eArşiv@Adu

Adnan Menderes Üniversitesi, tıp fakültesi parazitoloji laboratuvarında izole edilen blastocystis alt tiplerinin sekanslama yöntemi ile belirlenmesi

Basit öğe kaydını göster

dc.contributor.advisor Ertuğ, Sema
dc.contributor.author Malatyalı, Erdoğan
dc.date.accessioned 2017-07-17T12:21:21Z
dc.date.available 2017-07-17T12:21:21Z
dc.date.issued 2017-07-17
dc.date.submitted 2017-07-14
dc.identifier.citation Malatyali E. Adnan Menderes Üniversitesi, Tıp Fakültesi Parazitoloji Laboratuvarında İzole Edilen Blastocystis Alt Tiplerinin Sekanslama Yöntemi ile Belirlenmesi, Doktora Tezi, Adnan Menderes Üniversitesi, Aydın, 2017. tr_TR
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/11607/3023
dc.description.abstract Bu çalışmanın başlıca amacı Adnan Menderes Üniversitesi, Eğitim ve Uygulama Hastanesi, Parazitoloji Laboratuvarı’nda saptanan Blastocystis izolatlarının alt tip dağılımını belirlemektir. Ayrıca Blastocystis’in laboratuvar tanısında direkt mikroskobik inceleme (DM), kültür ve polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemlerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Son olarak Blastocystis enfeksiyonu ve klinik bulgular arasında retrospektif bir analiz yapılması hedeflenmiştir. Çalışmanın başlangıcında direkt mikroskobik inceleme sonuçlarına göre toplam 200 dışkı örneği (100 pozitif ve 100 negatif) seçilmiştir. Tüm dışkı örnekleri Jones besiyerine ekilmiş ve PZR yöntemiyle çalışılmıştır. Ribozomal RNA küçük alt ünite (SSU rRNA) geni kısmi sekanslarına göre Blastocystis alt tipleri (dışkı örneklerinin tamamında ve kültür pozitif izolatların bir kısmında) belirlenmiştir. Bu şekilde alt tipi belirlenemeyen örnekler sequence tagged site-PZR (STS-PZR) ile tekrar çalışılmıştır. Son olarak Blastocystis saptanan ve saptanmayan olgular arasında demografik özellikler ve klinik bulgular karşılaştırılmıştır. Ayrıca alt tipler ve klinik bulgular değerlendirilmiştir. Çalışmamızda DM yöntemiyle pozitif 100 dışkı örneğinin 81’inde (%81) kültür yöntemiyle, 86’sında (%86) ise PZR yöntemiyle pozitiflik saptanmıştır. Aynı yöntemle negatif saptanan 100 dışkı örneğinin beşinde (%5) kültür yöntemiyle, yedisinde (%7) PZR ile pozitif sonuç elde edilmiştir. Sekans analizi ve STS-PZR sonucu toplam 95 örnekte Blastocystis alt tipi belirlenmiş olup Blastocystis alt tip dağılımı: ST3 (n=50, %52,6), ST2 (n=21, %22,1), ST1 (n=17, %17,9), ST7 (n=4, %4,2), ST2+ST3 (n=2, %2,1) ve ST1+ST3 (n=1, %1,1) şeklinde bulunmuştur. Blastocystis saptanan ve saptanmayan olgularda semptomların görülme sıklığı açısından farklılık saptanmamıştır. Benzer şekilde semptomlar ile alt tipler arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır.Blastocystis rutin laboratuvar tanısında direkt mikroskopi yöntemi, hem yalancı pozitiflik hem de yanlış negatif sonuçlara neden olması nedeniyle yetersiz görülmekte olup kültür veya PZR gibi ikinci bir yönteminde tanıda kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmektedir. Aydın’daki alt tip dağılımı hem dünya genelindeki hem de ülkemizdeki çalışmalarla örtüşmektedir. Blastocystis ve semptomlar arasında ilişki bulunmaması Blastocystis kolonizasyonunun daha çok normal flora ile ilgili olduğu fikrini desteklemektedir. tr_TR
dc.description.tableofcontents KABUL ONAY ............................................................................................... i TEŞEKKÜR ............................................................................................................................ ii İÇİNDEKİLER ......................................................................................................................... iii SİMGELER ve KISALTMALAR DİZİNİ ............................................................................... v ŞEKİLLER DİZİNİ ................................................................................................................. vii RESİMLER DİZİNİ ............................................................................................................... viii TABLOLAR DİZİNİ ................................................................................................................ ix ÖZET ......................................................................................................................................... x ABSTRACT ............................................................................................................................ xii 1. GİRİŞ ..................................................................................................................................... 1 2. GENEL BİLGİLER .............................................................................................................. 3 2.1. Tarihçe ve Sınıflandırma .................................................................................................... 3 2.2. Morfoloji ............................................................................................................................. 4 2.2.1. Vakuoler Form ................................................................................................................. 5 2.2.2. Granüler Form ................................................................................................................. 6 2.2.3. Amoeboid Form ............................................................................................................... 6 2.2.4. Kist Formu ....................................................................................................................... 7 2.2.5. Avakuoler ve Multivakuoler Form .................................................................................. 7 2.3. Biyoloji ............................................................................................................................... 8 2.4. Yaşam Döngüsü ................................................................................................................ 10 2.5. Genetik Çeşitlilik ve Alt Tipler ........................................................................................ 11 2.6. Patogenez .......................................................................................................................... 