dc.contributor.advisor |
Savaşan, Serap |
|
dc.contributor.author |
Sayı, Orbay |
|
dc.date.accessioned |
2022-07-26T05:37:34Z |
|
dc.date.available |
2022-07-26T05:37:34Z |
|
dc.date.issued |
2022 |
|
dc.date.submitted |
2022-07-07 |
|
dc.identifier.uri |
http://hdl.handle.net/11607/4678 |
|
dc.description.abstract |
Amaç: Marmara Bölgesindeki ruminant türlerinde C.burnetii varlığının daha iyi değerlendirilmesi ve elde edilen MLVA profillerinin inaktif veri tabanları ile karşılaştırılması, elde edilen verilerle enfeksiyonlardan sorumlu suşların genotiplendirilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Tez çalışmasında, 2017-2019 yılları toplanan 32 sığır, 4 manda, 64 koyun, 8 keçi olmak üzere toplam 108 adet evcil ruminantlara ait aborte fetüs ve plasentala örnekleri materyali oluşturmaktadır. Numunelerin analizlerinde DNA ekstraksiyonu, Real Time PCR, Nested PCR ve MLVA yöntemleri kullanılmıştır.
Bulgular: Sunulan tez çalışmasında toplam 108 adet aborte fetüs ve plasenta örneği analiz edilmiştir. Numunelerin alındığı hayvan türleri incelendiğinde koyun örnekleri tüm incelenen numunelerinin %59,2 (64/108)’sini oluşturmuştur. Real Time PCR ile DNA’sı tespit edilen türler; koyun numunlerinde %20,3 (13/64), sığır numunelerinde %9,4 (3/32), keçi numunelerinde %25 (2/8) oranında olduğu belirlenmiştir. Manda numunelerinden herhangi bir pozitiflik tespit edilmemiştir. MLVA analizleri sonrasında tespit edilen C.burnetii suşlarının Dünya literatürleriyle karşılaştırılması sonrası yakınlık durumları kayıt edilmiştir.
Sonuç: Marmara Bölgesinde yer alan 12 İlden toplanan 108 adet evcil ruminantlara ait aborte fetüs ve plasenta örneklerinde C.burnetii varlığının tespiti ve MLVA yöntemiyle pozitif DNA’ya sahip numunlerin diğer Coxiella burnetii suşlarıyla olan ilişkilerinin araştırıldığı bu tez çalışmasında; hem Real Time hem de Nested PCR yöntemleriyle 18’er adet paralel C.burnetii DNA’sı saptanmıştır. 16 pozitifliğin MLVA yöntemiyle çalışılması sonucunda yakın ilişkisi bulunan suşlar kayıt edilmiştir. |
tr_TR |
dc.description.tableofcontents |
KABUL VE ONAY i
TEŞEKKÜR ii
İÇİNDEKİLER iii
SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ iv
ŞEKİLLER DİZİNİ v
RESİMLER DİZİNİ vi
TABLOLAR DİZİNİ vii
ÖZET ix
ABSTRACT x
1.GİRİŞ 1
2. GENEL BİLGİLER 3
2.1. Tarihçe 3
2.2. Bakteri Özellikleri 5
2.3. Epidemiyoloji 6
2.4. Coxiella burnetii’nin Türkiye’de Güncel Prevelansı 9
2.5. Bakterini Yaşam Döngüsü 12
2.5.1. Küçük ve Büyük Hücre Varyantları 12
2.6. C. burnetii İzolatlarının Çeşitleri 15
2.7. C. burnetii’nin Genotipleri 17
2.8. Q Humması Hastalığı 19
2.8.1. Klinik ve Laboratuvar Tanısı 21
2.8.2. Teşhis 23
2.8.2.1. Post mortem Muayene 23
2.8.2.2. Serolojik Muayene 23
2.8.2.3. PCR 24
2.8.2.4. Kültür ve Tiplendirme 25
2.8.3. Tedavi 25
2.8.4. Korunma 26
2.8.4.1. Aşılar 28
3. GEREÇ VE YÖNTEM 29
3.1. Gereç 29
3.1.1. Numunelerin Seçimi ve Hazırlanması 29
3.1.2. DNA Ekstraksiyonu 29
3.1.3. Nested PCR Analizi 30
3.1.4. Real Time PCR Analizi 32
3.1.5. MLVA Analizi 33
3.2. Yöntem 34
3.2.1. Numunelerin Hazırlanması 34
3.2.3. Real Time PCR Analizi 35
3.2.4. Nested PCR Analizi 36
3.2.5. Jel Elektroforez 37
3.2.6. MLVA 37
4. BULGULAR 39
4.1. İllere göre numune ve hayvan türleri 39
4.2. Real time PCR bulguları 40
4.3. Nested PCR bulguları 43
4.4. MLVA Analizi 44
5. TARTIŞMA 47
6. SONUÇ VE ÖNERİLER 54
KAYNAKLAR 56
EKLER 66
Ek 1. MLVA analizi sonuncunda oluşturulan gen lokus gruplarının çember diyagramı. 66
Ek.2 Etik Kurul Onayı 67
BİLİMSEL ETİK BEYANI 68
ÖZ GEÇMİŞ |
tr_TR |
dc.language.iso |
tur |
tr_TR |
dc.publisher |
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü |
tr_TR |
dc.rights |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
tr_TR |
dc.subject |
Coxiella burnetii |
tr_TR |
dc.subject |
MLVA |
tr_TR |
dc.subject |
Nested PCR |
tr_TR |
dc.subject |
Real Time PCR |
tr_TR |
dc.subject |
Ruminant |
tr_TR |
dc.title |
MARMARA BÖLGESİ RUMİNANT ABORTLARINDA Coxiella burnetii’nin REAL-TİME PCR İLE TEŞHİSİ VE MLVA İLE MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU |
tr_TR |
dc.type |
doctoralThesis |
tr_TR |
dc.contributor.department |
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Veteriner Fakültesi, Mikrobiyoloji Bölümü |
tr_TR |