dc.contributor.advisor |
Sevindik, Emre |
|
dc.contributor.author |
Aydoğan, Melike |
|
dc.date.accessioned |
2021-09-13T11:33:20Z |
|
dc.date.available |
2021-09-13T11:33:20Z |
|
dc.date.issued |
2021 |
|
dc.date.submitted |
2021 |
|
dc.identifier.uri |
http://hdl.handle.net/11607/4207 |
|
dc.description.abstract |
TÜRKĠYE’DE YAYILIġ GÖSTEREN CONRINGIA HESIT. EX. FABR.
(BRASSĠCACEAE) CĠNSĠNĠN ÇEKĠRDEK (nrDNA) ITS VE
KLOROPLAST (cpDNA) trnL-F DĠZĠLERĠNE DAYALI MOLEKÜLER
SĠSTEMATĠK ANALĠZĠ
Melike AYDOĞAN
Yüksek Lisans Tezi, Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı
Tez DanıĢmanı: Doç. Dr. Emre SEVĠNDĠK
2021, 53 Sayfa
Bu çalıĢma ile ülkemizde yayılıĢ gösteren Conringia cinsine ait türlerin çekirdek
(nrDNA) ITS ve kloroplast (cpDNA) trnL-F bölgelerinin moleküler sistematik
analizi yapılarak filogenetik iliĢkileri değerlendirilmiĢtir. ÇalıĢma sonucunda,
Conringia türlerine ait ITS bölgelerinin Adenin + Timin bazının en çok olduğu
türde oranı % 49.05 iken, en az olduğu türde ise % 40.39‟dur. Guanin + Sitozin
bazının en çok olduğu türde oran % 59.61 iken, en az olduğu türde % 50.95‟dir.
trnL-F bölgelerinin Adenin + Timin bazının en çok olduğu türde oran % 68.31 ve
en az olduğu türse ise bu oran % 57.54 çıkmıĢtır. Guanin + Sitozin bazının en çok
olduğu türde oran % 42.26 iken en az olduğu tüde ise % 31.69‟dur. Türler arası
genetik uzaklık matrisleri incelendiğinde, ITS verilerinde birbirine en yakın
mesafede olan türlerin değeri 0.00 iken, birbirine en uzak mesafede olan türlerin
değeri ise 0.17‟dir. trnL-F verilerinde birbirine en yakın mesafede olan türlerin
değeri 0.00, birbirine en uzak mesafede olan türlerin değerinin ise 0.90 olduğu
gözlemlenmiĢtir. ITS ve trnL-F bölgelerinin yapılan Neighbor-Joining analizi
sonucu oluĢan ağaçları 2 bütün grupdan oluĢmuĢtur. OluĢan filogenetik ağaçların
sonuçları birbirini desteklemiĢtir. |
tr_TR |
dc.description.tableofcontents |
ĠÇĠNDEKĠLER
ÖZET..................................................................................................................... vii
ABSTRACT ............................................................................................................ix
ÖNSÖZ ................................................................................................................... xi
KISALTMALAR DĠZĠNĠ ................................................................................... xvii
ġEKĠLLER DĠZĠNĠ ............................................................................................... xxi
ÇĠZELGELER DĠZĠNĠ ...................................................................................... xxiii
1. GĠRĠġ ................................................................................................................... 1
1.1. Dünya‟da ve Türkiye‟de Brassicaceae Familyası ............................................. 2
1.1.1. Brassicaceae Familyası„nın Genel Özellikleri ............................................... 2
1.1.2. Brassicaceae Familyası„nın Ekonomik ve Tıbbi Önemi ................................ 3
1.2. Conringia Cinsine Ait Taksonlar ...................................................................... 4
1.3. Moleküler Sistematik ........................................................................................ 5
1.3.1. Moleküler Sistematikte Kullanılan DNA ÇeĢitleri ........................................ 6
1.3.1.1. Çekirdek DNA‟sının Genel Özellikleri ve Sistematikte Kullanımı ............ 6
1.3.1.1.1. Ġç Transkribe Olan BoĢluklar ( ITS)......................................................... 6
1.3.1.2. Kloroplast DNA‟sının Genel Özellikleri ve Sistematikte Kullanımı .......... 8
1.3.1.2.1. Genler Arası BoĢluk (trnL-trnF).............................................................. 9
1.4. Filogenetik Analiz ve Filogenetik Ağaç............................................................ 9
1.4.1. Filogenetik Ağaç OluĢturmada Kullanılan Yöntemler ................................. 10
2. KAYNAK ÖZETLERĠ ...................................................................................... 11
xiv
3. MATERYAL VE YÖNTEM ............................................................................ 18
3.1. Materyal .......................................................................................................... 18
3.1.1. Bitkisel Materyal ......................................................................................... 18
3.1.2. ÇalıĢmada Kullanılan Kimyasallar .............................................................. 20
3.1.2.1. Genomik DNA Ġzolasyonunda Kullanılan Kimyasallar ........................... 20
3.1.2.1.1. GeneMark Kiti Ġle Yapılan Ġzolasyonda Kullanılan Kimyasallar ......... 20
3.1.2.1.2. PCR‟de Kullanılan Kimyasallar ............................................................ 20
3.2. Yöntem ........................................................................................................... 21
3.2.1. GeneMark Kiti ile Yapılan DNA Ġzolasyon Protokolü ............................... 21
3.2.2. Kullanılan PCR Protokolleri ........................................................................ 22
3.2.3. Agaroz Jel Elektroforezi .............................................................................. 22
3.2.4. Dizileme ve Dizi Analizi ............................................................................. 23
3.2.4.1. Dizileme Reaksiyonu................................................................................ 23
3.2.4.2. Dizilerin ĠĢlenmesi.................................................................................... 23
3.2.4.3. Dizi Hizalaması ........................................................................................ 25
3.2.4.4. Filogenetik Analiz .................................................................................... 25
4. BULGULAR ..................................................................................................... 26
4.1. DNA Ġzolasyonu ve PCR Sonuçları ............................................................... 26
5. TARTIġMA VE SONUÇ .................................................................................. 28
5.1. ITS Bölgesine Ait Filogenetik Ağaçlar ve Analizi ......................................... 28
5.2. trnL-F Bölgesine Ait Filogenetik Ağaçlar ve Analizi .................................... 33
xv
KAYNAKLAR ...................................................................................................... 43
ÖZGEÇMĠġ ........................................................................................................... 53 |
tr_TR |
dc.publisher |
AYDIN ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ |
tr_TR |
dc.rights |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
tr_TR |
dc.subject |
Conringia, Brassicaceae, nrDNA, ITS, cpDNA, trnL-F |
tr_TR |
dc.title |
TÜRKĠYE’DE YAYILIġ GÖSTEREN CONRINGIA HEIST. EX FABR. (BRASSICACEAE) CĠNSĠNĠN ÇEKĠRDEK (nrDNA) ITS VE KLOROPLAST (cpDNA) trnL-F DĠZĠLERĠNE DAYALI MOLEKÜLER SĠSTEMATĠK ANALĠZĠ |
tr_TR |
dc.type |
masterThesis |
tr_TR |
dc.contributor.department |
AYDIN ADNAN MENDERES ÜNĠVERSĠTESĠ FEN BĠLĠMLERĠ ENSTĠTÜSÜ TARIMSAL BĠYOTEKNOLOJĠ ANABĠLĠM DALI |
tr_TR |