1. Earsiv@Adu
  2. Tez
  3. Doktora
Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11607/5082
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorKILIÇ EREN, Mehtap-
dc.contributor.authorKarlıtepe, Ayfer-
dc.date.accessioned2023-09-14T10:13:59Z-
dc.date.available2023-09-14T10:13:59Z-
dc.date.issued2023-09-14-
dc.date.submitted2023-07-26-
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11607/5082-
dc.description.abstractAmaç: Bu tezin amacı, kemoterapi ajanı etoposid ile indüklenen genotoksik stres aracılı otofajiye bağlı oluşan otofajik sekretomun karakterize edilmesi ve bu sekretom içeriğinin MCF-7 meme kanseri hücrelerine yönelik NK aracılı immün cevabı etkileyip etkilemediğinin araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada MCF-7, kontrol-NK92 ve DNAM1-NK92 hücre dizileri kullanılmıştır. Etoposid aracılı otofaji indüksiyonu, LC3I/II ve p62 western blot ve immünfluoresan analizleriyle ölçülmüştür. Hücrelerde apoptoz oranı Annexin V/7AAD analizi ile ölçülmüştür. Otofajik sekretom karakterizasyonu LC/MS-MS ve sitokin array analizleri ile yapılmıştır. Sitokinlerin validasyonu da ELISA analizi ile yapılmıştır. Kontrol-NK92 ve DNAM1-NK92 hücrelerinin MCF-7 hücrelerini hedefleme kapasitesi degranülasyon analizi ile belirlenmiştir. Bulgular: 24 saat süre ile 150 μM Etoposid ile MCF-7 hücrelerinde otofajinin indüklendiği LC3I/II ve p62 gibi otofaji belirteçleri ile gösterilmiştir ve kemoterapi indüklü otofajinin apoptoza neden olmadığı tespit edilmiştir. LC/MS-MS sonuçları ile kemoterapi indüklü otofaji sırasında metabolik enzimlerin, tümör antijenlerinin, şaperonlar ve metastazla ilişkili proteinlerin salgılandığı tespit edilmiştir. Ayrıca, sitokin array analizi ile de sekretom içerisinde 41 farklı sitokin/kemokin ve büyüme faktörü tespit edilmiştir ve CCL5, TGFβ ve IL10 gibi bazı sitokin, kemokin ve büyüme faktörü için ELISA analizleri ile validasyon yapılmıştır. Son olarak, kontrol NK-92 ve DNAM1-NK92 hücrelerinin otofajik sekretomlarla muamele edilmesinin ardından, MCF-7 hücrelerini hedefleme kapasitesinde gruplar arasında farklılıklar olduğu görülmüştür. Sonuç: Tez kapsamında ilk kez kemoterapi ile indülenen otofajik sekretomun içeriği tümüye karakterize edilmiştir. İn vitro şartlarda, kemoterapiye bağlı otofaji indüksiyonunun NK hücre efektör fonksiyonlarını uyarıp uyarmadığını ve antikanser aktivitesine katkıda bulunan ilaç xiv kaynaklı stres türlerini nasıl algıladığını ve bunlara nasıl tepki verdiğini belirlemede önemli veriler elde edilmiştir.tr_TR
dc.description.sponsorshipAydın Adnan Menderes Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri birimi TPF-21017tr_TR
