ESCHERICHIA COLI KAYNAKLI SIĞIR MASTİTİSLERİNİN SÜT MİKROBİYOMUNDA MEYDANA GETİRDİĞİ DEĞİŞİKLİKLERİN ARAŞTIRILMASI

Abstract

Amaç: Bu çalışmada, sığır mastitislerinden izole edilen Escherichia coli suşlarının patotipik karakterizasyonu ve mastitisli sütlerin mikrobiyom profillerindeki değişimlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Aydın ilindeki çiftliklerden toplanan 115 mastitisli ve 20 sağlıklı süt örneği incelenmiştir. Tespit edilen E. coli izolatlarının patotipleri PCR ile belirlenerek gruplandırılan sütlerin mikrobiyom analizleri 16S rRNA dizileme yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Örneklerin %20’sinde (n=23) E. coli tespit edilmiştir. İzolatların tamamı (%100) ETEC genlerini taşırken, %56,52’sinin (n=13) shiga toksin genleri ve %26,09’unun (n=6) eae geni taşıdığı tespit edilmiştir. İzolatların %60,87’sinin (n=14) hibrit patotip karakterinde olduğu tespit edilmiştir. Mikrobiyom analizlerinde, sağlıklı sütlerde Pseudomonadota (%42,86) ve Bacillota (%41,65) filumlarının dengeli dağılımına karşın, mastitisli sütlerde Pseudomonadota filumunun (%91,77-%98,58) belirgin bir disbiyozis tablosu oluşturduğu ve Enterobacteriaceae familyasının baskın hale geldiği saptanmıştır. Alfa ve beta çeşitlilik analizleri, enfeksiyonun mikrobiyal çeşitliliği azalttığını ve sütün ekolojik yapısını tamamen değiştiridğini ortaya koymuştur. Sonuç: Çalışma sonucunda E. coli’nin bölgedeki sığır mastitis vakalarındaki prevalansı ile beraber süt mikrobiyomunda farklı patotiplerin yarattığı değişiklikler ortaya konarak süt mikrobiyomunun patotip bazında değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.