CANİNE VE FELİNE PARVOVİRUSLARININ VP2 GEN BÖLGESİ BAZLI MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU VE FİLOGENETİK ANALİZİ

Abstract

Amaç: Canine ve feline parvoviruslar köpek ve kedilerde sıklıkla enfeksiyon oluşturan, genellikle gastroenteritle seyreden ve küçük yaşlarda ölüme yol açabilen viruslardır. Tek iplikçikli DNA’ya sahip olan feline parvovirus’un VP2 gen bölgesindeki mutasyonlara bağlı konakçı bariyeri kırılarak köpeklerde CPV-2 ortaya çıktığı varsayılmaktadır. Sürekli gerçekleşen mutasyonların olması, dönüşüm içinde olan parvovirusların araştırılmasını gerekli kılmaktadır. Bu çalışmada eş zamanlı olarak feline ve canine parvovirusların moleküler ve filogenetik açıdan araştırılması hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Toplamda 25 kedi ve 25 köpeğe ait parvovirus şüpheli 50 numune toplanmıştır. Moleküler olarak araştırılması için PCR testi uygulanarak, pozitif numunelerin VP2 gen bölgesinin tamamı (1755 bp) sekans analizi yapılmştır. Data programları aracılığıyla sekans verileri değerlendirilmiştir. Genotiplendirmeleri ortaya konulup, aminoasit değişiklikleri gözlenerek filogenetik açıdan analizi yapılmıştır. Filogenetik analiz iki farklı metot (ML, NJ) kullanılarak yapılmış ve benzer sonuçların bulunması doğruluğu desteklemiştir. Ayrıca amino asit ifadelerine bakılan sekanslarda konakçı değişiminde rol oynayan kritik noktalar incelenmiştir. Bulgular: 50 adet numunede 4’ü (%16) köpeğe ait; 3’ü (%12) kediye ait olmak üzere toplam 7 (%14) tanesinde parvovirus pozitif tespit edilmiştir. Filogenetik ağaçta CPV 2a, 2b ve 2c olarak, FPV ise G1 ve G2 olarak alt gruplara ayrılmıştır. FPV sekansları G1 genogrubunda yer alırken, CPV sekansları 2a ve 2b genogrubunda bulunmuştur. VP2’nin 426. amino asit noktası halen en kritik konakçı belirleme ve genotiplendirme faktörü olarak saptanmıştır. Ayrıca VP2 üzerindeki 5, 297, 324 ve 370. amino asitlerde değişiklikler dikkat çekmektedir. Sonuç: Filogenetik analiz sonucunda dallanmanın kediler için FPV, köpeklerde CPV-2 şeklinde türe özgü olduğu görülmüştür. Feline ve canine parvovirusların eş zamanlı örneklenerek aynı çalışmada moleküler ve filogenetik değerlendirmenin yapılması sağlanmıştır. Aydın ilinden ilk defa feline ve canine parvovirus sekansına ait veriler Genbank’a tanımlatılmıştır. CPV ve FPV üzerine yapılan moleküler ve filogenetik araştırmalar gelecekte olası konakçı değişikliklerinin saptanması, kullanılan aşıların etkinliğinin gözlenmesi açısından önemli veriler sağlayacaktır.