Proteomik çalışmalarda albümin uzaklaştırılmasında karayosunlarının kullanılabilirliğinin araştırılması

Abstract

Çalışmalarda kullanılmak üzere Antitrichia californica Sull., Pterogonium gracile (Hedw.) Sm., Hypnum cupressiforme Hedw. ve Homalothecium sericeum (Hedw.) Bruch, Schimp. & W.Gümbel türlerine ait karayosunları, 2012 yılı Ekim ayında Aydın/Koçarlı mevkiinden toplandı. Deney materyalinin karakterizasyonu için SEM görüntüleme, FTIR spektrumları ve Elementer Analiz gibi tekniklerden faydalanıldı. Karakterizasyonu gerçekleştirilen bitki partikülleri, proteinlere karşı pseudo-spesifik afinite gösteren bir ligand olan IMEO ile silanlandı. Bu çalışmada protein yapıdaki BSA'nın, karayosunu partikülleri tarafından tutulması hedeflenerek, bu amaç doğrultusunda silanlanmış ve silanlanmamış bitki partikülleri ile adsorpsiyon denemeleri gerçekleştirildi. Adsorpsiyonun maksimum olduğu, sıcaklık, inkübasyon süresi, ortam pH'ı, BSA başlangıç derişimi ve iyonik şiddet gibi deney şartlarının tespit edilmesini amaçlayan denemeler sırasında deney ortamına protein salımı gerçekleştiği gözlendi. Bitkisel partiküllerin yıkanması ile bu durumun üstesinden gelinmeye çalışılsa da yıkanan bitkiler ile gerçekleştirilen deneylerde tekrar ortama protein salımı gerçekleştiği tespit edildi. Bu nedenle ortama protein salan bitkisel materyalin proteomik çalışmalarda albümin uzaklaştırma için kullanılmasının uygunsuz olduğuna karar verildi.

Antitrichia californica Sull., Pterogonium gracile (Hedw.) Sm., Hypnum cupressiforme Hedw. and Homalothecium sericeum (Hedw.) Bruch, Schimp. & W.Gümbel moss materials were collected from Aydın/Koçarlı location in October, 2012. Characterization of the plant materials were carried out by using technics such as SEM imaging, FTIR spectrums and Elemental Analysis. Characterized plant materials were silanized by IMEO, which is a pseudo-specific ligand for protein affinity. In this study, the BSA protein adsorption capability of both silanized and non-silanized plant materials were tried. During the experiments for revealing the maximum adsorption of BSA to the plant material by testing certain parameters such as temperature, incubation time, pH, BSA initial concentration and ionic strength, it was found out that there have been a protein release to the test medium. This release was tried to be prevented or removed by washing the plant material. The washed plant material still released protein to the medium. Thus it was concluded that the plant material releasing protein to the medium is improper for its use in albumin removal for proteomic studies.