dc.contributor.advisor |
Karaca, Orhan |
|
dc.contributor.author |
Sevim, Semih |
|
dc.date.accessioned |
2021-09-09T13:21:58Z |
|
dc.date.available |
2021-09-09T13:21:58Z |
|
dc.date.issued |
2020 |
|
dc.date.submitted |
2020 |
|
dc.identifier.uri |
http://hdl.handle.net/11607/4190 |
|
dc.description.abstract |
KARACABEY MERİNOSU KUZULARINDA MELANOKORTİN-4
RESEPTÖR (MC4R) GEN POLİMORFİZMİNİN BÜYÜME
ÖZELLİKLERİNE ETKİSİ VE SELEKSİYONDA KULLANIM
OLANAKLARININ ARAŞTIRILMASI
Semih SEVİM
Doktora Tezi, Zootekni Anabilim Dalı
Tez Danışmanı: Prof.Dr. Orhan KARACA
2020, 85 Sayfa
Karacabey Merinosu kuzularında yapılan bu çalışmada, Melanokortin-4 Reseptör
(Mc4R) geni bakımından polimorfizmin tanımlanması ve kuzuların büyüme
özellikleri bakımından genotipler arası farklılıkların ortaya konması amaçlanmıştır.
Bu çalışma Koyunculuk Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü bünyesindeki koyunculuk
şubesinde bulunan 300 baş Karacabey Merinosu kuzuda yürütülmüştür. Kuzuların
büyüme özelliklerinin genotiplere göre değişimini saptamak üzere doğum ağırlığı,
45., 90. ve 180. gün canlı ağırlıkları, 0-90.gün, 90-180.gün ve 0-180 gün ortalama
günlük canlı ağırlık artışları, 90 ve 180. gün vücut ölçümleri ve ultrason ölçümleri
yapılmıştır. Mc4R geni, dizi bilgileri temin edildikten sonra tasarlanan primer
çiftleri vasıtasıyla Mc4R1 ve Mc4R2 bölgelerine ayrılmış ve sırasıyla 825 ve 590
bç uzunluğundaki bu bölgeler sorunsuz olarak dizilenmiştir. DNA dizilimi
çıkartılan bu bölgelerden Mc4R1 bölgesi içerisinde 9.T>C, 12.G>C, 93.G>A ve
381.G>A SNP’leri; Mc4R2 bölgesi içerisinde ise 681.G>C ve 1016.G>A SNP’leri
tespit edilmiştir. 9.T>C SNP’inin 90. gün vücut ölçümlerinden sağrı genişliği
(p<0.05), 12.G>C SNP’inin 90. gün canlı ağırlığı ve 0-90.gün ortalama günlük canlı
ağırlık artışı (p<0.05), 93.G>A SNP’inin 90. gün vücut ölçümlerinden sağrı
genişiliği (p<0.05), 381.G>A SNP’inin 90. gün ultrason ölçümlerinden yağ kalınlığı
(p<0.01), 681.G>C SNP’sinin 90. gün vücut ölçümlerinden cidago yüksekliği ile
but çevresi (p<0.05), 90. gün ultrason ölçümlerinden yağ kalınlığı (p<0.01),
1016.G>A SNP’inin 180. gün canlı ağırlığı (p<0.05), sütten kesim öncesi ortalama
günlük canlı ağırlık artışı (p<0.05), sütten kesim sonrası günlük canlı ağırlık artışı
(p<0.01), 0-180.gün ortalama günlük canlı ağırlık artışı (p<0.05), 90. gün ultrason
ölçümlerinden deri kalınlığı (p<0.05), 180. gün ultrason ölçümlerinden kas derinliği
viii
(p<0.05) ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak Mc4R geninin koyunlarda
büyüme özellikleri için moleküler markör olarak kullanılabileceği düşünülmektedir |
tr_TR |
dc.description.tableofcontents |
İÇİNDEKİLER
KABUL VE ONAY SAYFASI.............................................................................. iii
BİLİMSEL ETİK BİLDİRİM SAYFASI ................................................................v
ÖZET..................................................................................................................... vii
ABSTRACT............................................................................................................ix
ÖNSÖZ ...................................................................................................................xi
KISALTMALAR VE SİMGELER DİZİNİ........................................................ xvii
ŞEKİLLER DİZİNİ...............................................................................................xix
ÇİZELGELER DİZİNİ .........................................................................................xxi
1. GİRİŞ ...................................................................................................................1
2. KAYNAK ÖZETLERİ ........................................................................................6
2.1. Karacabey Merinosu Irkı...................................................................................6
2.2. Koyun Yetiştiriciliğinde MLD (Musculus Longissimus Dorsi) Kasına ait
Ölçümlerin Önemi............................................................................................7
2.3. DNA Temelli Markörler....................................................................................8
2.3.1. Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPDs)...........................................8
2.3.2. Çoğaltılmış Parça Uzunluk Polimorfizmi (AFLPs) .......................................9
2.3.3. Tek Zincirli Konformasyon Polmorfizmi (SSCP) .........................................9
2.3.4. Sınırlandırılmış Parça Uzunluk Polimorfizmi (RFLPs) ...............................10
2.3.5. Mikrosatelitler..............................................................................................10
2.3.6. Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP) .............................................................10
2.4. DNA Dizi Analizi Yöntemleri ........................................................................11
