KANATLI PATOJENİK ESCHERİCHİA COLİ’LERİN ANTİMİKROBİYAL DİRENÇ VE İNTEGRON PROFİLLERİNİN ARAŞTIRILMASI

DSpace Ana Sayfası
→
Tez
→
Yüksek Lisans
→
Öğe Göster

dc.contributor.advisor	Türkyılmaz, Süheyla
dc.contributor.author	Eğilmez, Taylan
dc.date.accessioned	2019-08-16T06:47:47Z
dc.date.available	2019-08-16T06:47:47Z
dc.date.issued	2019
dc.date.submitted	2019-06-28
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11607/3577
dc.description.abstract	ÖZET KANATLI PATOJENİK ESCHERİCHİA COLİ’LERİN ANTİMİKROBİYAL DİRENÇ VE İNTEGRON PROFİLLERİNİN ARAŞTIRILMASI Eğilmez, T. Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji Programı, Yüksek Lisans Tezi, Aydın, 2019. İntegronlar antimikrobiyal direnç genlerinin kazanılmasında ve yayılmasında önemli rol oynayan mobil DNA elemanlarıdır. Bu çalışmanın amacı, solunum sistemi hastalığı bulunan integronların broyler tavukların iç organlarından izole edilen kanatlı patojen Escherichia coli’lerde varlığını incelemek ve bu mikroorganizmalardaki antimikrobiyal dirence olan katkılarını değerlendirmektir. Bu amaçla kolibasillozis şüpheli 135 broyler tavuğun iç organlarından izole edilen toplam 112 (%82.9) E. coli izolatı materyal olarak kullanıldı. İzolatların antibiyotik direnci disk difüzyon yöntemi ile belirlenerken ve integron sınıf 1,2,3 varlığı polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı. Veriler ki-kare testi kullanılarak analiz edildi ve P <0.05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Çalışmada sırasıyla ampisiline (%70.5), tetrasikline (%68.8), trimethoprime sulfamethoxazole (%58.9), siprofloksasine (%54.5) karşı direnç belirlendi. Çalışmadaki tüm izolatların %14.3 (16/112)’si kullanılan tüm antibiyotiklere duyarlı iken %85.7 (96/112)’sinde en az bir antibiyotik direnci; %64.3’ünde ise çoklu antibiyotik dirençi (MDR) saptandı. İzolatların %52.7 integron taşıyor iken %47.3’ü integron taşımıyordu. Bu çalışmada antibiyotik duyarlı izolatların hiç birisinde integron tespit edilmemiş iken; antibiyotik direncine sahip izolatların %61.4 (59/96)’ü; MDR olmayan izolatların %33.3 (8/24)’ü; MDR izolatların %70.8 (51/72)’i integron taşıyordu. İntegron pozitifliği trimethoprime sulfamethoxazole, ampisilin, tetrasiklin, gentamisin, florfenikol ve siprofloksasin dirençli izolatlarda anlamlı olarak yüksek olduğu saptandı. İntegronların APEC izolatlarının antimikrobiyal ilaçlara karşı direncinde önemli rol aldığı saptanmasına rağmen, antimikrobiyal ajanlara dirençli tüm izolatlarda da integron bulunmadığını gözlemledik. Direnç genlerinin transferinde yer alan integronların oluşumuna odaklanan çalışmalar, yalnızca direnç mekanizmalarının daha iyi anlaşılması için değil, aynı zamanda antimikrobiyallerin kullanım politikalarının geliştirilmesi için de faydalı bilgiler elde edilmesine katkı sağlayacaktır.	tr_TR
dc.description.tableofcontents	İÇİNDEKİLER KABUL VE ONAY SAYFASI……………………………………………………………. i TEŞEKKÜR……………………………………………………………………………….. ii İÇİNDEKİLER……………………………………………………………………………. iii SİMGELER ve KISALTMALAR………………………………………………………… vi ŞEKİLLER DİZİNİ………………………………………………………………………. vii RESİMLER DİZİNİ……………………………………………………………………… viii TABLOLAR DİZİNİ……………………………………………………………………… x ÖZET………………………………………………………………………………………. xi ABSTRACT……………………………………………………………………………….. xii 1. GİRİŞ……………………………………………………………………………………. 1 2. GENEL BİLGİLER……………………………………………………………………… 3 2.1. Kolibasillozis ve Önemi………………………….. ………………………………….. 3 2.1.1. Kolibasillozisin Tarihçesi……………………………..…………………………….. 3 2.1.2.APEC’lerin Zoonotik Riski.…………………………………………………………. 4 2.1.3. Etiyoloji.…………………………………………………………………................... 5 2.1.4. Kanatlı Patojenik E. coli ……………………………………………………………. 5 2.1.5. Kolibasillozisin Epidemiyolojisi ……………………………………………………. 9 2.1.6. APEC’nin Virulens Faktörleri ………………………………………………………. 9 2.1.7. Kolibasillozisde Semptomlar ve Nekropsi Bulguları ……………………………….. 