1. Earsiv@Adu
  2. Tez
  3. Yüksek Lisans
Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11607/4729
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorKılıç Eren, Mehtap
dc.contributor.authorKaygusuz, Nazlıcan
dc.date.accessioned2022-08-10T07:43:17Z
dc.date.available2022-08-10T07:43:17Z
dc.date.issued2022
dc.date.submitted2022
dc.identifier.citationKaygusuz, N. (2022). Onkogenik Wip1 Fosfatazın Metabolik Stres İndüklü Otofaji Aktivasyonunda Rolünün Araştırılması. (Yayımlanmamış Yüksek Lisans Tezi). Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü: Aydın.tr_TR
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11607/4729
dc.description.abstractAmaç: Bu çalışmada Wip1’i aşırı ifade eden nöroblastom (SH-SY5Y) ve meme kanseri (MCF7) hücreleri kullanılarak hipoksi ve açlık ile metabolik stres aracılı otofajide Wip1 ‘in rolü araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: MCF-7 ve SH-SY5Y hücre hatlarına Western Blot, MTT analizi, Annexin V/7AAD analizi, immün çöktürme ve immün floresan teknikleri uygulanmış olup elde edilen verilerin istatistiki analizi ‘one-way ANOVA’ ile yapılmıştır. Bulgular: Yapılan Western blot ve immün floresan yöntemi ile belirlenen konsantrasyonların otofaji indüksiyonunu sağladığı saptandı. MCF-7 ve SH-SY5Y hücre hatlarında otofaji indüksiyonu için belirlenen konsantrasyonların MTT ve Annexin V/7AAD analizi aracılığıyla hücre ölümünü tetiklemediği gösterilmiştir. Wip1-ULK1 ilişkisi ise immünçöktürme ve western blot teknikleri aracılığıyla gösterilmiştir. Sonuç: Yapılan deneyler sonucunda Wip1 fosfatazın otofaji başlangıç kompleksinde görevli temel bir protein olan ULK regülasyonunda etkili bir fosfataz olduğu açığa çıkarılmıştır. Yapılan Western blot ve immün çöktürme yöntemleri ile elde edilen veriler, Wip1 fosfatazın ULK defosforilasyonunda rol aldığına işaret etmektedir.tr_TR
dc.description.abstractObjective: In this study, hypoxia and starvation-related stress-mediated autophagy from Wip was investigated for Wip1 overexpressing neuroblastoma (SH-SY5Y) and breast cancer (MCF7). Materials and Methods: Western blot, MTT analysis, Annexin V/7AAD analysis, immunoprecipitation and immune fluorescence techniques were applied to MCF-7 and SHSY5Y cell lines, and the statistical analysis of the obtained data was made by 'one-way ANOVA'. Results: It was determined that the concentrations determined by Western blot and immunofluorescence method provided autophagy induction. It was shown that the concentrations determined for autophagy induction in MCF-7 and SH-SY5Y cell lines did not trigger cell death by MTT and Annexin V/7AAD analysis. Wip1-ULK1 association was demonstrated by immunoprecipitation and western blot techniques. Conclusion: As a result of the experiments, it was revealed that Wip1 phosphatase is an effective phosphatase in the regulation of ULK, an essential protein involved in the autophagy initiation complex. The data obtained by Western blot and immunoprecipitation methods indicate that Wip1 phosphatase plays a role in ULK dephosphorylation.tr_TR
dc.description.tableofcontentsİÇİNDEKİLER KABUL VE ONAY SAYFASI................................................................................................. i TEŞEKKÜR............................................................................................................................ ii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ.......................................................................... vii ŞEKİLLER DİZİNİ................................................................................................................ ix TABLOLAR DİZİNİ............................................................................................................. xii ÖZET.................................................................................................................................... xiii ABSTRACT......................................................................................................................... xiv 1. GİRİŞ................................................................................................................................... 1 2. GENEL BİLGİLER............................................................................................................. 2 2.1. Otofaji …………………………………………………………………………………...2 2.1.1. Otofajinin Sınıflandırılması …………………………………………………………...2 2.1.1.1. Makrotofaji…………………………………………………………………………..3 2.1.1.2. Mikrotofaji …………………………………………………………………………..3 2.1.1.3. Şaperon aracılı otofaji ( CMA) ……………………………………………………...4 2.1.2. Otofajinin Moleküler Mekanizması …………………………………………………...5 2.1.2.1. İzolasyon Membranının Oluşmaya Başlaması ………………………………………5 2.1.2.2. Nükleasyon……………………………………………………………………..…….6 2.1.2.3. Fagofor Uzaması……………………………………………………………..……... 9 2.1.2.4.Otofagozomun Lizozom İle Birleşmesi……………………………………………... 10 2.2. Otofaji Regülasyonunu Etkileyen Metabolik Stres Tipleri………………………….......10 2.2.1. Hipoksi İndüklü Otofaji……………………………………………………………….10 2.3. Otofaji ve İnsan Patolojileri ……………………………………………………………12 2.3.1. Otofaji ve Kanser İlişkisi............................................................................................. 13 iv 2.3.1.1. Tümorogenezin Baskılanmasında Otofajinin Rolü .................................................. 14 2.3.1.2. Tümorogenezin İndüklenmesinde Otofajinin Rolü.................................................. 14 2.3.1.3. Kanserde Otofajinin Hedeflenmesi .......................................................................... 16 2.4. Wip1 Fosfataz................................................................................................................. 17 2.5. Çalışmanın Yapılmasının Amacı .................................................................................... 19 3. GEREÇ VE YÖNTEM...................................................................................................... 20 3.1.Gereç………………………………………………………………………………….....20 3.1.1 Çalışmada Kullanılan Hücre Dizisi.............................................................................. 20 3.1.2. Çalışmada Kullanılan Besiyeri ve Kimyasallar .......................................................... 20 3.1.3. Çalışmada Kullanılan Antikorlar................................................................................. 21 3.1.4. Çalışmada Kullanılan Malzemeler.............................................................................. 22 3.1.5. Kullanılan Kitler ve Problar........................................................................................ 22 3.1.6. Kullanılan Cihazlar ve Aletler..................................................................................... 23 3.2. Yöntem ........................................................................................................................... 