dc.contributor.advisor |
Bozdoğan, Bülent |
|
dc.contributor.author |
Karaynir, Abdulkerim |
|
dc.date.accessioned |
2021-02-01T11:18:55Z |
|
dc.date.available |
2021-02-01T11:18:55Z |
|
dc.date.issued |
2021-02-01 |
|
dc.date.submitted |
2021-01-07 |
|
dc.identifier.uri |
http://hdl.handle.net/11607/3974 |
|
dc.description.abstract |
Doğada en fazla bulunan biyolojik topluluğu temsil eden bakteriyofajlar bakterileri
enfekte eden virüsler olarak tanımlanmaktadırlar. Bakteriyofajların en iyi bilinen
özelliklerinden biri tür spesifik olmalarıdır. Yeni antibiyotiklerin üretiminde yaşanan krizler
ve Dünya genelinde artan antibiyotik kullanımından dolayı dirençli bakterilere karşı
antibiyotik tedavisine alternatif bir yaklaşım arayışı gündeme gelmiştir. Buna paralel olarak,
aslında 100 yıldır var olan bakteriyofajların tedavi amaçlı kullanımı (Faj Terapi) günümüzde
tekrar bilim ve tıp dünyasının ilgi odağı haline gelmiştir. Dünya sağlık örgütü (DSÖ)
tarafından günümüzde hastane ve toplum etkenli tedavisi zor enfeksiyon hastalıklarının en
önemli etmenleri arasında patojenik Escherichia coli gösterilmektedir.
Bu tez kapsamında; çevresel örneklerden E. coli DH10B suşuna etkili litik
bakteriyofajların izolasyonu ve diyabetik ayak enfeksiyon (DAE) kökenli Escherichia coli
izolatlarına karşı etkinliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında plak
morfolojileri farklı 15 bakteriyofaj izole edilmiş ve restriksiyon endonükleaz profilleri
belirlenmiştir. Kesilen 9 fajdan 4 farklı faj profili saptanmış ve kesilmeyen 6 faj arasında E.
coli suşları üzerine etkilerine bakılarak 3 farklı faj biyotipi olduğu belirlenmiştir. Farklı
profildeki fajlar KK1’den KK7’e kadar kodlanmış ve çalışmaya dâhil edilen 30 klinik izolata
karşı etkinlikleri test edilmiştir. En yüksek litik aktiviteye sahip KK4 fajının izolatların
22’sine (%73) etkili olduğu ve tüm fajların karışımından hazırlanan kokteylin 3 izolat hariç
tüm bakterilere etki ettiği belirlenmiştir (%90). İzole ettiğimiz fajlar da dahil olmak üzere
fajların tedaviye yanıt vermeyen enfeksiyonlar için antibiyotiklerle birlikte kullanılabilme
potansiyeli vardır. Özellikle klinik E. coli izolatlarının %73’üne etkili olduğu tespit edilen
KK4 fajının bu amaçla kullanılma potansiyeli yüksektir. |
tr_TR |
dc.description.sponsorship |
Adnan Menderes Üniversitesi Rekombinant DNA ve Rekombinant Protein Araştırma ve Uygulama Merkezi |
tr_TR |
dc.description.tableofcontents |
KABUL VE ONAY SAYFASI i
TEŞEKKÜR ii
İÇİNDEKİLER iii
SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ v
ŞEKİLLER DİZİNİ vi
RESİMLER DİZİNİ vii
TABLOLAR DİZİNİ viii
ÖZET ix
ABSTRACT x
1. GİRİŞ 1
2. GENEL BİLGİLER 3
2.1. Bakteriyofajlar 3
2.1.1. Bakteriyofajların Keşfi 3
2.1.2. Bakteriyofajların Sınıflandırılması 4