12 2.1.8. Kolibasillozisde Teşhis ……………………………………………………………… 12 2.1.9. Kolibasillozis’de Kullanılan Antibiyotikler ve Gelişen Antibiyotik Direnci………... 13 2.2. Antibiyotik Direncinin Moleküler Genetiği…………………………………………… 15 2.2.1. Plazmidler …………………………………………………………………………… 17 2.2.2. Yer Değiştirebilen Genetik Elementler …………………………………………… 17 2.2.2.1.İnsersiyon sekansları ……………………………..………………………………. 18 2.2.2.2. Transpozonlar …... ……………..…………………………………………………. 2.2.2.3. Mu fajı ……………..……………..………………………………………………. 2.2.2.4. İntegronlar……………..……………………………………………..……………. 2.2.2.4.1. Tarihçe……………..……………………………………………..……………… 2.2.2.4.2. Yapısı……………..……………………………………………..………………. 18 19 19 20 21 2.2.2.4.3. Sınıflandırma……………..……………………………………………………… 22 2.2.2.4.4. Hareketlilik……………..……………………………………………………….. 26 2.2.2.4.5. Epidemiyoloji……………..……………………………………………………... 2.2.2.4.6. Klinik önemi……………..……………………………………………………… 2.2.3. Gen Kasetleri……………..…………………………………………………………. 27 28 29 3. GEREÇ VE YÖNTEM………………………………………………………………….. 31 3.1. Gereç…………………………………………………………………………………... 31 3.1.1. İzolasyon Materyali…………………………………………………………………. 31 3.1.2. Referans Suşlar ………………….………………………………………………….. 31 3.1.3. Besiyerleri…………………………………………………………………………… 31 3.1.3.1. Kanlı agar…………………. ……………………………………………………... 32 3.1.3.2. Eosine methylene blue agar…..….……………………………………………….. 32 3.1.3.3. Mueller hinton agar……………. ………………………………………………… 32 3.1.3.4. Brain hearth infusion broth ………………………………………………………. 32 3.1.4. Ayıraç ve Boyalar……………………………. …………………………………….. 32 3.1.4.1. Oksidaz ayıracı…………………………………………………………………… 33 3.1.4.2. Gram boyama seti …………………………………….………………………….. 33 3.1.5. Antibiyotik Direnci …………………………………………….…………………… 33 3.1.6. Polimeraz Zincir Reaksiyonu…………………………….……..…………………… 33 3.1.6.1. Solusyon ve boyalar……………………………………. ………………………… 33 3.1.6.1.1. TBE……………………………………………………………………………… 33 3.1.6.1.2. Yükleme tamponu……………………………………………………………….. 34 3.1.6.1.3. MgCl2, Taq DNA polimeraz, 10X Taq buffer, dNTP Set………………………. 3.1.6.1.4. Primerler…………………………………………………………………………. 3.1.6.1.5. Kullanılan cihazlar………………………………………………………………. 3.1.6.1.6. Agaroz jel………………………………………………………………………... 3.1.6.1.7. Elektroforez……………………………………………………………………... 34 34 35 35 35 3.1.6.1.8. Görüntüleme…………………………………………………………………….. 3.1.6.1.9. Marker…………………………………………………………………………… 35 35 3.2. Yöntem……………………………….……………………………….……………….. 36 3.2.1. Bakteri İzolasyon ve İdentifikasyonu.…………….…………………………………. 36 3.2.2. Antibiyotik Duyarlılık Testi………………….….………………………………....... 36 3.2.3. DNA İzolasyonu, Saflık Kontrolleri ve Miktar Tayinleri …………………………... 37 3.2.4. PZR………….………………………….……………………………………………. 38 3.2.5. İstatistiksel Analiz…………………….…………….…………………….…………. 39 4. BULGULAR……………………..……………………..……………………………….. 40 4.1. İzolasyon ve İdentifikasyon……………………..……………………..………………. 40 4.1.1.Fenotipik..………………………..……………………..……………………………. 40 4.1.2. Genotipik.……………………..……………………..………………………………. 40 4.2. Antibiyotik Duyarlılık Testi…………….……………..………………………………. 41 4.3.İntegron Varlığı… ………………………..……………………..…………………….. 42 4.4. Antimikrobiyal Direnç ve İntegron Profillerinin Karşılaştırılması……………………. 44 5. TARTIŞMA……………………..……………………..……………………..………….. 47 6. SONUÇ VE ÖNERİLER……………………..……………………..…………………... 53 KAYNAKLAR……………………..……………………..……………………..…………. 55 ÖZGEÇMİŞ……………………..……………………..……………………..…………….. 68	tr_TR
dc.language.iso	tur	tr_TR
dc.publisher	AYDIN ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ	tr_TR
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	tr_TR
dc.subject	Antibiyogram, broyler, integron, kanatlı patojenik Escherichia coli	tr_TR
dc.title	KANATLI PATOJENİK ESCHERİCHİA COLİ’LERİN ANTİMİKROBİYAL DİRENÇ VE İNTEGRON PROFİLLERİNİN ARAŞTIRILMASI	tr_TR
dc.type	masterThesis	tr_TR
dc.contributor.department	AYDIN ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ MİKROBİYOLOJİ YÜKSEK LİSANS PROGRAMI	tr_TR