Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen escherichia coli suşlarının önemli virulens genlerinin ve antibakteriyel duyarlılıklarının incelenmesi

DSpace Ana Sayfası
→
Tez
→
Yüksek Lisans
→
Öğe Göster

dc.contributor.advisor	Türkyılmaz, Süheyla
dc.contributor.author	Beköz Yarar, Melike
dc.date.accessioned	2017-12-19T09:14:59Z
dc.date.available	2017-12-19T09:14:59Z
dc.date.issued	2017
dc.date.submitted	2017-11-22
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11607/3241
dc.description.abstract	Bu çalışmada mastitisli sığır sütlerinden E. coli’nin izolasyonu, identifikasyonu, izolatların önemli virulens genlerinin [Shiga toksin 1 (stx1), Shiga toksin 2 (stx2), ısıya duyarlı toksin (lt), ısıya dirençli toksin (st), invaziv antijen lokusu (ial), intimin (eaeA), demet oluşturan pilus (bfpA), fimbrial antijen (aafII)] ve antibiyotik duyarlılık profillerinin incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak özel bir süt işletmesindeki mastitisli 328 inekten bir yıl boyunca alınan 390 süt örneği kullanıldı. E. coli izolasyonu klasik yöntemler kullanılarak gerçekleştirildi. Bakteri identifikasyonunun doğrulanmasında ve virulens genlerinin belirlenmesinde polimeraz zincir reaksiyonundan (PZR) faydalanıldı. İzolatların sekiz antimikrobiyal aileye ait on antibiyotiğe karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile incelendi. Çalışmada mastitisli süt örneklerinin % 17,2’sinden (67/390) E. coli izole ve identifiye edildi. İzolatların % 19,4’ünün (13/67), incelenen virulens genlerinden en az bir tanesini taşıdığı belirlendi. En sık görülen virulens genleri stx1 (5/13=% 38,5), stx2 (2/13=% 15,4), st (2/13=% 15,4), lt (1/13=% 7,7), eaeA (3/13=% 23,1) iken; bfpA ve aafII genleri hiçbir izolatta bulunmadı. Virulens geni taşıyan izolatların % 53,8’i (7/13) EHEC, % 23,1’i (3/13) ETEC ve % 23,1’i (3/13) EPEC olarak tespit edildi. İzolatların% 89,5'i (60/67), % 37,3'ü (25/67), 35,8'i (24/67) kloramfenikol, ampisilin ve tetrasikline dirençli olduğu tespit edilirken; kullanılan diğer 8 antibiyotik için direnç % 2,9 ile % 22,3 arasında değişti. İzolatların % 3,0 (2/67)’ü kullanılan tüm antibiyotiklere duyarlı iken; % 30,0’u (20/67) çoklu direnci gösterdi. Antimikrobiyal duyarlılık, bakterilerin direnç profillerindeki değişiklikleri saptamak için izlenmelidir.	tr_TR
dc.description.tableofcontents	İÇİNDEKİLER KABUL VE ONAY SAYFASI……………………………………………………………. i TEŞEKKÜR……………………………………………………………………………….. ii İÇİNDEKİLER…………………………………………………………………………….. iii SİMGELER ve KISALTMALAR…………………………………………………………. vi RESİMLER DİZİNİ………………………………………………………………………. vii TABLOLAR DİZİNİ………………………………………………………………………. ix ÖZET……………………………………………………………………………………… x ABSTRACT……………………………………………………………………………….. xi 1. GİRİŞ……………………………………………………………………………………. 1 2. GENEL BİLGİLER…………………………………………………………………….. 3 2.1. Tarihçe………………………………………………………………………………… 3 2.2. Etiyoloji……………………………………………………………………………….. 3 2.2.1. Diyarejenik/Enterovirulent E. coli Patotipleri……………………………………….. 6 2.2.2. Virulens Faktörleri…………………………………………………………………... 6 2.2.2.1. Adezinler…………………………………………………………………………... 7 2.2.2.1.1. Tip I fimbria……………………………………………………………………. 7 2.2.2.1.2. F17 fimbria…………………………………………………………………….. 8 2.2.2.1.3. P ve S fimbria…………………………………………………………………… 8 2.2.2.1.4. Afimbrial adezinler (AFA) ……………………………………………………… 9 2.2.2.2. Aerobaktin sideroforları…………………………………………………………… 9 2.2.2.3. Serum direnci……………………………………………………………………… 10 2.2.2.4. Kapsül polisakkaritleri…………………………………………………………….. 11 2.2.2.5. Kolisin aktivitesi…………………………………………………………………… 11 2.2.2.6. Toksinler…………………………………………………………………………… 12 EHEC……………………………………………………………………………………….. 12 EPEC……………………………………………………………………………………….. 13 ETEC……………………………………………………………………………………….. 14 EIEC……………………………………………………………………………………….. 15 EAEC………………………………………………………………………………………. 15 2.3. Epidemiyoloji………………………………………………………………….............. 