KANATLI KÜMESLERİNDEKİ MİKROBİYAL BİYOAEROSOL ÇEŞİTLİLİĞİNİN ARAŞTIRILMASI

Abstract

Amaç: Bu tez çalışmasında, broyler kümeslerinden alınacak biyoaerosol örneklerinin MALDI-TOF ve NGS yöntemleri ile mikrobiyal çeşitliliğinin belirlenmesi ile elde edilecek veriler ışığında, hem hayvan sağlığı hem de insan sağlığı açısından risk oluşturabilecek biyoaerosoller ile ilgili önlem ve tedbirlerin alınması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırmamızda İzmir ili ve çevresinde bulunan 3 farklı üreticiye ait 15 adet kümesten hem MALDI-TOF hem de NGS yöntemleri için ayrı ayrı biyoaerosol numuneleri alınmıştır. MALDI-TOF yöntemi için aktif hava örneklemesi sonrasında izolasyon ve saflaştırma aşamaları gerçekleştirilmiş ve identifikasyon işlemi yapılmıştır. NGS için alınan numunelerden önce DNA ekstraksiyonları yapılmış ve sonrasında izole edilen DNA’daki hedef bölgeler seçilerek enzimatik reaksiyonla kesilmesi sonucunda DNA kütüphanesi oluşturulmuştur. Kütüphaneyi oluşturan DNA parçalarının çoğaltılması sonrasında DNA Parçalarının yeni nesil sekans sistemi ile dizilenmesi gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Konvansiyonel metotlarla kültüre ettiğimiz 35 adet mikrobiyal etkenden 32 adet etken (%91) MALDI-TOF yöntemi ile identifiye edilmiş ve identifiye edilen etkenlerden 23’ü (%71.9) Staphylococcus sp. olarak belirlenmiştir. NGS yöntemi ile yapılan çalışmamız ile 4 filum, 6 sınıf, 10 takım, 16 familya, 35 cins ve 125 tür identifiye edilmiş olup identifikasyonu yapılan türler arasında Staphylococcus sp. (n:24) %19 ile baskın tür konumunda olduğu belirlenmiştir.. Örnek gruplarımızda dominant olan filumlar ise Bacillota (AT1 %61; AT2 %99; AS2 %78) ve Pseudomonadota (AS1 %54; BS1 %87; BS2 %76) olarak belirlenmiştir. Sonuç: Çalışma sonucunda, Staphylococcus sp hem MALDI-TOF (%72) hem de NGS (%19) yöntemleri ile identifiye edilen etkenler arasında baskın olan tür konumunda olduğu tespit edilmiştir ve bu durumun antibiyotik direnç genlerinin kazanımı ve aktarılması konusunda getirdiği riskleri ortaya çıkarmıştır.