Levreklerden (Dicentrarchus Labrax) İzole Edilen Vibrio Türlerinin Moleküler Tiplendirilmesi Ve Antibiyotik Dirençliliklerinin Belirlenmesi

DSpace Ana Sayfası
→
Tez
→
Doktora
→
Öğe Göster

dc.contributor.advisor	Kırkan, Şükrü
dc.contributor.author	Dolgun, Oğuzhan
dc.date.accessioned	2022-07-06T08:54:46Z
dc.date.available	2022-07-06T08:54:46Z
dc.date.issued	2022-07-06
dc.date.submitted	2022-06-27
dc.identifier.citation	DOLGUN O, KIRKAN Ş (2022) Levreklerden (Dicentrarchus labrax) İzole Edilen Vibrio Türlerinin Moleküler Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Dirençliliklerinin Belirlenmesi. Doktora tezi, Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Aydın/TÜRKİYE	tr_TR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11607/4672
dc.description.abstract	Amaç: Bu araştırma levreklerden izole edilen Vibrio türlerinin moleküler yöntemlerle identifikasyonunun yapılması ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi amacı ile yapıldı. Gereç ve Yöntem: Araştırma, Mayıs-Eylül 2021 tarihleri arasında, Ege bölgesi balık çiftliklerinden alının 100 levrek örneği ile gerçekleştirilmiştir. Örneklerden elde edilen izolatlar fenotipik ve genotipik olarak identifiye edildikten sonra antibiyotik dirençliliği disk diffüzyon yöntemi ve antibiyotik direnç genlerinin multipleks PCR ile tespitiyle yapılmıştır. Bulgular: Araştırmada 100 levrek örneğinden konvansiyonel ve biyokimyasal yöntemle 46 (%46) Vibrio spp. izolatı elde edilmiştir. Elde edilen 46 izolatın16S rRNA PCR ile Vibrio spp. olduğu doğrulanmıştır. Multipleks PCR ile 22 (47,8) izolatın V. alginolyticus, 13 (%28,2) izolatın V. harveyi, 3 (%6,5) izolatın V. parahaemolyticus, 1 (%2) izolatın V. vulnificus, 7 (%15) izolatın Vibrio spp. olduğu belirlenmiştir. Antibiyogramda en yüksek direncin ampisiline (%84,8) karşı geliştiği belirlenirken tüm izolatların enrofloksasin ve sulfametoksazol-trimetoprime (%100) duyarlı olduğu tespit edilmiştir. İzolatlarda en yüksek direnç geninin trimetoprim direnç geni (%63), en düşük direnç geninin ise florokinolon direnç geni (%6,5) bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmada Vibrio türlerinin balık hastalıklarda primer erken olarak önemli bir rolü olduğu ve identifikasyonda moleküler yöntemlerin daha güvenilir sonuç verdiği, izolatlar arasında tekli ve çoklu antibiyotik direnci bulunduğu tespit edilmiştir.	tr_TR
dc.description.tableofcontents	KABUL VE ONAY …………...………………………..…………….…………….. i TEŞEKKÜR ………………………………………………………….……………... ii İÇİNDEKİLER ..………………………………………….………...……….….…... iii ŞEKİLLER DİZİNİ ….………….………………………...……………….……….. vi RESİMLER DİZİNİ ….………….………………………...……………………….. vii TABLOLAR DİZİNİ ….………….……………………...…………………………. viii ÖZET ……………………………………………………………………………….. x ABSTRACT……………………………………………………………….……….... xi 1. GİRİŞ …………………….…………………...……………………….…….….... 1 2. GENEL BİLGİLER ……………………..………………………………....…….. 7 2.1. Vibriosis ……………………………………………………..…………………. 7 2.2. Antibiyotikler ve Direnç Mekanizmaları….….….…… ………………………... 11 2.2.1. Antibiyotik Direnç Genleri….….….…… ………………………..................... 15 2.3. Akuakültürde Antibiyotik Kullanımı ve Antibiyotik Direnci…………………… 19 3. GEREÇ VE YÖNTEM…………………………………………………………… 22 3.1. Gereç…………………………………………………………………………… 22 3.1.1. İzolasyon Örnekleri…………………………………………………………… 22 3.1.2. Kullanılan Besiyerleri, Solüsyonlar, Ayıraçlar……………………………….. 22 3.1.2.1. Kanlı Agar (Himedia®)……………………………………………………... 22 3.1.2.2. MacConkey Agar (Himedia®)……………………………………………... 23 3.1.2.3. Thiosulfate Citrate Bile Sucrose (TCBS) Agar (Himedia®)……………….. 23 3.1.2.4. Brain Heart İnfüzyon Broth (Himedia®)…………………………………… 24 3.1.2.5. Triptik Soy Agar (Himedia®)………………………………………………. 25 3.1.2.6. Mueller Hinton Medium (Himedia®)………………………………………. 