Açıkta Satılan Kuru İncirlerin Mikrobiyal Florasının Araştırılması

Abstract

Amaç: Çalışmanın amacı Aydın ilinden açıkta satılan kuru incir örneklerinde çapraz kontaminasyon sebebiyle bulunabilecek patojen varlığının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Araştırma Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Besin Kimyası Laboratuvarı ve Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Rekombinant DNA ve Rekombinant Protein Uygulama ve Araştırma Merkezi’nde yürütülmüştür. Deney için kullanılacak kuru incirler Aydın’da 4 farklı pazardan 1 Aralık 2021 ile 6 Nisan 2022 tarihleri arasında 10 örnek olarak toplanmıştır. Çalışmada incir örneklerinden kontaminant DNA izolasyonu, saflaştırılan DNA nın kontrolü ve pcr ile ribozomal rna geninin çoğaltılması adımları izlenmiştir. Bulgular: Metagenomik analizi sonucunda, tüm örneklerde toplamda 61 şube, 134 sınıf, 315 takım, 500 aile ve 1508 cins belirlenmiştir. . Örneklerin Hiyerarşik Kümeleme sonrası dağılımları değerlendirildiğinde makul sayıda birey örneklendiği görülmüştür. Toksonomik dağılımlar değerlendirildiğinde en yüksek, şubelerin dağılımlarında Proteobacteria (%64.6±17.6), sınıfların dağılımlarında Gammaproteobacteria (%46.4 ± 17.5), takımların dağılımlarında Burkholderiales (%20.3 ± 19.2), ailelerin dağılımlarında Burkholderiaceae (%9.1 ± 8.6) ve cinslerin dağılımlarında Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia (%4.6 ± 4.3) olarak belirlenmiştir. Sonuç: Tüm numunelerde yapılan analizler sonucunda en yüksek oranda görülen Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia, Serratia, Escherichia-Shigella, Pseudomonas, uncultured, Streptococcus, Alcaligenes, Candidatus Symbiobacter, Franconibacter, Enterobacter, Lachnospiraceae UCG-008, Thioalkalispira-Sulfurivermis, Acinetobacter, Staphylococcus, Aeromonas, Massilia, Corynebacterium, Enterobacillus, Bacillus ve Klebsiella olmak üzere 20 cins belirlenmiştir.