Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11607/5196Full metadata record
| DC Field | Value | Language |
|---|---|---|
| dc.contributor.advisor | Göker Bağca, Bakiye | - |
| dc.contributor.advisor | Dönmez Yalçın, Gizem | - |
| dc.contributor.author | Akdoğan, Yaren | - |
| dc.date.accessioned | 2024-07-30T10:04:07Z | - |
| dc.date.available | 2024-07-30T10:04:07Z | - |
| dc.date.issued | 2024-07-30 | - |
| dc.date.submitted | 2024 | - |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11607/5196 | - |
| dc.description.abstract | Amaç: Çalışmada; SIRT4’ün, nöroblastoma hücrelerinde, GLT-1'in ekspresyonunu ve degradasyonunu nasıl düzenlediği ve GLT-1 promotorundaki transkripsiyon faktörleri üzerine etkisinin aydınlatılması amaçlandı. Bunun yanında özellikle kainik asit kaynaklı eksitotoksisite durumunda bu düzenlemenin nasıl değiştiğinin gözlemlenmesi hedeflendi. Gereç ve Yöntem: SH-SY5Y insan nöroblastoma hücre hattında, SIRT4 genini susturmak için SIRT4 shRNA içeren lentiviral partiküller kullanıldı ve SIRT4 geni susturulmuş kararlı SH-SY5Y hücre hattı elde edildi. SIRT4’ün susturulduğunu göstermek Western Blot yöntemi kullanıldı. Uygun şartları sağlayan tek bir hücre hattı seçilerek diğer deneylerde kullanılmak üzere çoğaltılmaya devam edildi. Kontrol SH-SY5Y hücreleri ve SIRT4 geni susturulmuş SH-SY5Y hücreleri kainik asit (1mM) ile muamele edilerek eksitotoksisite modeli oluşturuldu. Toplam dört deney grubu meydana getirildi. Bunlar; kontrolgrubu, kainik asit ile eksitotoksisite modeli oluşturulmuş grup, SIRT4 susturulmuş grup ve kainik asit ile eksitotoksisite modeli oluşturulan ve SIRT4 susturulmuş gruptur. Dört deney grubundaki GLT-1 ifadeleri Western Blot yöntemi kullanılarak analiz edildi. Dört deney grubundaki GLT-1 mRNA seviyeleri qPCR yöntemi kullanılarak belirlendi. GLT-1 promotoru ve transkripsiyon faktörlerinin (CREB ve REST) etkileşimi CHIP (Kromatin İmmünopresipitasyon) metodu ile dört deney grubunda gösterildi. Bulgular: Kontrol grubu, Kainik asit ile eksitotoksisite modeli oluşturulmuş grup, SIRT4 susturulmuş grup ve Kainik asit ile eksitotoksisite modeli oluşturulan ve SIRT4 susturulmuş gruplarındaki GLT-1 ekspresyon düzeyinin belirlenmesi için her gruptan protein izolasyonu yapılarak Western Blot yöntemi uygulandı. Elde edilen sonuçlarda GLT-1’in nöroblastoma hücrelerinde oligomerik yapılar oluşturduğu görüldü. SIRT4 geni susturulmuş iki grup arasında eksitotoksisite oluşturmak toplam GLT-1 ifadesini istatistiksel olarak anlamlı şekilde azaldığı gözlemlendi. Bunun yanında eksitotoksisite oluşturulmuş iki grup arasında SIRT4 genini susturmanın yine toplam GLT-1 ifadesini istatistiksel olarak anlamlı şekilde azalttığı bulundu. Ardından dört deney grubunda GLT-1 mRNA seviyeleri, qPCR yöntemi kullanılarak belirlendi. Elde edilen sonuçlara göre dört deney grubu arasında, GLT-1 mRNA seviyesinin, istatistiksel olarak anlamlı bir fark göstermediği gözlemlendi. Sonuç: Elde edilen sonuçlar, nöroblastoma hücrelerinde SIRT4’ün susturulmasının ve eksitotoksisite durumunun GLT-1 ifadesini, mRNA düzeyinden ziyade protein düzeyinde etkilediğini göstermektedir. | tr_TR |