2.4.1. Maxam Gilbert Yöntemi ..............................................................................12
2.4.2. Sanger Yöntemi............................................................................................12
2.5. Mc4R Geninin Yapısı ve İşlevi.......................................................................13
2.6. Koyunlarda MLD kası üzerine yapılan çalışmalar..........................................14
xiv
2.7. Çiftlik Hayvanlarında Mc4R Gen Polimorfizmi ile İlgili Yapılmış
Çalışmalar ................................................................................................... 16
2.7.1. Koyunlarda yapılan Çalışmalar................................................................... 16
2.7.2. Farklı Türlerde yapılan çalışmalar............................................................... 17
3. MATERYAL VE YÖNTEM ............................................................................ 20
3.1. Materyal.......................................................................................................... 20
3.2. Yöntem........................................................................................................... 20
3.2.1. Hayvanlara Ait Verim Özelliklerinin Belirlenmesi..................................... 20
3.2.2. Kan Örneklerinin Alınması ve Saklanması ................................................. 23
3.2.3. Kan Örneklerinden DNA İzolasyonu .......................................................... 23
3.2.4. DNA’nın Saflık ve Miktar Ölçümü............................................................. 24
3.2.5. Mc4R Geninin PCR ile Yükseltgenmesi..................................................... 24
3.2.6. Dizi Analizi ................................................................................................. 26
3.2.6.1. PCR ürünlerinin saflaştırılması ................................................................ 26
3.2.6.2. Döngüsel dizileme protokolü (Cycle Sequencing)................................... 26
3.2.7. İstatistik Analiz............................................................................................ 27
4. BULGULAR VE TARTIŞMA.......................................................................... 29
4.1. Genomik DNA İzolasyon Sonuçları............................................................... 29
4.2. Mc4R Gen Bölgesinin PCR ile Çoğaltılması ................................................. 29
4.3. DNA Dizi Analizi Sonuçları .......................................................................... 29
4.4. Dizi Analizi ile Genotipleme Sonuçları ......................................................... 33
4.5. Canlı Ağırlık, Vücut ve Ultrason ölçümleri ................................................... 37
4.5.1. Canlı Ağırlık, Vücut ve Ultrason Ölçümlerine Ait Tanımlayıcı İstatistikler
..................................................................................................................... 37
4.6. Mc4R Gen Polimorfizmi ile Büyüme ve Verim Özellikleri Arasındaki
İlişkiler ........................................................................................................ 39
4.6.1. Canlı Ağırlık Kayıtları ile Genotipler Arası İlişkiler................................... 39
xv
4.6.2. 90. Güne Ait Vücut ve Ultrason Ölçümleri ile Genotipler Arası İlişkiler....47
4.6.3. 180. Güne Ait Vücut ve Ultrason Ölçümleri ile Genotipler Arası İlişkiler..51
4.7. Haplotip Blokları ile Verim Özellikleri Arasındaki İlişkiler...........................54
4.7.1. Diplotipler ile Canlı Ağırlıklar Arasındaki İlişki .........................................57
4.7.2. Diplotipler ile 90. Güne Ait Vücut ve Ultrason Ölçümleri Arasındaki İlişki
.....................................................................................................................62
4.7.3. Diplotipler ile 180. Güne Ait Vücut ve Ultrason Ölçümleri Arasındaki
İlişki .............................................................................................................65
5. SONUÇ ..............................................................................................................68
KAYNAKLAR ......................................................................................................71
ÖZGEÇMİŞ ...........................................................................................................82 |
tr_TR |
dc.language.iso |
tur |
tr_TR |
dc.publisher |
AYDIN ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ |
tr_TR |
dc.rights |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
tr_TR |
dc.subject |
Karacabey Merinosu, DNA dizi analizi, SNP, Mc4R, Canlı Ağırlık, Vücut Ölçümleri |
tr_TR |
dc.title |
KARACABEY MERİNOSU KUZULARINDA MELANOKORTİN-4 RESEPTÖR (MC4R) GEN POLİMORFİZMİNİN BÜYÜME ÖZELLİKLERİNE ETKİSİ VE SELEKSİYONDA KULLANIM OLANAKLARININ ARAŞTIRILMASI |
tr_TR |
dc.type |
doctoralThesis |
tr_TR |
dc.contributor.department |
AYDIN ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ZOOTEKNİ ANABİLİM DALI |
tr_TR |