BALIKLARDA VİBRİO ENFEKSİYONLARINA KARŞI AŞI GELİŞTİRİLMESİ: İN SİLİCO ANTİJEN ANALİZİ

Abstract

Amaç: Bu araştırma Vibrio patojenlerine karşı, in silico antijen analizi yapılarak uygun aşı suşlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırmada kullanılacak Vibrio suşları ADÜ Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı kültür koleksiyonundan sağlanmıştır. Vibrio kültürü yapıldıktan sonra fenotipik ve virulans özellikleri belirlenmiştir. Fenotipik ve virulans özellikleri belirlenmiş suşların sekans ve genom analizleri yapılmıştır. İn silico olarak antijenik bölgeler belirlenmiş ve aşı suşları olup olamayacakları değerlendirilmiştir. Bulgular: Bu çalışmada, Vibrio anguillarum, Vibrio parahaemolyticus ve Vibrio alginolyticus suşlarında yer alan bazı virülans genlerine ait antijenik özellikler in silico olarak değerlendirilmiştir. Referans suşlarla ADÜ Mikrobiyoloji Laboratuvarı’ndan izole edilen suşlara ait gen sekansları karşılaştırılmış, gen uzunlukları, dizin benzerlikleri ve B hücresi epitop içerikleri analiz edilmiştir. angR geninde referans suş 618 bp uzunluğundayken izolat suşta 1726 bp uzunluk gözlemlenmiştir. Referans suşta 19, izolat suşta 75 B hücresi epitopu tespit edilmiştir. Ortak epitop bulunmamıştır. Ancak angR'nin hücre içi regülatör olması, aşı adayı olarak değerlendirilmesini sınırlayabilir. fatA geninde her iki suşta da yaklaşık 2040 bp uzunluk belirlenmiştir. Referans suşta 48, izolat suşta 51 epitop saptanmıştır. Dış membranda yer alması nedeniyle aşı geliştirme açısından umut verici bir hedef olarak değerlendirilmiştir. fatB geni her iki suşta da 2050–2060 bp uzunluğunda olup referans suşta 35, izolat suşta 38 epitop belirlenmiştir. Ortak 17 epitop saptanmıştır. Dış membran proteini olması, onu önemli bir aşı adayı hâline getirmektedir. fatC geni yaklaşık 1190–1200 bp uzunluğunda olup referans suşta 27, izolat suşta 30 epitop belirlenmiştir. 13 ortak epitop tespit edilmiştir. Ancak fatC ile ilgili literatürdeki veriler sınırlıdır. empA geninde her iki suşta yaklaşık 1150–1160 bp uzunlukta genler gözlemlenmiştir. Referans suşta 22, izolat suşta 26 epitop tanımlanmış; 10 xiii ortak epitop saptanmıştır. Metalloproteaz enzimi olması sebebiyle bağışıklıkla teması kuvvetlidir. flhA geni yaklaşık 2050 bp uzunluğundadır. Referans suşta 36, izolat suşta 44 epitop belirlenmiştir. İzolat suşun epitop zenginliği aşı adayı olarak potansiyelini artırmaktadır, ancak membran dışı lokalizasyonu sınırlayıcı olabilir. tdh1 geni 585 bp uzunluğunda olup referans suşta 14, izolat suşta 18 epitop belirlenmiştir. Toksik etkili hemolizin üretmesi nedeniyle önemli bir virülans faktörüdür. opaR geni 981 bp uzunluğundadır. Referans suşta 26, izolat suşta 29 epitop tanımlanmış; ancak bu genin hücre içi regülatör olması, bağışıklık sistemiyle temasını kısıtlamaktadır. toxR geni 837 bp uzunluğunda olup referans suşta 18, izolat suşta 25 epitop belirlenmiştir. 9 ortak epitop tespit edilmiştir. Hücre içi regülatör protein olması nedeniyle immünojenitesi sınırlı olabilir. ompA geni yaklaşık 1090 bp uzunluğunda olup referans suşta 34, izolat suşta 36 epitop belirlenmiştir. Ortak 14 epitop bulunmuştur. Dış membranda yer alması nedeniyle, immünojenik potansiyeli yüksektir. Sonuç: Bu çalışmada Vibrio anguillarum, V. parahaemolyticus ve V. alginolyticus suşlarında virülansla ilişkili bazı genlerin in silico analizleri gerçekleştirilmiş ve potansiyel aşı adayları belirlenmiştir. Özellikle fatA, fatB, fatC, empA ve ompA genlerinin ürünleri, immünojenik özellikleri ve dış membran lokalizasyonları sayesinde öncelikli aşı hedefleri olarak öne çıkmaktadır. Ayrıca, farklı türler arasında korunan epitopların tespit edilmesi, geniş spektrumlu ve türler arası koruma sağlayabilecek aşı stratejileri için umut vericidir. Bu adayların rekombinant protein veya peptid bazlı platformlarda değerlendirilmesi önerilmektedir. Anahtar kelimeler: in silico, antijen, epitop, Vibrio