2.1.3. Bakteriyofajların Yaşam Döngüleri 6
2.1.4. Bakteriyofajların Uygulama Alanları 9
2.2. Faj Terapi Çalışmaları 9
2.3. Escherichia coli 14
2.3.1 Escherichia coli’nin Tarihçesi 14
2.3.2. Escherichia coli’nin Etiyolojisi 15
2.3.3. Escherichia coli’nin Sebep Olduğu Enfeksiyonlar 15
2.3.4. Escherichia coli’de Antimikrobiyal Direnç 16
3. GEREÇ VE YÖNTEM 20
3.1. Gereç 20
3.1.1. Çalışmada Kullanılan Çevresel Örnekler 20
3.1.2. İndikatör Bakteri E. coli DH10B 20
3.1.3. Çalışmada Kullanılan Besiyerleri 20
3.1.4. Çalışmada Kullanılan Çözelti ve Kimyasallar 22
3.2. Yöntem 24
3.2.1. Çevresel Örneklerden Bakteriyofaj İzolasyonu 24
3.2.1.1. Faj süspansiyonlarının hazırlanışı 24
3.2.1.2. Spot test yöntemi ile faj etkinliklerinin belirlenmesi 25
3.2.1.3. Tek plak izolasyonu ile bakteriyofajların saflaştırılması 25
3.2.2. Bakteriyofaj Titrelerinin Belirlenmesi 27
3.2.3. Bakteriyofaj Genomu 28
3.2.3.1. Bakteriyofajlardan DNA izolasyonu 28
3.2.3.2. İzole edilen bakteriyofaj DNA’larının restriksiyon profillerinin belirlenmesi 29
3.2.4. Klinik Escherichia coli İzolatlarının MİK Değerlerinin Belirlenmesi 29
3.2.5. Saflaştırılan Fajların Klinik E. coli Suşları Üzerindeki Etkinliklerinin Belirlenmesi 31
3.2.6. Bakteriyofaj Genomunun Karakterizasyonu 32
3.2.6.1. Restriksiyon ürünlerinin plazmit vektörlere klonlanması 32
3.2.7. Bakteriyofajların Konak Aralığının Belirlenmesi (Spot-Test) 34
3.2.8. Bakteriyofajların Liyofilizasyonu 35
4. BULGULAR 36
4.1. Çevresel Örneklerden Bakteriyofaj İzolasyonu 36
4.2. İzolasyonu Yapılan Bakteriyofajların Saflaştırılması 37
4.3. Bakteriyofaj Titrelerinin Hesaplanması 38
4.4. Bakteriyofaj Genomu 40
4.4.1. E. coli Bakteriyofajlarından Total Genom İzolasyonu 40
4.4.2. İzole Edilen Bakteriyofaj DNA’larının Restriksiyon Profillerinin Belirlenmesi 41
4.4.3. Bakteriyofajların Genom Büyüklüklerinin Hesaplanması 42
4.5. Saflaştırılan Bakteriyofajların Klinik E. coli Suşları Üzerindeki Etkisi 42
4.6. Bakteriyofaj Genomunun Karakterizasyonu 45
4.6.1. Bakteriyofaj DNA’sının Dizi Analizi Sonuçları 47
4.7. Konakçı Aralığının Belirlenmesi 48
5. TARTIŞMA 49
6. SONUÇ VE ÖNERİLER 55
KAYNAKLAR 57
ÖZGEÇMİŞ 64 |
tr_TR |
dc.language.iso |
tur |
tr_TR |
dc.rights |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
tr_TR |
dc.subject |
Antibiyotik direnci, Diyabetik Ayak Enfeksiyonu, Escherichia coli, Faj Terapi, Litik Bakteriyofaj |
tr_TR |
dc.title |
Çevresel örneklerden Escherichia coli DH10B Suşuna Karşı Litik Bakteriyofaj İzolasyonu ve Klinik Escherichia coli Suşlarına Karşı Etkinliklerinin Belirlenmesi |
tr_TR |
dc.type |
masterThesis |
tr_TR |
dc.contributor.authorID |
https://orcid.org/0000-0003-0511-0869 |
tr_TR |
dc.contributor.department |
adnan menderes üniversitesi,moleküler biyoteknoloji anabilim dalı |
tr_TR |