………………………………………… 14 2.7.4. Tarihçe……………………………………………………………………….. 15 2.7.5. Taksonomi…………………………………………………………………… 15 2.7.6. Virülens Faktörleri……………………………………………………………. 15 2.7.6.1. Membran Hasarına Neden Olan Toksinler………………………………….. 15 2.7.6.1.1. Alfa Hemolizin (Alfa Toksin) ……………………………………………. 15 2.7.6.2.2. β-Hemolizin (Sfingomyelinaz C) ………………………………………… 18 2.7.6.2.3. Gama Hemolizin ve PV-Lökosidin (İki Bileşenli Toksin) ………………. 20 2.7.6.2.4. Delta Hemolizin (Delta Lizin, Delta Toksin) …………………………….. 22 2.7.6.3. Pirojenik Toksin Süperantijenleri…………………………………………… 23 2.7.6.3.1. Toksik Şok Sendrom Toksin-1 (TTST-1)………………………………… 24 2.7.6.3.2. Stafilokokkal Enterotoksinler…………………………………………….. 26 2.7.6.3.3. Eksfoliyatif Toksinler……………………………………………………. 30 2.7.7. Stafilokokların Diğer Virülens Faktörleri……………………………………. 31 2.7.7.1. Clumping Factor A………………………………………………………….. 31 2.7.7.2. Clumping Factor B…………………………………………………………. 32 2.7.7.3. Fibronektin Bağlayıcı Proteinler…………………………………………… 33 2.7.7.4. SasX………………………………………………………………………… 33 2.7.7.5. Protein A……………………………………………………………………. 34 2.7.7.6. Demirle Düzenlenen Yüzey Proteinleri……………………………………. 35 2.7.8. Enzimler………………………………………………………………………. 36 2.7.9. Patogenez……………………………………………………………………... 38 2.7.10. Staphylococcus aureus Mastitis Patogenezi………………………………… 40 3. GEREÇ VE YÖNTEM…………………………………………………………… 43 3.1. Gereç…………………………………………………………………………… 43 3.1.1. İzolasyon Örnekleri…………………………………………………………… 43 3.1.2. Standart Suşlar, Pozitif ve Negatif Kontrol Suşları ………………………….. 43 3.1.3. Besiyerleri ……………………………………………………........................ 43 3.1.3.1. Kanlı Agar (Merck 1.10886)……………………………………………...... 44 3.1.3.2. Mannitol Salt Agar (Oxoid, CM 85)……………………………………….. 44 3.1.3.3. MacConkey Agar (Merck 1.05465)………………………………………… 44 3.1.3.4. Eosin Methylene Blue Agar (Merck 1.01347)……………………………… 44 3.1.2.5. Mueller Hinton Medium (Himedia®)………………………………………. 45 3.1.3.6. Brain Hearth Infusion Broth (Oxoid-CM1135) (% 20 gliserinli) …………… 45 3.1.3.7. Trypton Soya Agar (TSA) (Merck 105458)………………………………….. 45 3.1.3.8. Trypton Soya Broth (TSB) (Merck 105459)…………………………………. 45 3.1.3.9. Nutrient Broth (Merck 1.05443) …………………………………………….. 46 3.1.3.10. MR-VP Medium (Oxoid CM 43)…………………………………………… 46 3.1.3.11. Simmons Sitrat Besiyeri (SRL-SM 017) ………………………………... 46 3.1.3.12. DNAse Test Agar (Merck 1.10449)………………………………………… 46 3.1.4. Ayıraç ve Boyalar……………………………………………………………… 46 3.1.4.1. Oksidaz Ayıracı (Oxoid, BR 64) …………………………………………….. 47 3.1.4.2. Kovaks İndol Ayıracı (Merck 109293)………………………………………. 47 3.1.4.3. Methyl Red Ayıracı (MR)……………………………………………………. 47 3.1.4.4. Voges Proskauer Ayıracı (VP) ……………………………………………… 47 3.1.4.5. Gram Boyama Seti (Merck-111885) ………………………………………… 48 3.1.5. Solusyonlar …………………………………………………………………….. 48 3.1.5.1. TAE Elektroforez Buffer …………………………………………….......... 48 3.1.5.2. Gel Loading Buffer (6 X)…………………………………………………... 48 3.1.6. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)…………………………………………. 49 3.1.6.1. Kullanılan Cihazlar ………………………………………………………… 49 3.1.6.2. DNA ekstraksiyonu………………………………………………………….. 49 3.1.6.3. ExPrime taq premix (2X) (GeNet Bio®)…………………………………… 49 3.1.6.4. Primerler …………………………………………………………………… 49 3.1.6.5. Elektroforez Cihazı ………………………………………………………… 50 3.1.6.6. Agarose Jel Hazırlanışı …………………………………………………….. 50 3.1.6.7. Etidyum Bromür (AppliChem®)…………………………………………… 51 3.1.7. Antibiyotik Diskleri ……………………………………………………. 51 3.2. Yöntem ………………………………………………....................................... 51 3.2.1. Örneklerin Alınması ………………………………………………………... 51 3.2.2. Koagulaz Pozitif/Negatif Stafilokok ve Streptococcus sp. İzolasyonu………. 52 3.2.2.1. Koagulaz Pozitif/Negatif Stafilokok ve Streptococcus Türlerinin Tespiti İçin Gram Boyama…………………………………………………………………… 52 3.2.2.2. Staphylococcus ve Streptococcus Türlerinin Katalaz Testi ile Ayrımı…….. 52 3.2.2.3. Biyokimyasal Testler……………………………………………………….. 53 3.2.3. Gram Negatif Bakteri İzolasyonu……………………………………………. 54 3.2.3.1. Gram Negatif Bakterilerin Tespiti İçin Gram Boyama…………………….. 54 3.2.3.2. Biyokimyasal Testler……………………………………………………….. 54 3.2.4. Genotipik İdentifikasyon…………………………………………………….. 56 3.2.4.1. DNA İzolasyonu……………………………………………………………. 56 3.2.4.2. Multipleks PCR………………………………………………………………. 57 3.2.5. Antibiyotik Duyarlılık Testi…………………………………………………... 58 4. BULGULAR……………………………………………………………………… 56 4.1. İzolasyon ve Konvansiyonel İdentifikasyon Bulguları…………………………. 59 4.2. Genotipik İdentifikasyon Bulguları…………………………………………….. 61 4.3. Antibiyogram Bulguları………………………………………………………. 61 5. TARTIŞMA………………………………………………………………………. 63 6. SONUÇ VE ÖNERİLER…………………………………………………………. 74 KAYNAKLAR ..………………………………...……...……………………….….. 75 BİLİMSEL ETİK BEYANI ………………………………………………………… 93 ÖZ GEÇMİŞ …………………………………………...…………………………… 94	tr_TR
dc.language.iso	tur	tr_TR
dc.publisher	AYDIN ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ	tr_TR
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	tr_TR
dc.subject	S. aureus, Mastitis, Antibiyotik dirençliliği, İdentifikasyon, PCR	tr_TR
dc.title	MASTİTİSLİ İNEKLERDEN STAPHYLOCOCCUS AUREUS’UN MOLEKÜLER İDENTİFİKASYONU VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARININ BELİRLENMESİ	tr_TR
dc.type	masterThesis	tr_TR
dc.contributor.authorID	10571871	tr_TR
dc.contributor.department	Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü	tr_TR