dc.contributor.advisor |
Sevindik, Emre |
|
dc.contributor.author |
Topseçer, Feyzanur |
|
dc.date.accessioned |
2021-09-13T11:33:30Z |
|
dc.date.available |
2021-09-13T11:33:30Z |
|
dc.date.issued |
2021 |
|
dc.date.submitted |
2021 |
|
dc.identifier.uri |
http://hdl.handle.net/11607/4208 |
|
dc.description.abstract |
TÜRKĠYE’DE YAYILIġ GÖSTEREN Carum L. (Apiaceae) CĠNSĠNE
AĠT TÜRLERĠN ITS, trnL-F, trnL ĠNTRON VE rbcL SEKANS
DĠZĠLERĠNE DAYALI FĠLOGENETĠK ANALĠZĠ
Feyzanur TOPSEÇER
Yüksek Lisans Tezi, Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı
Tez DanıĢmanı: Doç. Dr. Emre SEVĠNDĠK
2021, 101 Sayfa
Bu çalıĢma ile Türkiye de yayılıĢ gösteren Carum L. cinsine ait türlerin çekirdek
(nrDNA) ITS ve kloroplast (cpDNA) trnL-F, trnL intron ve rbcL bölgelerinin
moleküler sistematik analizi yapılarak nükleotid kompozisyon oranları ve türler
arası genetik uzaklık değerleri belirlenmiĢ ve filogenetik iliĢkileri
değerlendirilmiĢtir. ÇalıĢma sonucunda ITS (A + T) içeriği %47,4, (G + C) içeriği
%52,5; trnL-F (A + T) içeriği %64,2, (G + C) içeriği %35,7; trnL intron (A + T)
içeriği %64,3, (G + C) içeriği %35,7 ve rbcL (A + T) içeriği %54,8, (G + C)
içeriği %45,1 olarak netleĢtirilerek sekans analiz sonuçlarına göre ML ve NJ
ağaçları oluĢturulmuĢtur. ML sonuçlarına göre ITS, trnL intron ve rbcL
sonuçlarında türler arasında ayrım oluĢurken, trnL-F sonuçlarında ayrım
olmamıĢtır. NJ ağacında, ITS ağacımızda türler arasında gruplaĢma oluĢurken,
trnL-F, trnL intron ve rbcL sonuçlarında gruplaĢma olmadığı tespit edilmiĢtir. |
tr_TR |
dc.description.tableofcontents |
ĠÇĠNDEKĠLER
ÖZET .....................................................................................................................vii
ABSTRACT............................................................................................................ix
ÖNSÖZ ...................................................................................................................xi
KISALTMALAR DĠZĠNĠ.....................................................................................xix
ġEKĠLLER DĠZĠNĠ............................................................................................ xxiii
ÇĠZELGELER DĠZĠNĠ ........................................................................................xxv
1 . GĠRĠġ ..................................................................................................................1
1.1. Apiaceae (Umbelliferae) Familyası ..................................................................3
1.1.1. Apiaceae Familyasının Taksonomik Özellikleri ............................................4
1.1.2. Apiaceae Familyasının ÇeĢitliliği ve Kıtalara Dağılımı.................................5
1.1.3. Apiaceae Familyasının Ekonomik ve Tıbbi Önemi .......................................6
1.2. Türkiye‘de Apiaceae Familyası ........................................................................7
1.3. Carum L. Genel Özellikleri...............................................................................8
1.3.1. Carum L. Taksonlarına Ait Morfolojik Özellikler.........................................9
1.4. Moleküler Sistematik ........................................................................................9
1.4.1. Moleküler Sistematikte Kullanılan DNA ÇeĢitleri ......................................10
1.4.1.1. Çekirdek DNA‘sı (nrDNA).......................................................................11
1.4.1.1.1. Ġç Transkribe Olan BoĢluklar (Internal Transcribed Spacers, ITS)........12
1.4.1.1.2 ITS Bölgesinin Genel Özelikleri.............................................................13
1.4.1.2. Kloroplast DNA (cpDNA)........................................................................13
xiv
1.4.1.2.1. trnL-trnF (Genler Arası BoĢluk) ........................................................... 15
1.4.1.2.2. trnL intron ............................................................................................. 15
1.4.1.2.3. rbcL ....................................................................................................... 16
1.4.1.3. Mitokondriyal DNA (mtDNA) ................................................................. 17
1.5. Biyoinformatik Analiz .................................................................................... 19
1.5.1. Biyoinformatik ............................................................................................ 19
1.5.2. Biyolojik Veri Tabanları ve Programları ..................................................... 19
1.6. Filogenetik Analiz ve Ağaç OluĢturma .......................................................... 21
1.6.1. Filogenetik Ağacın Değerlendirilmesi ......................................................... 23
1.6.1.2. Filogenetik Ağaç OluĢturma Metotları ..................................................... 24
1.6.1.2.1. Uzaklık Tabanlı Metotlar....................................................................... 25
1.6.1.2.1.1. Kümeleme Tabanlı Metotlar ............................................................... 25
1.6.1.2.1.1.1. Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) 26
1.6.1.2.1.1.2. Neighbor-Joining (NJ) ..................................................................... 26
1.6.1.2.1.2. Optimalite Tabanlı Metotlar ............................................................... 26
1.6.1.2.1.2.1. Fitch-Margoliash (FM) .................................................................... 26
1.6.1.2.1.2.2. Minimum Evolution (ME) ............................................................... 27
1.6.1.2.2. Karakter Tabanlı Metotlar ..................................................................... 27
1.6.1.2.2.1. Maksimum Parsimony (MP) .............................................................. 27
1.6.1.2.2.2. Maksimum Likelihood (ML) .............................................................. 28
1.6.1.2.2.3. Bayes Metodu ..................................................................................... 28
xv
2. KAYNAK ÖZETLERĠ ...................................................................................... 29
3. MATERYAL VE YÖNTEM ............................................................................. 39
