dc.contributor.advisor |
Diker, K. Serdar |
|
dc.contributor.author |
Yavuz, Ufuk |
|
dc.date.accessioned |
2023-02-03T10:44:53Z |
|
dc.date.available |
2023-02-03T10:44:53Z |
|
dc.date.issued |
2023-01-09 |
|
dc.date.submitted |
2023-01-09 |
|
dc.identifier.uri |
http://hdl.handle.net/11607/4954 |
|
dc.description.abstract |
Amaç: Bu araştırmada yenidoğanların tedavi ve koruması amacıyla üretilen hiperimmun sığır serumlarında mikoplazmaların belirlenmesi için bakteriyolojik kültür, PCR ve LAMP yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlandı.
Gereç ve Yöntem: Araştırmada bakteriyel antijenlerle immunize edilen donör sığırlardan elde edilen ham serumlar, bunların çeşitli işlemlerden geçirilen final ürünleri ve deneysel kontamine edilmiş serum örnekleri kullanıldı. Mikoplazma tanısı için bakteriyolojik kültür, DNA ekstraksiyon, PCR ve LAMP yöntemleri deneysel olarak kontamine edilen serum örneklerinde optimize edildi ve karşılaştırıldı.
Bulgular: Deneysel olarak kontamine edilen sığır hiperimmun serum örneklerinde bakteriyolojik kültür ve PCR en az 103, LAMP ise en az 104 mikoplazmayı tespit etti. Örneklerden DNA ekstraksiyonunda fenol-kloroform-izoamilalkol yöntemi diğer ticari kitlere göre daha üstün bulundu. Donör hayvanlardan alınan ham serum örneklerinin %41.6’sı PCR ile, %25’i LAMP ile mikoplazmalar yönünden pozitif bulundu. Bakteriyolojik kültür yönteminde ise örneklerin hiçbirisinden mikoplazma izole edilemedi. Filtrasyon sonrası örneklerin hiçbirinde hiçbir yöntemle etken saptanmadı.
Sonuç: PCR ve bakteriyolojik kültürün hiperimmun serumlardaki Mikoplazma kontaminasyonunu saptamada en duyarlı yöntemler olduğu sonucuna varıldı. LAMP yönteminin duyarlılığının ve tekrarlanabilirliğinin diğer iki yönteme göre düşük olduğu anlaşıldı. Çalışma sonuçları ayrıca, ticari serum üretiminde mikoplazma kontaminasyonunun göz önünde bulundurulması ve son ürüne filtrasyon uygulanması gerektiğini gösterdi. |
tr_TR |
dc.description.tableofcontents |
KABUL VE ONAY i
TEŞEKKÜR ii
İÇİNDEKİLER iii
SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ v
RESİMLER DİZİNİ vii
TABLOLAR DİZİNİ viii
ÖZET ix
ABSTRACT x
1. GİRİŞ 1
2. GENEL BİLGİLER 2
2.1. Mycoplasmatacae Familyası 2
2.2. Mikoplazma Enfeksiyonları 6
2.3. Pasif İmmunizasyon 8
2.4. Mikoplazma Kontaminasyonları 12
2.5. Polimeraz Zincir Reaksiyonu 15
2.6. Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon 18
3. GEREÇ VE YÖNTEM 19
3.1. Gereç 19
3.1.1. Besiyerleri 19
3.1.2. PCR’da Kullanılan Solüsyonlar 20
3.1.2.1. TBE Buffer 20
3.1.2.2. Gel Loading Buffer 20
3.1.3. PCR ve LAMP Primerleri 20
3.1.4. DNA Polimeraz Enzimi ve Master Mix 24
3.1.4.1. Bst DNA Polimeraz Enzimi 24
3.1.4.2. SYBR Green 24
3.1.5. Agaroz Jel 24
3.1.6. Marker 24
3.1.7. Kullanılan Cihazlar 25
3.1.8. Hiperimmun Serum ve Çalışma Örnekleri 25
3.1.9. Pozitif ve Negatif Kontrol……………………………………………………………...25
3.2. Yöntem 26
3.2.1. Analiz Yöntemleri ve Örnekler 26
3.2.3. Bakteriyolojik Kültür ile İdentifikasyon 28
3.2.4. Moleküler İdentifikasyon 29
3.2.4.1. PCR Optimizasyon Çalışmaları 29
3.2.4.1.1. DNA Ekstraksiyon Optimizasyon Çalışmaları 29
3.2.4.2. DNA Ekstraksiyonu 30
3.2.4.3. DNA’nın Elektroforezi ve Saflık Kontrolü 31
3.2.4.4. Polimeraz Zincir Reaksiyonu 31
3.2.4.5. Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon 32
4. BULGULAR 34
4.1. Bakteriyolojik Kültür ile Kontaminasyon Tespiti 34
4.2. DNA Ekstraksiyon Optimizasyon Çalışma Bulguları 37
4.3. Polimeraz Zincir Reaksiyon Bulguları 39
4.4. Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon Analiz Bulguları 43
5. TARTIŞMA 49
6. SONUÇ 55
KAYNAKLAR……………………………………………………………………………….56
ÖZGEÇMİŞ…………………………………………………………………………………..64 |
tr_TR |
dc.language.iso |
tur |
tr_TR |
dc.publisher |
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü |
tr_TR |
dc.rights |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
tr_TR |
dc.subject |
Hiperimmun serum, Mycoplasmopsis bovis, Mikoplazma, Sığır, PCR, LAMP |
tr_TR |
dc.title |
Hiperimmun Serumlarda Mycoplasma Sp.'nin Pcr, Lamp Ve Bakteriyolojik Kültür İle Belirlenmesi |
tr_TR |
dc.type |
masterThesis |
tr_TR |
dc.contributor.authorID |
10523806 |
tr_TR |
dc.contributor.department |
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı |
tr_TR |