MARMARA BÖLGESİNDE RUMİNANT ABORTLARINDA  CHLAMYDİA ABORTUS’UN REAL TİME PCR İLE TEŞHİSİ VE MULTİLOKUS VNTR  ANALİZİ İLE GENOTİPLENDİRİLMESİ

DSpace Ana Sayfası
→
Tez
→
Doktora
→
Öğe Göster

dc.contributor.advisor	TÜRKYILMAZ, SÜHEYLA
dc.contributor.author	MALAL, MEHMET ENGİN
dc.date.accessioned	2020-08-12T08:34:49Z
dc.date.available	2020-08-12T08:34:49Z
dc.date.issued	2020-07-21
dc.date.submitted	2020-07-21
dc.identifier.citation	MARMARA BÖLGESĠNDE RUMĠNANT ABORTLARINDA CHLAMYDİA ABORTUS’UN REAL TĠME PCR ĠLE TEġHĠSĠ VE MULTĠLOKUS VNTR ANALĠZĠ ĠLE GENOTĠPLENDĠRĠLMESĠ Malal, ME. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji Programı, Doktora Tezi, Aydın, 2020.	tr_TR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11607/3885
dc.description.abstract	Chlamydia abortus insanlarda ve birçok hayvan türünde hastalığa sebep olan Gram negatif, zorunlu hücre içi, zoonoz bir bakteridir. C. abortus’un ruminantlarda sebep olduğu enzootik abort hastalığı hemen hemen tüm dünyada yaygın olarak görülmektedir. Ülkemizde C. abortus’un, abortif etkenler içerisindeki yerini gösterecek geniĢ çapta bir çalıĢma yapılmamıĢ olmakla birlikte; etkenin genotipleriyle ilgili yayınlanmıĢ herhangi bir veri de bulunmamaktadır. Bu çalıĢmanın amacı, Marmara Bölgesi‟ndeki ruminant abortlarında C. abortus‟un teĢhisini yapmak ve etkenin genotiplerini belirleyerek bu anlamda ulusal ilk epidemiyolojik veriyi elde etmektir. Bu amaçla 12 ilden 267‟si sığır, 380‟i koyun, 70‟i keçi, 13‟ü mandaya ait toplam 730 abort materyali (fötal iç organlar, cenin mide sıvısı, plasenta, kotiledon, vaginal sıvap) C. abortus yönünden incelendi. ÇalıĢmada, abort materyalinden, düĢük tespit limitine sahip, tür spesifik Real Time Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) metodu ile etken DNA‟sı araĢtırıldı. Pozitif sonuçlara ait DNA‟lar Multilocus Variable Number Tandem Repeat (VNTR) Analysis (MLVA) yöntemi ile genotiplendirildi. 730 materyalden 87 (%11.9) tanesi C. abortus yönünden pozitif bulundu. Pozitiflik oranları keçilerde %21.4, koyunlarda %16.6, mandalarda %7.7 ve sığırlarda %3 olarak tespit edildi. Genotiplendirme sonucunda hâkim genotip MLVA genotip 2 (%93.1) olarak bulundu ve genotip 3, 4, ve 5 ile birlikte toplam 4 farklı genotipin enfeksiyonlarda rol aldığı görüldü. Bu çalıĢma ile ülkemizde ilk kez C. abortus‟un genotiplendirilmesi yapılırken; bir manda fetusunda C. abortus tespit edildi. Ayrıca Marmara Bölgesi‟nde C. abortus‟un özellikle küçük ruminant abortlarının önemli bir kısmından sorumlu olduğu belirlendi. Etkenin zoonotik olması ve yaygın görülmesi sebebi ile ulusal strateji planı hazırlanmasının gerekliliği ve yurdumuzda diğer bölgelerde yapılacak benzer çalıĢmaların da etkenin yaygınlığının ve genotiplerinin ulusal çapta belirlenmesine katkı sağlayacağı sonucuna varıldı.	tr_TR
dc.description.tableofcontents	KABUL VE ONAY SAYFASI ………………………..………………….……… i TEġEKKÜR ………………………………………………………….…………… ii ĠÇĠNDEKĠLER .…………………………………………….………...………….…. iii SĠMGELER VE KISALTMALAR DĠZĠNĠ ..…………………….…………….…. vi ġEKĠLLER DĠZĠNĠ .………….…………………………...……………………… vii RESĠMLER DĠZĠNĠ .………….…………………………...……………………… viii TABLOLAR DĠZĠNĠ .………….…………………………...…………………….. ix ÖZET ……………………………………………………………………………… x ABSTRACT ………………………………………………………………………. xi 1. GĠRĠġ ………………….…………………...……………………………….….. . 1 2. GENEL BĠLGĠLER …………………..…………………………………...……... 3 2.1. Tarihçe ve Sınıflandırma…………………………………………………..…… 4 2.2. Morfoloji ve YaĢam Döngüsü…… .……….….…… ………………………..... 6 2.3. Antijenik Yapısı……………...……….………………………………………... 7 2.3.1. Lipopolisakkarit .............................….………….....………………………… 7 2.3.2. Major DıĢ Membran Proteini ………………………….………….................. 