SUBKLİNİK MASTİTİSLİ KEÇİLERDEN İZOLE EDİLEN STAFİLOKOK TÜRLERİNİN FARKLI VİRULENS ÖZELLİKLERİNİN ARAŞTIRILMASI

DSpace Ana Sayfası
→
Tez
→
Yüksek Lisans
→
Öğe Göster

dc.contributor.advisor	KIRKAN, PROF. DR. ŞÜKRÜ
dc.contributor.author	DÖNMEZ, EVRİM
dc.date.accessioned	2020-09-07T08:20:19Z
dc.date.available	2020-09-07T08:20:19Z
dc.date.issued	2020-08-26
dc.date.submitted	2020-08-26
dc.identifier.citation	SUBKLİNİK MASTİTİSLİ KEÇİLERDEN İZOLE EDİLEN STAFİLOKOK TÜRLERİNİN FARKLI VİRULANS ÖZELLİKLERİNİN ARAŞTIRILMASI. Dönmez E. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji Programı, Yüksek Lisans Tezi, Aydın, 2020.	tr_TR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11607/3916
dc.description.abstract	Araştırmamızda subklinik mastitisli keçilerden izole edilen Stafilokok suşlarının virulens faktörleri, enterotoksinleri, antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Subklinik mastitisli keçilerden toplanan 110 süt örneğinden izole edilen Stafilokok suşları araştırmanın temelini oluşturmaktadır. Stafilokok suşları biyokimyasal testlere tabii tutulmuş ve koagulaz pozitif ve negatif olarak ayrılmıştır. Bu izolatlar genotipik olarak PCR ile tiplendirilmiş ardından sekans analizleri yapılarak tam identifikasyonları gerçekleştirilmiştir. İdentifiye edilen Stafilokok suşlarının Panton Valentine Leukocidin (PVL), Clumping factor (CLFA), Coagulase (coa), Alpha hemolysin (Hla), Beta Hemolysin (Hlb), Ý-hemolysin (Ý-hlg) ve Enterotoksin tiplendirilmeleri moleküler yöntemlerle yapılmıştır. Stafilokok izolatlarının sahada sıklıkla kullanılan antibiyotikler ile antibiyogramları gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak numunelerden %23.6 oranında Stafilokok izolasyonu yapılmıştır. Yapılan identifikasyon çalışmaları sonucunda, 5 S. equorum (%19), 5 S. pettenkoferi (%19), 5 S. epidermidis (%19), 3 S. warneri (%12), 3 S. caprae (%12), 2 S. capitis (%7), 1 S. simulans (%4), 1 S. hominis (%4) ve 1 S. aureus (%4), 15 (%13.8) Streptococcus sp., 13 (%12) Bacillus sp., 10 (%9) Lactobacillus sp., 7 (%6.3) Shigella sp., 7 (%6.3) E. coli, 7 (%6.3) Corynebacterium sp., 5 (%4.5) Klebsiella sp. ve 3 (%2.7) Flavobacterium sp. izole ve identifiye edilmiştir. Toplam 17 (%15.5) örnekte ise bakteriyel üreme görülmemiştir. Araştırmamızda elde edilen Stafilokok izolatlarının da söz konusu antibiyotik gruplarından olan Amoksisilin-Klavulanik asit, Ampisilin ve Penisilin G antibiyotiklerine karşı dirençli bulunduğu saptanmıştır. Bu araştırma ile subklinik mastitis etiyolojisinde yaklaşık olarak %70 oranında önemli bir rol oynayan Stafilokokların keçilerde görülen subklinik mastitis hakkındaki bölgesel profili çıkarılmıştır.	tr_TR
dc.description.tableofcontents	KABUL VE ONAY SAYFASI ………………………..………………….…………... i TEŞEKKÜR …………………………………………………………….…………….. ii İÇİNDEKİLER ..…………………………………………….………...………….…... iii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ …..…………………….…………….….. vii ŞEKİLLER DİZİNİ ….………….…………………………...……………………….. viii RESİMLER DİZİNİ ….………….…………………………...……………………….. ix TABLOLAR DİZİNİ ….………….…………………………...……………………… x ÖZET …………………………………………………………………………………. xii ABSTRACT …………………………………………………………………………... xiii 1. GİRİŞ …………………….…………………...……………………………….….... 1 2. GENEL BİLGİLER.…………………..……………………………………………. 4 2.1.Stafilokokkal Koagulaz………………………………………………………..…... 8 2.1.1. Koagulaz………………………...……….….…… …………………………..... 