17 2.4. Patogenez ve Semptomlar……………………………………………………………... 17 2.5. Sağaltım………………………………………………………………………… 20 2.6. Koruma………………………………………………………………………… 21 3. GEREÇ VE YÖNTEM………………………………………………………………… 23 3. 1. Gereç………………………………………………………………………………… 23 3. 1. 1. İzolasyon Örnekleri………………………………………………………………. 23 3. 1. 2. Standart Suşlar ve Pozitif Kontroller……………………………………………….. 23 3. 1. 3. Besiyerleri………………………………………………………………………….. 23 3. 1. 3. 1. Kanlı agar……………………………………………………………………….. 24 3. 1. 3. 2. MacConkey agar…………………………………………………………………. 24 3. 1. 3. 3. Eosin methylene blue agar………………………………………………………. 24 3. 1. 3. 4. Mueller - Hinton agar……………………………………………………………. 24 3. 1. 3. 5. Brain hearth infusion broth………………………………………………………. 24 3. 1. 3. 6. Tryptophan broth (TB) …………………………………………………………. 25 3. 1. 3. 7. Nutrient broth………………………………………….………………………… 25 3. 1. 3. 8. MRVP medium…………………………………………………………………. 25 3. 1. 3. 9. Simmons sitrat besiyeri……………………………….…………………………. 25 3. 1. 4. Ayıraç ve Boyalar…………………………………………………………………... 26 3. 1. 4. 1. Oksidaz ayıracı………………………………………………..…………………. 26 3. 1. 4. 2. Kovaks indol ayıracı……………………………………………………………. 26 3. 1. 4. 3. Methyl red ayıracı (MR) …………………………………….…………………. 26 3. 1. 4. 4. Voges proskauer ayıracı (VP) ……………………………….…………………. 26 3. 1. 4. 5. Gram boyama seti……………………………………………..…………………. 26 3. 1. 5. Antibiyotik Diskleri………………………………………………………………… 27 3. 1. 6. PZR…………………………………………………………………………………. 27 3. 1. 6. 1. Solusyon ve boyalar…………………………………………..…………………. 27 3. 6. 1. 1. 1. TBE (Tris, Borik Asit, EDTA, pH:8,0) buffer………………………………... 27 3. 6. 1. 1. 2. Yükleme tamponu (Loading Buffer) (6X) …………..……………………….. 27 3. 1. 6. 2. Primerler……………………………….………………………………………… 28 3. 1. 6. 3. Kullanılan cihazlar……………………………….……………………………… 29 3. 1. 6. 4. Agarose jel……………………………….………………………………………. 29 3. 1. 6. 5. Marker……………………………….………………………...………………… 29 3. 2. Yöntem……………………………….……………………………….………………. 29 3. 2. 1. Örneklerin Alınması……………………………….……………………………….. 29 3. 2. 2. E. coli’nin İzolasyonu……………………………….……………………………… 30 3. 2. 3. E. coli’nin İdentifikasyonu……………………………….………………………… 30 3. 2. 3. 1. Fenotipik……………………………….………………………………………… 30 3. 2. 3. 1. 1. Biyokimyasal testler……………………………….…………………….…… 30 3. 2. 3. 1. 1. 1. Oksidaz testi……………………………….………………….…………… 31 3. 2. 3. 1. 1. 2. IMVIC test……………………………….…………………….…………… 31 3. 2. 3. 2. Genotipik identifikasyon………………………………..………………….…… 32 3. 2. 3. 2. 1. DNA izolasyonu……………………………….………………….………… 32 3. 2. 3. 2. 2. PZR……………………………….………….………………….…………… 33 3. 2. 4. Antibiyotik Duyarlılık Testinin Yapılışı ve Değerlendirilme……………………… 34 4. BULGULAR……………………..……………………..……………………………… 36 4.1. İzolasyon……………………..……………………..……………………..………….. 36 4. 2. İdentifikasyon……………………..……………………..………………………….. 36 4. 2. 1. Fenotipik……………………..……………………..…………………………….. 36 4. 2. 2. Genotipik……………………..……………………..…………………………….. 37 4. 3. Önemli Virulens Genlerinin PZR İle İncelenmesi……………………..……………. 37 4. 4. Antibiyotik Dirençlilik……………………..……………………..…………………. 40 5. TARTIŞMA……………………..……………………..……………………..………… 43 6. SONUÇ VE ÖNERİLER……………………..……………………..…………………. 48 KAYNAKLAR……………………..……………………..……………………..……….. 50 ÖZGEÇMİŞ……………………..……………………..……………………..……………. 62	tr_TR
dc.language.iso	tur	tr_TR
dc.publisher	Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı	tr_TR
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	tr_TR
dc.subject	Escherichia Coli	tr_TR
dc.subject	Mastitis
dc.subject	Antibiyogram
dc.subject	Virulens Gen
dc.title	Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen escherichia coli suşlarının önemli virulens genlerinin ve antibakteriyel duyarlılıklarının incelenmesi	tr_TR
dc.title.alternative	Investigation of the important virulence genes and antibacterial sensitivity of escherichia coli strains isolated from mastitic cattle milk	tr_TR
dc.type	masterThesis	tr_TR
dc.contributor.department	Adnan Menderes Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı	tr_TR