dc.description.tableofcontentsSİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ vii ŞEKİLLER DİZİNİ viii TABLOLAR DİZİNİ xii ÖZET xiii ABSTRACT xv 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 3 2.1. Otofaji 3 2.1.1. Otofajinin Sınıflandırılması 4 2.1.1.1. Makrotofaji 4 2.1.1.2. Mikrotofaji 5 2.1.1.3. Şaperon Aracılı Otofaji (CMA) 5 2.1.2. Otofajinin Moleküler Mekanizması 6 2.1.2.1. İnisiyasyon 6 2.1.2.2. Nükleasyon 7 2.1.2.3. Fagofor Uzaması 8 2.1.2.4. Otofagozomun Lizozom ile Birleşmesi 9 2.2. Genotoksik Stres İndüklü Otofaji 10 2.3. Otofaji Kanser İlişkisi 12 2.3.1. Tümorogenezin Baskılanmasında Otofajinin Rolü 13 2.3.2. Tümorogenezin Gelişiminde Otofajinin Rolü 14 2.3.3. Kanserde Otofajinin Hedeflenmesi 16 2.4. Otofajik Sekretom 17 2.5. Otofaji ve İmmün sistem İlişkisi 19 2.6. Doğal Öldürücü Hücreler (Natural Killer: NK) 22 2.6.1. NK Hücre Biyolojisi 22 2.6.2. NK Hücre Aktivatör ve İnhibitör Reseptörleri 23 NK hücre aktivatör, inhibitör ve ko-reseptörleri 24 2.6.3. NK Hücre Aracılı Hücresel Sitotoksisite 24 2.6.4. NK Hücrelerinde Efektör İmmün Yanıt 26 2.6.5. NK Hücre Kaynakları 27 2.6.6. NK Hücrelerinde Genetik Modifikasyon ve Kanser İmmünoterapisinde Kullanımı 28 2.7. Otofajinin Doğal Öldürücü Hücreler (NK) Üzerindeki Etkisi 30 2.8. Çalışmanın Amacı 33 3. GEREÇ VE YÖNTEM 35 3.1. Gereç 35 3.1.1. Çalışmada Kullanılan Hücre Dizileri 35 3.1.2. Çalışmada Kullanılan Besiyeri ve Kimyasallar 35 3.1.3. Çalışmada Kullanılan Antikorlar 36 3.1.5. Kullanılan Kitler 37 3.1.6. Kullanılan Cihazlar ve Aletler 37 3.2. Yöntem 38 3.2.1. Hücre Kültürü Çalışmaları 38 3.2.2. Hücrelerin Pasajlanması 39 3.2.3. Hücrelerin Dondurulup Saklanması 39 3.2.4. Hücrelerin Çözdürülüp Kullanılması 39 3.2.5. Hücrelerin Sayım Yöntemi 40 3.2.6. MCF-7 Hücre Hattında Otofaji İndüksiyonu ve İnhibisyonu 40 3.2.6.1. MCF-7 Hücrelerinde Genotoksik Stres İndüksiyonu ve Modülasyonu Sonrası Otofaji Belirteçlerinin Western Blot Analizi ile Belirlenmesi 41 3.2.6.1.1. Protein İzolasyonu 41 3.2.6.1.2. Protein Miktar Tayini 42 3.2.6.1.3. Western Blot analizi 42 3.2.6.2. Annexin V/7AAD apoptozis testi 46 3.2.6.3. İmmünfluoresan Boyama ve Konfokal Mikroskopi 46 3.2.6.4. DCFDA ROS Analizi 47 3.2.7.1. Koşullandırılmış Ortam (Conditioned medium: CM) toplanması 47 3.2.7.2. LC-MS/MS Analizi 48 3.2.7.2.1. Protein Özütlerinin Hazırlanması 48 3.2.7.2.2. Proteinlerin Çözelti İçi Kesimi 48 3.2.7.2.3. Nano-sıvı Kromatografisi Kütle Spektrometrisi (nLC-MS/MS) Analizi 49 3.2.7.2.4. nLC-MS/MS Veri Analizi 50 3.2.7.2.5. Biyoinformatik Analizler 50 3.2.7.2.6. LC-MS/MS Sonuçlarının Analizi 51 3.2.7.3. Sitokin Array Analizi 51 3.2.7.4. ELISA Analizleri 51 3.2.8. Kemoterapi İndüklü Otofajinin, NK Hücrelerinin Anti-tümör İmmün Cevabına Etkisi 52 3.2.8.1. NK-92’nin Tümör Hücrelerini Hedefleme