Docotettix cornutus Ribaut, 1948 (Hemiptera: Cicadellidae)'un DNA barkodlaması

Abstract

Bu çalışmada nar bahçelerinden toplananan Docotettix cornutus erginlerinden DNA dizisi elde ederek barkodlamasının yapılması amaçlanmıştır. Örnekler Aydın, İzmir, Manisa illerindeki nar bahçelerinden japon şemsiyesi kullanılarak toplanmıştır. Docotettix cornutus'un ilk olarak tür teşhisi yapılmış sonrasında DNA izolasyon işlemleri gerçekleştirilmiştir. Örneklerimizin dizi analizi HLO ve HCO primerleri kullanılarak yapılmıştır. Grup içi DNA farklılıkları incelendiğinde 499bç (SE05) ile 675bç (SE07) arasında sağlıklı okuma yapılmıştır. Örneklerimizde Timin %33,33 - %33,89, Sitozin %14,19 - %15,03, Adenin %31,86 - %32,94 ve Guanin %18,81 - %20,24 oranında bulunmuştur. Grup içi örnekler arası mesafe hesaplandığında SE05 ve SE07'nin aynı haplotipi taşıdığı SE15 ile SE5 örneklerinin ise birbirine en uzak haplotipleri içerdiği tespit edilmiştir. BlastN dizi analizi programı ile yapılan analizde Docotettix cornutus'a en yakın tür Synophropsis lauri olduğu tespit edilmiştir.Çalışmada kullanılan her bir örneğin COI gen bölgesindeki DNA dizileri tespit edilmiştir. DNA dizileri BLAST yapılarak NCBI tabanında benzerlik gösterebileceği örnekler ile karşılaştırılmıştır. Her bir örnek için NCBI kod numarası alınarak kaydedilmiştir.

In this study, it is aimed to obtain DNA sequence from Docotettix cornutus adults collected from pomegranate orchards and barcode them. Samples were collected from pomegranate orchards in Aydın, İzmir and Manisa provinces using japanese umbrellas. The first species identification of Docotettix cornutus was made, and DNA isolation processes were carried out. Sequence analysis of our samples was performed using HLO and HCO primers. When the intragroup DNA differences were examined, healthy readings were found between 499bp (SE05) and 675bp (SE07). In our samples, Thymine was found to be %33,33 - %33,89, Cytosine %14,19 - %15,03, Adenine %31,86 - %32,94 and Guanine %18.81 - %20.24.When the distance between samples within the group was calculated, it was determined that SE05 and SE07 carried the same haplotype, while SE15 and SE5 samples contained the haplotypes farthest from each other. In the analysis made with the BlastN sequence analysis program, it was determined that the closest species to Docotettix cornutus is Synophropsis lauri.DNA sequences in the COI gene region of each sample used in the study were determined. DNA sequences were compared with samples that could be similar on the NCBI base by BLAST. The NCBI code number was taken for each sample and recorded.