3.1. Materyal .......................................................................................................... 39
3.1.1. Bitkisel Materyal .......................................................................................... 39
3.1.2. DıĢ Grup Seçimi ........................................................................................... 40
3.1.3. Kullanılan Cam Malzeme ve Plastik Malzemelerin Hazırlanması............... 41
3.1.4. ÇalıĢmada Kullanılan Kimyasallar............................................................... 41
3.1.4.1. Genomik DNA Ġzolasyonunda Kullanılan Kimyasallar ............................ 41
3.1.4.2. PCR‘ de Kullanılan Kimyasallar ............................................................... 42
3.2. Metot ve Yöntem............................................................................................. 43
3.2.1. GeneMark Kiti ile Yapılan DNA Ġzolasyonu ............................................... 43
3.2.2. Polimeraz Zincir Reaksiyonunda (PCR) Kullanılan Protokoller ................. 44
3.2.3. Agaroz Jel Elektroforezi .............................................................................. 46
3.2.4. Biyoinformatik Analiz ................................................................................. 47
3.2.4.1. Dizileme ve Dizi Analizi ........................................................................... 47
3.2.5. Filogenetik Analiz ........................................................................................ 48
4. BULGULAR ...................................................................................................... 49
4.1. DNA Ġzolasyonu.............................................................................................. 49
4.2. PCR Sonuçları ................................................................................................. 49
4.2.1. ITS PCR Reaksiyonları ................................................................................ 49
4.2.2. trnL-F PCR Reaksiyonları ........................................................................... 49
xvi
4.2.3. trnL intron PCR Reaksiyonları .................................................................... 50
4.2.4. rbcL PCR Reaksiyonları .............................................................................. 51
4.3. Dizileme ve Dizi Analizi ................................................................................ 51
4.3.1. Dizileme Reaksiyonu ................................................................................... 51
4.3.2. Dizilerin ĠĢlenmesi ....................................................................................... 52
4.3.3. Dizilerin Hizalanması .................................................................................. 53
4.3.4. Filogenetik Analiz ....................................................................................... 54
5. TARTIġMA VE SONUÇ .................................................................................. 55
5.1. ITS Bölgesine Ait Filogenetik Ağaçlar ve Analizi ......................................... 55
5.1.1. Carum L. Türlerine Ait ITS Bölgelerinin Nükleotid Kompozisyon Değerleri
............................................................................................................................... 55
5.1.2. Carum L. Türlerine Ait ITS Bölgelerinin Genetik Uzaklık Matrisi ............ 56
5.1.3. ITS Bölgesinin Maximum Likelihood ve Neighbor-Joining Analizi Sonucu
OluĢan Ağacı ......................................................................................................... 57
5.2. trnL-F Bölgesine Ait Filogenetik Ağaçlar ve Analizi .................................... 59
5.2.1. Carum L. Türlerine Ait trnL-F Bölgelerinin Nükleotid Kompozisyon
Değerleri ................................................................................................................ 59
5.2.2. Carum L. Türlerine Ait trnL-F Bölgelerinin Genetik Uzaklık Matrisi ....... 60
5.2.3. trnL-F Bölgesinin Maximum Likelihood ve Neighbor-Joining Analizi
Sonucu OluĢan Ağacı ............................................................................................ 60
5.3. trnL intron Bölgesine Ait Filogenetik Ağaçlar ve Analizi ............................. 62
5.3.1. Carum L. Türlerine Ait trnL intron Bölgelerinin Nükleotid Kompozisyon
Değerleri ................................................................................................................ 62
xvii
5.3.2. Carum L. Türlerine Ait trnL intron Bölgelerinin Genetik Uzaklık Matrisi . 63
5.3.3. trnL intron Bölgesinin Maximum Likelihood ve Neighbor-Joining Analizi
Sonucu OluĢan Ağacı ............................................................................................. 64
5.4. rbcL Bölgesine Ait Filogenetik Ağaçlar ve Analizi ........................................ 66
5.4.1. Carum L. Türlerine Ait rbcL Bölgelerinin Nükleotid Kompozisyon
Değerleri ................................................................................................................. 66
5.4.2. Carum L. Türlerine Ait rbcL Bölgelerinin Genetik Uzaklık Matrisi ........... 68
5.4.3. rbcL Bölgesinin Maximum Likelihood ve Neighbor-Joining Analizi Sonucu
OluĢan Ağacı .......................................................................................................... 68
KAYNAKLAR ...................................................................................................... 76
ÖZGEÇMĠġ ......................................................................................................... 101 |
tr_TR |
dc.language.iso |
tur |
tr_TR |
dc.publisher |
AYDIN ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ |
tr_TR |
dc.rights |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
tr_TR |
dc.subject |
Apiaceae, Carum, nrDNA, ITS, cpDNA, trnL-F, trnL intron, rbcL |
tr_TR |
dc.title |
Türkiye'de yayılış gösteren Carum L. (Apiaceae) cinsine ait türlerin ıts, trnL-F, trnL intron ve rbcL sekans dizilerine dayalı filogenetik analizi |
tr_TR |
dc.type |
masterThesis |
tr_TR |
dc.contributor.department |
Aydın Adnan Menderes Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı |
tr_TR |