25 3.1.2.7. Gram Boyama Kiti (Himedia®)……………………………………………. 26 3.1.2.8. 50X TAE (Tris, Asetik Asit, EDTA) Elektroforez Solüsyonu (Thermo Fisher Scientific®)…………………………………………………………………….. 26 3.1.2.9. 6X DNA Loading Dye (Thermo Fisher Scientific®)……………………….. 26 3.1.2.10. Tris/EDTA (TE) Buffer (Thermo Fisher Scientific®)…………………….. 27 3.1.2.11. Gel Loading Buffer (6X) (Thermo Fisher Scientific®)……………………. 27 3.1.2.12. NaCl (Himedia®)…………………………………………………………. 27 3.1.2.13. TE Buffer (10mM Tris+ 1mM EDTA) (Thermo Fisher Scientific®)……... 27 3.1.2.14. Katalaz Testi(Himedia®)………………………………………………….. 28 3.1.2.15. Oksidaz Testi (Oxoid ®)…………………………………………………… 28 3.1.2.16. Vibriostatik Ajan O/129 (Oxoid® DD14 ve DD15) Test Kiti ……………. 28 3.1.2.17. BD PhoenixTM ID Broth…………………………………………………… 28 3.1.2.18. BD PhoenixTM NMIC/ID-433……………………………………………... 29 3.1.2.19. BD PhoenixTM M50 Otomatize İdentifikasyon Sistemi…………………… 29 3.1.2.20. DNA Ekstraksiyon Kiti……………………………………………………. 29 3.1.2.21. ExPrime Taq Premix (2X) (GeNet Bio®)…………………………………. 30 3.1.2.22. Vibrio Türlerini Belirlemede Kullanılan Primerler……………………….. 30 3.1.2.23. Antibiyotik Direnç Genlerini Belirlemede Kullanılan Primerler…………. 31 3.1.2.24. Pozitif Kontroller………………………………………………………….. 31 3.1.2.25. Agaroz Jel…………………………………………………………………. 32 3.1.2.26. Marker…………………………………………………………………….. 32 3.1.2.27. Etidium Bromür (AppliChem®)…………………………………………… 32 3.1.2.28. Santrifüj Cihazı……………………………………………………………. 32 3.1.2.29. Termal Döngüleme Cihazı……………………………………………….... 32 3.1.2.30. Elektroforez Cihazı………………………………………………………... 33 3.1.2.31. Görüntüleme Cihazı……………………………………………………….. 33 3.2. Yöntem…………………………………………………………………………. 33 3.2.1. Fenotipik İzolasyon ve İdentifikasyon………………………………………... 33 3.2.2. Bakteriyel İzolatların BD Phoenix™ ile İdentifikasyonu…………………….. 34 3.2.3. Genotipik İdentifikasyon……………………………………………………... 34 3.2.3.1. DNA İzolasyonu……………………………………………………………. 34 3.2.3.2. DNA İzolasyonu Kit Prosedürü…………………………………………….. 34 3.2.3.3. PCR Analizi………………………………………………………………… 36 3.2.3.4. Elektroforez İşlemi…………………………………………………………. 36 3.2.4. Antibiyotik Duyarlılık Testleri……………………………………………….. 37 3.2.4.1. Kirby Bauer Disk Diffüzyon………………………………………………... 37 3.2.4.2. Multipleks PCR ile Antibiyotik Direnç Genlerinin Belirlenmesi ………….. 38 4. BULGULAR……………………………………………………………………… 39 4.1. Fenotipik İzolasyon ve İdentifikasyon Bulguları……………………………….. 39 4.2. BD Phoenix™ M50 İdentifikasyon Bulguları………………………………….. 39 4.3. PCR Analizi Bulguları………………………………………………………….. 40 4.3.1. Vibrio spp. 16S rRNA PCR Analizi Bulguları……………………………….. 40 4.3.2. Multipleks PCR Analizi Bulguları……………………………………………. 40 4.4. Antibiyotik Direnç Bulguları…………………………………………………… 45 4.4.1. Antibiyogram ………………………………………………………………… 45 4.4.2. Antibiyotik Direnç Genleri Sonuçları ………………………………………... 54 5. TARTIŞMA………………………………………………………………………. 62 6. SONUÇ VE ÖNERİLER…………………………………………………………. 71 KAYNAKLAR ..………………………………...……...……………………….….. 72 BİLİMSEL ETİK BEYANI ………………………………………………………… 91 ÖZ GEÇMİŞ …………………………………………...…………………………… 92	tr_TR
dc.language.iso	tur	tr_TR
dc.publisher	Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü	tr_TR
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	tr_TR
dc.subject	Antibiyotik dirençliliği, İdentifikasyon, PCR, Vibrio spp.	tr_TR
dc.title	Levreklerden (Dicentrarchus Labrax) İzole Edilen Vibrio Türlerinin Moleküler Tiplendirilmesi Ve Antibiyotik Dirençliliklerinin Belirlenmesi	tr_TR
dc.title.alternative	Molecular Typing Of Vibrio Species Isolated From Seabass (Dicentrarchus Labrax) And Detection Of Antibiotic Resistance	tr_TR
dc.type	doctoralThesis	tr_TR
dc.contributor.department	Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı	tr_TR