| dc.description.tableofcontents | KABUL VE ONAY i TEŞEKKÜR ii İÇİNDEKİLER iii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ vi ŞEKİLLER DİZİNİ ix TABLOLAR DİZİNİ x ÖZET xi ABSTRACT xiii 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 3 2.1. Glutamat 3 2.1.1. Glutamat Metabolizması 4 2.1.2. Glutamat Reseptörleri 5 2.1.2.1. İyonotropik Reseptörler 6 2.1.2.1.1. AMPA (α-amino-3-hidroksi-5-metil-4-izoksazolepropiyonik asit) / Kainat Reseptörleri 6 2.1.2.1.2. NMDA (N-metil-D-aspartat) Reseptörleri 7 2.1.2.2. Metabotropik Reseptörler 7 2.1.3. Glutamat Taşıyıcıları 8 2.1.3.1. EAAT1-GLAST (Glutamat-Aspartat Taşıyıcısı) 10 2.1.3.2. EAAT2-GLT-1 (Glutamat Taşıyıcısı-1) 10 2.1.3.3. EAAT3 (Eksitatör Aminoasit Taşıyıcı 3) 12 2.1.3.4. EAAT4 (Eksitatör Aminoasit Taşıyıcı 4) 12 2.1.3.5. EAAT5 (Eksitatör Aminoasit Taşıyıcı 5) 12 2.2. Eksitotoksisite 13 2.3. Sirtuinler 14 2.3.1. SIRT4 16 2.4. Transkripsiyon Faktörleri 17 2.4.1. CREB (The cyclic AMP response element (CRE) – binding protein (CREB)) 18 2.4.2. REST (The Repressor Element-1 Silencing Transcription Factor) 18 2.5. Kainik Asit 18 3. GEREÇ VE YÖNTEM 19 3.1. Gereç 19 3.1.1. Kullanılan Cihazlar 19 3.1.2. Kullanılan Laboratuvar Malzemeleri ve Kimyasal Maddeler 20 3.1.3. Kullanılan Tampon Çözeltiler 22 3.1.4. Kainik Asit Hazırlanması 23 3.2. Yöntem 23 3.2.1. Hücre Kültürü Uygulamaları 23 3.2.1.1. Hücrelerin Kültüre Edilmesi 23 3.2.1.2. Hücre Pasajlaması 24 3.2.1.3. Hücre Dondurulması 24 3.2.1.4. Hücre Sayımı ve Ekilmesi 24 3.2.1.5. shRNA İçeren Lentiviral Partikül ile Susmuş SIRT4 Kararlı Hücre Hattı Oluşturulması 25 3.2.1.6. Hücreden Protein İzolasyonu 26 3.2.2. Bradford Assay 27 3.2.3. Western Blot 27 3.2.4. Hücrelerden RNA İzolasyonu ve Konsantrasyonunun Belirlenmesi 28 3.2.5. Komplementer DNA (cDNA) Sentezi 29 3.2.6. Real Time PCR (RT-PCR) 30 3.2.7. Kromatin İmmünopresipitasyon (CHIP) 31 3.2.8. İstatistiksel Analiz 31 4. BULGULAR 32 4.1. SIRT4 Susturulmuş Kararlı Hücre Hattı Belirlenmesi 32 4.2. GLT-1 Protein İfade Seviyesinin Belirlenmesi 34 4.3. GLT-1 mRNA seviyesinin belirlenmesi 37 4.4. GLT-1 promotoru ve CREB ve REST transkripsiyon faktörlerinin etkileşiminin CHIP metodu ile gösterilmesi 37 5. TARTIŞMA 40 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 45 KAYNAKLAR 47 BİLİMSEL ETİK BEYANI 56 ÖZ GEÇMİŞ 57 | tr_TR |
| dc.language.iso | tur | tr_TR |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | tr_TR |
| dc.subject | GLT-1, eksitotoksisite, SIRT4, kainik asit | tr_TR |
| dc.title | Kainik Asit ile Eksitotoksisite Oluşturulmuş Nöroblastoma Hücrelerinde GLT-1 (Glutamat Transporter 1) Yıkım Yolağının, Sırt4 (Sirtuin 4) ile Düzenlenmesinin Araştırılması | tr_TR |
| dc.type | masterThesis | tr_TR |
| Appears in Collections: | Yüksek Lisans | |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| YL TEZ YAREN AKDOĞAN..pdf | 1.49 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.