Kapasitesinin Belirlenmesi 52 3.2.8.1.1. Degranülasyon Analizi (Degranulation assay) 52 3.2.8.1.2. DNAM1 Ekspresyonunun Flow Sitometri ile Analizi 54 3.2.9. Grafiklerin Hazırlanışı ve İstatistiksel Analizlerin Belirlenmesi 55 4. BULGULAR 56 4.1. Genotoksik Stres Aracılı Otofaji İndüksiyonu ve Modülasyonu 56 4.1.1. MCF-7 Hücrelerinde Genotoksik Stres İndüksiyonu Sonrası Otofaji Belirteçlerindeki (LC3I/II ve p62) Değişim 56 4.1.2. MCF-7 Hücrelerinde Genotoksik Stres İndüklü Otofajide LC3 Punkta Oluşumunun Belirlenmesi 57 4.1.3. MCF-7 Hücrelerinde Genotoksik Strese Bağlı Hücre Ölümünün Belirlenmesi 58 4.1.4. MCF-7 Hücrelerinde Genotoksik Stres İndüklü Otofajinin Reaktif Oksijen Türleri (ROS) Düzeyine Etkileri 59 4.2. Genotoksik Stres Aracılı Otofaji İndüksiyonu ve Inhibisyonu Sonrası Otofajik Sekrotom Karakterizasyonu 61 4.2.1. %1 FBS Ortamının Hücre Ölümüne Etkileri 62 4.2.2. MCF-7 Hücrelerinde Genotoksik Stres İndüklü Otofajik Sekretom İçeriğinin LC-MS/MS ile Belirlenmesi 63 4.2.2.1. LC-MS/MS Verilerinin Biyoinformatik Analiz Sonuçları 66 4.2.3. Genotoksik Stes İndüklü Otofajik Sekretomda Sitokin/Kemokin ve Büyüme Faktörlerinin Belirlenmesi 71 4.2.3.1. Otofajik Sekretomda Öne Çıkan Sitokin/Kemokin ve Büyüme Faktörlerinin ELISA ile Validasyonu 80 4.3. MCF-7 Hücrelerinde Genotoksik Stres Aracılı Otofaji ve Otofajik Sekretomun NK Hücrelerinin Anti-tümör İmmün Cevabına Etkileri 81 4.3.1. MCF-7 Hücrelerinde Genotoksik Stres’in CD155 Ligandına Etkisi 81 4.3.2. Otofajik Sekretomla Muamele Edilen DNAM1-NK92 ve Kontrol-NK92 Hücrelerinin MCF-7 Hücrelerini Hedefleme Kapasitesinin Analizi 82 4.3.3. Otofajik Sekretomla Muamele Edilen DNAM1-NK92 ve Kontrol-NK92 Hücrelerinde DNAM1 İfadesinin Flow Sitometri ile Analizi 91 TARTIŞMA 93 5.1. MCF-7 Hücrelerinde Kemoterapi Aracılı Otofaji İndüksiyonu 94 5.2. MCF-7 Hücrelerinde Kemoterapi İndüklü Otofajik Sekretom 95 5.3. Kemoterapi İndüklü Otofaji ve Otofajik Sekretomun DNAM1-NK92 Hücreleri Üzerindeki Etkisi 99 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 103 KAYNAKLAR 105 BİLİMSEL ETİK BEYANI 120 ÖZ GEÇMİŞ 121tr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesstr_TR
dc.subjectGenotoksik stres, Otofaji, Otofajik sekretom, NK92 hücreleritr_TR
dc.titleGenotoksik Stres İndüklü Otofaji İlişkili Sekretom’un Doğal Öldürücü Hücre Aracılı Antitümör İmmün Yanıt Üzerine Etkisinin Araştırılmasıtr_TR
dc.typedoctoralThesistr_TR
dc.contributor.departmentAydın Adnan Menderes Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Biyolojitr_TR
Appears in Collections:Doktora

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
AYFER KARLITEPE TEZ.pdf4.9 MBAdobe PDFView/Open
Show simple item record


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.