8 2.1.2. Stafilokokkal İnfeksiyonlarda Koagulazların Rolü ……...…….……….………. 11 2.2. Stafilokokkal Hemolizin .......................….………….....…………………………. 12 2.2.1.Stafilokokkal α-Hemolizin……….………………………….…………............... 12 2.2.2. Stafilokokkal β-Hemolizin ……………………………………………………... 15 2.2.3.Stafilokokkal γ-Hemolizin …………..………………………………………….. 16 2.3. Stafilokokkal Panton-Valentine Lökositdin (PVL)…………………………...….. 17 2.4. Stafilokok Türlerinde Antibiyotik Direnci …………………………...................... 18 2.4.1. Stafilokok Türlerinde Metisilin Direnci ……...………………………………… 19 2.4.2 Stafilokok Türlerinde Vankomisin Direnci ……………………………………... 20 2.5. Stafilokokkal Enterotoksinler ………………………………..….........………....... 23 2.6. Stafilokokların Moleküler İdentifikasyonu ve Genotiplendirilmesi ……………… 26 2.6.1. Stafilokokların Moleküler İdentifikasyon Yöntemleri..……………………….... 27 2.6.2. 16S rDNA Dizisine Dayalı Tür İdentifikasyonu ……………………………….. 28 2.6.3. tuf gen Dizisine Dayalı Tür İdentifikasyonu …………….……………………… 28 3. GEREÇ VE YÖNTEM ………………………………………………………........... 30 3.1. Gereç ……………….………………………………….………............................. 30 3.1.1. Örnekleme…………………………………………………….….……………... 30 iv 3.1.2. Kullanılan Solüsyonlar, Besiyerleri, Ayıraçlar..…………………...……………. 30 3.1.2.1. Gram boyama…………………………………………….…….……………... 30 3.1.2.2. Besiyerleri…………...……………………...……...….……………...…......... 30 3.1.2.2.1. Blood Agar (Merck® 1. 10886)………………………………………..…… 30 3.1.2.2.2. Trypton Soya Agar (TSA) (Merck 105458) ……………………………....... 31 3.1.2.3. Lam Katalaz Testi……...……….……….…….……….……….…………….. 31 3.1.2.4. Lam Koagulaz Testi.......................….………….....………………………….. 31 3.1.2.5. BD Phoenix™ ID/AST Broth ve AST İndikatör………….…………............... 32 3.1.2.6. Solüsyonlar……………………………………………………...……………. 32 3.1.2.6.1. 50X TAE (Tris, Asetik Asit, EDTA) Elektroforez Solüsyonu (Thermo Fisher Scientific®)….…………………..……….……….……….……….…………... 32 3.1.2.6.2. 6X DNA Loading Dye (Thermo Fisher Scientific®) ………………….…... 33 3.1.3. BD Phoenix™ M50 Otomatize İdentifikasyon Sistemi………………................ 33 3.1.4. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)……...………………………… …………. 33 3.1.4.1. DNA Ekstraksiyonu……..……………………….……….……….………….. 33 3.1.4.2. ExPrime Taq Premix (2X) (GeNet Bio®).......……………….……….………. 33 3.1.4.3. Primerler……………………….……….……….……….……….…………... 34 3.1.4.4. Agaroz Jel..…………………………... ……….……….……….……….……. 35 3.1.4.5. Marker ……….………………………….…………...............……………….. 35 3.1 4.6. Ethidium Bromür (AppliChem®) ………………………………………......... 35 3.1.4.7. PCR Ürünü Saflaştırılması …………..……………………………..….……... 36 3.1.4.8. Sekans PCR ürünü saflaştırılması……………………………………………. 36 3.1.4.9. Kullanılan Cihazlar………………………………....……….……….……….. 36 3.1.4.9.1. Santrifüj Cihazı ……………………………………….…….……………… 36 3.1.4.9.2. Termal Döngüleme Cihazı …………...………...….……………...…...……. 36 3.1.4.9.3. Elektroforez Cihazı ………………………………………..………………... 36 3.1.4.9.4. Görüntüleme Cihazı ……………………………..……….……….………... 37 3.1.4.9.5. Saflaştırılmış PCR Ürünü Ölçüm Cihazı ……...……….……….………….. 37 3.1.4.9.6. DNA Sekans Cihazı…………………………………………………………. 37 3.2. Yöntem………….…………...............……….……….……….……….…………. 37 3.2.1 Örnekleme……………………………………………………...……….……….. 37 3.2.2. Stafilokok İzolasyonu ………….…………………..……….……….…………. 38 3.2.3. Gram Boyama…………………………….……….……….……….…………... 38 v 3.2.4. Otomatize İdentifikasyon Cihazına Yükleme………………....……….……….. 