13 2.7. Klinik Bulgular ................................................................................................................. 15 2.8. Tanı ................................................................................................................................... 17 2.8.1. Direkt Mikroskobik İnceleme ........................................................................................ 17 2.8.2. Çoklaştırma Yöntemleri ................................................................................................ 18 2.8.3. Kültür Yöntemleri ......................................................................................................... 18 2.8.4. Seroloji Temelli Yöntemler ........................................................................................... 19 2.8.5. MolekülerYöntemler ..................................................................................................... 20 2.9. Epidemiyoloji ................................................................................................................... 21 2.10. Tedavi ............................................................................................................................. 23 iv 2.11. Korunma ......................................................................................................................... 25 3. GEREÇ VE YÖNTEM ........................................................................................................ 26 3.1. Dışkı Örnekleri ve Olguların Seçilmesi ........................................................................... 26 3.2. Dışkı Örneklerinin Direkt Mikroskopi Yöntemiyle İncelenmesi ..................................... 26 3.2.1. Lugol’ün İyodin Çözeltisi .............................................................................................. 26 3.3. Kültür Yöntemiyle Blastocystis Araştırılması .................................................................. 27 3.3.1. Jones Besiyeri ................................................................................................................ 27 3.4. DNA İzolasyonu ............................................................................................................... 28 3.4.1. Dışkı Örneklerinden Genomik DNA İzolasyonu .......................................................... 28 3.4.2. Kültürlerden Genomik DNA İzolasyonu ....................................................................... 29 3.5. Blastocystis SSU rDNA Geninin PZR ile Kısmi Olarak Çoğaltılması ve Dizilenmesi ... 30 3.6. Direkt Mikroskopi, Kültür ve PZR Yöntemlerinin Karşılaştırılması ............................... 30 3.7. Blastocystis Kısmi SSU rRNA Geninin Dizilenmesi ve Alt Tiplerin Belirlenmesi ......... 31 3.8. STS-PZR ve Alt Tiplerin Belirlenmesi ............................................................................ 32 3.9. Blastocystis SSU rDNA Dizilerinin Genetik Uzaklıklarının Belirlenmesi ...................... 33 3.10. İstatistiksel Analiz .......................................................................................................... 33 4. BULGULAR ....................................................................................................................... 34 4.1. Dışkı Örnekleri ve Olgular ............................................................................................... 34 4.2. Blastocystis Kültürü .......................................................................................................... 35 4.3. DNA İzolasyonları ve SSU rDNA-PZR ........................................................................... 36 4.4. Tanıda Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırılması ............................................................. 37 4.5. Kısmi SSU rDNA Ürünlerinin Dizilenmesi ..................................................................... 39 4.6. Kısmi SSU rDNA Dizilerine göre Blastocystis Alt Tipleri .............................................. 39 4.7. Sekanslama ile Alt Tipi Belirlenmeyen Örneklerin STS-PZR Sonuçları ........................ 41 4.8. Dışkıdan ve Kültürden DNA İzolasyon ve Blastocystis Alt Tipleri ................................. 42 4.9. Blastocystis Alt Tiplerinin Toplu Halde Değerlendirilmesi ............................................. 44 4.10. Blastocystis Kısmi SSU rDNA Dizilerinin Filogenetik Analizi ..................................... 45 4.11. Demografik Özellikler ve Semptomların Analizi ........................................................... 47 5. TARTIŞMA ......................................................................................................................... 49 6. SONUÇLAR VE ÖNERİLER ............................................................................................ 85 KAYNAKLAR ........................................................................................................................ 87 EKLER ................................................................................................................................... 108 ÖZGEÇMİŞ ............................................................................................................................ 109 tr_TR
dc.language.iso tur tr_TR
dc.publisher Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü tr_TR
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess tr_TR
dc.subject Blastocystis tr_TR
dc.subject Sekanslama yöntemi tr_TR
dc.subject Parazitoloji tr_TR
dc.subject Parasitology
dc.title Adnan Menderes Üniversitesi, tıp fakültesi parazitoloji laboratuvarında izole edilen blastocystis alt tiplerinin sekanslama yöntemi ile belirlenmesi tr_TR
dc.title.alternative The identification of blastocystis subtypes by sequencing in Adnan Menderes University, faculty of medicine parasitology laboratory tr_TR
dc.type doctoralThesis tr_TR
dc.contributor.authorID 148581 tr_TR
dc.contributor.department Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Parazitoloji Anabilim Dalı tr_TR


Bu öğenin dosyaları:

Bu öğe aşağıdaki koleksiyon(lar)da görünmektedir.

Basit öğe kaydını göster