Çine Çaparı ve Karya koyunlarda Calpastatin gen polimorfizminin PCR-RFLP yöntemi ile belirlenmesi

Abstract

Bu çalışma yerli Çine Çaparı koyun ırkı ile sentetik Karya koyunlarında Calpastatin gen polimorfizminin tanımlanması amacıyla yapılmıştır. Calpastatinler calpainlerin endojen inhibitörleridir. Kesim sonrasında etin sertliğinin düzenlenmesinde anahtar bir rol oynayan Calpastatin geni aynı zamanda kas gelişimini etkileyen aday genlerdendir. Calpastatin geni koyun genomunda 5. kromozomda bulunmaktadır. Batı Anadolu'da yetiştiriciliği yapılan 97 baş Çine Çaparı ve 90 baş Karya koyundan rastlantısal olarak kan örneği alınmıştır. Intron L'den I'ya kadar olan bölümdeki koyun Calpastatin geni 565 bç'lik fragman oluşturacak şekilde PCR ile çoğaltılmıştır. Ardından, PCR ürünleri MspI restriksiyon enzimi ile kesilmiş, kesilen ürünler agaroz jel elektroforezine tabi tutulmuş ve UV altında fotoğraflanmıştır. PCR ürünlerinin MspI enzimi ile kesimi sonucunda 306 ve 259 bç'lik fragmanlar oluşmuştur. Bireylerin genotiplerine ait bilgiler PopGene32 programı kullanılarak analiz edilmiştir. Karya koyunlarda MM, MN ve NN genotiplerinin frekansları sırası ile 0.296, 0.496 ve 0.208 olarak, M ve N allellerinin frekansları sırası ile 0.544 ve 0.456 olarak belirlenmiştir. Çine Çaparı koyunlarda ise MM, MN ve NN genotiplerinin frekansları sırası ile 0.543, 0.388 ve 0.069, M ve N allellerinin frekansları sırası ile 0.737 ve 0.263 olarak bulunmuştur.

This study was carried out to determine Calpastatin gene polymorphism in native Çine Çaparı and synthetic Karya sheep. Calpastatin is an endogenous inhibitor of calpain. Calpastatin gene has a key role on meat tendernes after slaughter, and also has been known as candidate gene in muscle growth efficiency. Calpastatin gene located on 5th chromosome of sheep. Randomly taken blood samples were collected from 97 Çine Çaparı and 90 Karya sheep raised in West Anatolia. Intron I from L domain of the ovine calpastatin gene was amplified by PCR to produce a 565 bp fragment. Then, PCR products were digested with restriction endonucleases enzyme MspI. Digested products were electrophoresed on agarose gel and visualized with gel documentation system. The MspI digestion of the PCR products produced fragments of 306 and 259 bp. Data analysis was done using PopGen32 software. In Karya sheep population MM, MN and NN genotype were identified with 0.296, 0.496 and 0.208 frequencies, M and N allele frequencies were identified with 0.544 and 0.456 respectively. In Çine Çaparı sheep population MM, MN and NN genotype were identified with 0.543, 0,388 and 0.069 frequencies, M and N allele frequencies were identified with 0.737 and 0.263, respectively.