38 3.2.5. Bakteriyel İzolatların BD Phoenix™ ile İdentifikasyonu……..………………… 39 3.2.6. BD Phoenix™ ile Teşhis Edilen Bakteriyel Türlerin Antibiyotik Duyarlılığının Belirlenmesi……………………………….……….……….……….………………… 39 3.3. DNA Ekstraksiyonu …………………………….……….……….………………. 40 3.4. Staphylococcus sp. izolatların PCR ile Virulens genlerinin tespiti……….……… 41 3.4.1 16S rRNA Geninin PCR Yöntemi ile Tespiti……………..................................... 41 3.4.2. nuc Geninin PCR Yöntemi ile Tespiti ……….……….……….……….………. 42 3.4.3. coa Geninin PCR Yöntemi ile Tespiti……...………………….……………….. 44 3.4.4. tuf Geninin PCR Yöntemi ile Tespiti ……………………………….………….. 45 3.5. Staphylococcus sp. Türlerinin Enterotoksin Genlerinin Tespiti……….………….. 46 3.6. Staphylococcus sp. İzolatlarında Toksik Şok Sendrom Toksin Geninin Varlığının Belirlenmesi……………………….……….……….……….…………….................... 50 3.7. Staphylococcus sp. İzolatlarının PVL, CLFA, Hla, Hlb, Ý-hlg, BAP Virulens Genlerinin Belirlenmesi..…………………………... ……….……….……….………. 51 3.8. Staphylococcus sp. İzolatlarının Antimikrobiyel Direnç Genlerinin Belirlenmesi... 53 3.8.1. Staphylococcus sp. İzolatlarının mecA Direnç Geninin Belirlenmesi……........... 53 3.8.2. Staphylococcus sp. İzolatlarının mecC Direnç Geninin Belirlenmesi…………… 54 3.9.Staphylococcus sp. İzolatlarının vanA-vanB-vanC Direnç Geninin Belirlenmesi……………….……….……….……….……….……….………………… 56 3.10. PCR ürünlerinin Elektroforez Tankına Yüklenmesi ve Görüntülenmesi …….…. 58 3.11. Stafilokok Türlerinin Sekans Analizleri…………………………………………. 58 3.11.1. DNA Sekans Sonuçlarınn Elektronik Ortamda Karşılastırılması………………. 58 4. BULGULAR……………………………………….…….…………………………. 59 4.1. İzolasyon ve İdentifikasyon…………...………...….……………...….................... 59 4.2. BD Phoneix™ 50 otomatize identifikasyon cihazı ile identifikasyon……………. 59 4.3. Genotipik İdentifikasyon ……………………………...……….……….………… 64 4.3.1. 16S rRNA Geni Tespiti……...……….……….……….……….……….………… 64 4.3.2. nuc Geni Tespiti.......................….………….....………… ………….………….. 65 4.3.3. tuf Geni Tespiti………….…………...............……….……….……….…………. 65 4.3.4. coa Geni Tespiti……………………………………………………...………….. 66 4.3.5. Enterotoksin A-B-C-D-E Genlerinin Tespiti………….…………………..…….. 66 4.3.6. Enterotoksin G ve H Genlerinin Tespiti ………………………………………… 67 vi 4.3.7. mecA Geni Tespiti..………………………... ……….……….……….…………. 67 4.3.8. mecC Geni Tespiti…........……….……….……….……….…….……….………. 67 4.3.9. PVL, Hla, Hlb Virulens Genlerinin tespiti ……...……….……….……….…… 68 4.3.10. CLFA, BAP, γ-Hlg genlerinin tespiti ………..……….……….……….………. 68 4.3.11. TSST Geni Tespiti………………………….…..….……….……….………… 69 4.3.12. vanA-B-C Genlerinin Tespiti………………………..……....………………… 69 4.4. Sekans Bulguları ………………………………………………………………….. 71 5. TARTIŞMA …………...……….…………………...……...….………...…............. 73 6. SONUÇ VE ÖNERİLER ……………………………..…………..……….……….. 80 KAYNAKLAR ..………………………………...……...…………………………….. 82 ÖZGEÇMİŞ …………………………………………...……………………………… 119	tr_TR
dc.language.iso	tur	tr_TR
dc.publisher	AYDIN ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ	tr_TR
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	tr_TR
dc.subject	Mastitis, Staphylococcus sp., Sekans, virulens, keçi,	tr_TR
dc.title	SUBKLİNİK MASTİTİSLİ KEÇİLERDEN İZOLE EDİLEN STAFİLOKOK TÜRLERİNİN FARKLI VİRULENS ÖZELLİKLERİNİN ARAŞTIRILMASI	tr_TR
dc.type	masterThesis	tr_TR
dc.contributor.department	SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ	tr_TR