1994-2022 YILLARI ARASINDA İZOLE EDİLEN NEWCASTLE HASTALIĞI VİRÜSLERİNİN GENOMİK VE BİYOLOJİK KAREKTERİZASYONU

Abstract

Amaç:1994-2022 yılları arasında Türkiye’de tespit edilen 24 adet Newcastle hastalığı virüsü izolatının füzyon protein dizilerinin genetik karşılaştırmalarının yapılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: 1994 ve 2022 yılları arasında ülkemizdeki kanatlı sürülerinde meydana gelen ND salgınlarından elde edilen, Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü-Kanatlı Hastalıkları Laboratuvarının -80ºC deposunda saklanan 24 adet izolat oluşturdu. İzolatların, Real time RT-PCR analizleriyle moleküler olarak NDV olduğu belirlendi. İzolatların orjinleri, hangi hayvandan izole edildikleri, analiz sonuçlarına göre (MDT, Real Time PCR) seçildikten sonra tabloya yazıldı. Daha sonra DNA dizi analizleri gerçekleştirildi. Bulgular: Bu çalışmanın NDV izolatları, virülan suşlar için tanımlanan tipik motifler olan F0 bölünme bölgesinde 3 (112R-R-QK-R-F117) veya 4 (112R-R-Q-R-R-F117) R/K bazik amino asit içerdi. 24 adet NDV izolatı örneğinin 2022-24 nolu Yozgat ilinden izole edilen 1 örnek hariç tamamının velojenik olduğu görüldü. Avirulan NDV suşları, dünya genelinde iki R kalıntısına (112G-R-Q-G-R-L117) sahip olduğu bildirilmektedir. Bu çalışmada da tespit edilen avirulent NDV izolatı iki R kalıntısına (112 G-R-Q-G-R-L117) sahipti. Sonuç: Bu çalışmadaki bütün örneklerin biri hariç geri kalanının virulent NDV suşlarını içerdi. Bu çalışmada tespit edilen virülent virüsler dünya çapında dolaşımda olan baskın genotipler olan sınıf II, alt genotip V, VI ve VII genotip gruplarında üyeleriyle kümelendiği ve Bulgaristan, Ukrayna, Rusya, İran, İsrail Endonezya’dan daha önce bildirilen NDV suşlarıyla genetik olarak en yakın ilişkiye sahip olduğu belirlenmiştir.