7 2.3.3. Polimorfik DıĢ Membran Proteinleri……………………………..…………... 8 2.3.4. Kazaince Zengin DıĢ Zarf Proteinleri…… …………..……………………… 8 2.3.5. Isı ġok Proteinleri…………… ………………………………………………. 8 2.3.6. Glikolipid Antijenleri………….……………………………........................... 9 2.4. Epidemiyolojisi………………………………………………………………... 10 2.4.1. Konakçı Dağılımı…………………………………………………………….. 10 2.4.2. Etkenin Dayanıklılığı………………………………………………………… 10 2.4.3. Hastalığın Dünyadaki Durumu……………………………………………… 10 2.4.4. Hastalığın Türkiye‟deki Durumu…………………………………………… 11 2.4.5. Enfeksiyon ve BulaĢma………………………………………………………. 12 2.5. Patogenez………………………………………………………………………. 14 2.6. Klinik Belirtiler………………………………………………………………… 15 2.7. AĢılar ve BağıĢıklık…………………………………………………………….. 16 2.8. Zoonotik Önemi………………………………………………………………... 18 iv 2.9. TeĢhis………………………………………………………………………… 19 2.9.1. Serolojik Testler……………………………………………………………. 19 2.9.2. Boyama Yöntemleri………………………………………………………….. 20 2.9.3. Antijen Tespiti………………………………………………………………... 22 2.9.4. Moleküler Yöntemler………………………………………………………… 22 2.9.5. Ġzolasyon…………………………………………………………………… 25 2.10. Tedavi ve Kontrol...…………………………………………………………… 25 3. GEREÇ VE YÖNTEM ……...…………………………………….…………….. 27 3.1. Gereç ………………………………………………………....…..…………..... 27 3.1.1. Örneklerin Toplanması………………………………..….........………........... 27 3.1.2. Kullanılan Cihazlar….….…………………..……………..…..….………….. 28 3.1.3. DNA Ekstraksiyon Kiti………………………………………………………. 28 3.1.4. Mastermiks Kitleri……………………………………………………………. 28 3.1.5. Agar Jel Elektroforez…………………………………………………………. 29 3.1.6. Çözelti ve Tamponlar………………………………………………………… 29 3.1.6.1. Fosfat Tamponlu Tuz………………………………………………………. 29 3.1.6.2. TAE………………………………………………………………………… 29 3.1.7. Primer ve Problar…………………………………………………………….. 29 3.1.8. Referans Kontroller…………………………………………………………. 31 3.2. Yöntem ………………………………………………………………………… 32 3.2.1. DNA Ekstraksiyonu…… ……………………………………………………. 32 3.2.2. Real Time PCR ……………....………...……………..…………...…………. 33 3.2.2.1. Tespit Limitinin Belirlenmesi……………………………………………… 33 3.2.2.2. Örneklerin Real Time PCR Ġncelenmesi…………………………………… 33 3.2.3. MLVA………………….….………………………...….……………………. 35 3.2.3.1. PCR………………………………………………………………………… 36 3.2.3.2. Agaroz Jel Elektroforez…………………………………………………….. 37 3.2.3.3. Kapiller Elektroforez……………………………………………………….. 38 3.2.4. Sekans Analizi…………….…….……………………………………………. 38 3.2.5. Ġstatistiksel Analiz……………………………………………………………. 39 4. BULGULAR …………………………………………………………………...... 40 4.1. Real Time PCR ………….………….………………………………….………. 40 4.1.1. Analizin Tespit Limitinin Belirlenmesi .…………………………………… 40 v 4.1.2. Örneklerin Ġncelenmesi……..……………………………………………… 41 4.2. Ġstatistiksel Analiz……….…………………………………………………… 43 4.3. MLVA…………………………….……..……………………………………... 43 4.4. Sekans Analizi………...……………………………………………………….. 45 5. TARTIġMA …………...……….………………...……...….……………...…..... 47 6. SONUÇ VE ÖNERĠLER ……………………………..…………..……….…….. 53 KAYNAKLAR ..……………………………...……...…………………………… 55 Ek 1 (PEV-HADYEK Kararı) ……………..……………………...………………. 69 ÖZGEÇMĠġ ………………………………………...……………………………… 70	tr_TR
dc.language.iso	tur	tr_TR
dc.publisher	AYDIN ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ	tr_TR
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	tr_TR
dc.subject	Chlamydia abortus, genotyping, MLVA, Real Time PCR, VNTR.	tr_TR
dc.title	MARMARA BÖLGESİNDE RUMİNANT ABORTLARINDA CHLAMYDİA ABORTUS’UN REAL TİME PCR İLE TEŞHİSİ VE MULTİLOKUS VNTR ANALİZİ İLE GENOTİPLENDİRİLMESİ	tr_TR
dc.title.alternative	DIAGNOSIS OF CHLAMYDIA ABORTUS BY REAL TIME PCR IN RUMINANT ABORTIONS IN THE MARMARA REGION AND GENOTYPING WITH MULTILOCUS VNTR ANALYSIS	tr_TR
dc.type	doctoralThesis	tr_TR
dc.contributor.department	SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ	tr_TR