24 3.2.1. Hücre Kültürü Çalışmaları .......................................................................................... 24 3.2.2. Hücrelerin Pasajlanması.............................................................................................. 24 3.2.3. Hücrelerin Dondurulup Saklanma İşlemi Dondurma Besiyeri İçeriği........................ 25 3.2.4. Hücrelerin Çözdürülüp Kullanılması .......................................................................... 25 3.2.5. Hücrelerin Sayım Yöntemi.......................................................................................... 26 3.2.6. İlaç Stoklarının Hazırlanması...................................................................................... 26 3.2.7. Hücrelerin İnkübasyon Koşullarının Hazırlanması..................................................... 27 3.2.8. Hücre Kültürü Çalışmalarının ve Sonrasında Yapılacak Olan Analizlerin Hazırlanışı27 3.2.8.1. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücre Hatlarında Otofaji İndüksiyonun Hazırlanışı ............ 28 3.2.8.2. MCF-7 ve SH-SY5Y hücre hatlarında MTT Analizi............................................... 30 3.2.8.3. Annexin V apoptozis testi ........................................................................................ 31 3.2.8.4. Western Blot analizi için yapılan çalışmalar............................................................ 32 v 3.2.8.4.1. Protein izolasyonu ................................................................................................. 32 3.2.8.4.2. Protein miktar tayini.............................................................................................. 33 3.2.8.4.3. Western Blot analizi.............................................................................................. 33 3.2.8.5. İmmün Çöktürme Tekniği İle İlgili Yapılan Çalışmalar.......................................... 37 3.2.8.5.1. Beat- Antikor Etkileşiminin Sağlanması............................................................... 37 3.2.8.5.2. Beat- Antikor Karışımının Proteinlerle Etkileşiminin Sağlanması....................... 37 3.2.8.5.3. Western Blot Tekniği İle Etkileşimin Gözlemlenmesi ......................................... 38 3.2.8.6. İmmünfloresan Boyama İle İlgili Çalışmalar........................................................... 38 3.2.8.7. Kolonojenik Assay İle İlgili Yapılan Çalışmalar..................................................... 39 3.2.8.8. Grafiklerin Hazırlanışı ve İstatistiksel Analizlerin Belirlenmesi ............................. 39 4. BULGULAR..................................................................................................................... 40 4.1. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Otofaji İndüksiyonu………………………………40 4.1.1 MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Besin Yoksunluğu ile Otofaji İndüksiyonu…..….40 4.1.1.1. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücre Hatlarında Besin Yoksunluğu İle Otofaji İndüksiyonunda LC3 Punkta Oluşumu Formasyonu....................................................................................... 42 4.1.1.2. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücre Hatlarında Besin Yoksunluğu İle Otofajinin Hücre Canlılığına Olan Etkileri ....................................................................................................... 45 4.1.1.3. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücre Hatlarında Besin Yoksunluğu İle Otofajinin Hücre Ölümüne Etkileri................................................................................................................... 46 4.1.2. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücre Hatlarında Hipoksi ile Otofaji İndüksiyonu………..….50 4.1.2.1. MCF-7 Ve SH-SY5Y Hücre Hatlarında Hipoksi İle Otofaji İndüksiyonun LC3 Nokta Ya Da Punkta Oluşumu......................................................................................................... 51 4.1.2.2. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Hipoksi İndüklü Otofajinin Hücre Canlılığına Olan Etkileri................................................................................................................................... 54 4.1.2.3. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Hipoksi İndüklü Otofajinin Hücre Ölümüne Etkileri ............................................................................................................................................... 55 4.2. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Wip1 İnhibisyonunun Metabolik Stres İle Otofaji Aktivasyonuna Etkileri.......................................................................................................... 58 vi 4.2.1. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Wip1 İnhibisyonunun Açlık İle Otofaji Aktivasyonuna Etkisi ............................................................................................................ 58 4.2.1.1. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Otofaji aktivasyonunda ULK1-WIP1 Etkileşimi .............................................................................................................................................. .62 4.2.2.MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Wip1 İnhibisyonunun Hipoksi İle İndüklenen Otofaji Aktivasyonuna Etkisi ............................................................................................................ 64 4.2.2.1 MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Hipoksi Koşullarında ULK1-WIP1 Etkileşiminin İmmünçöktürme Yöntemi ile Gösterilmesi........................................................................... 68 4.3. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Otofaji İnhibisyonunun Koloni Oluşumuna Etkileri70 4.3.1. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Açlıkla İndüklenen Otofaji İnhibisyonunun Koloni Oluşumuna Etkileri ............................................................................................................... 70 4.3.2. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Hipoksi ile indüklenen Otofaji İnhibisyonunun Koloni Oluşumuna Etkileri ................................................................................................... 72 5. TARTIŞMA ...................................................................................................................... 75 5.1. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Metabolik Stres İndüklü Otofaji............................ 78 5.2. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Wip1 İnhibisyonunun Metabolik Stres İle İndüklenenen Otofaji Aktivasyonuna Etkileri.............................................................................................. 80 5.3. MCF-7 ve SH-SY5Y Hücrelerinde Wip1 İnhibisyonunun Metabolik Stres Koşullarında Koloni Oluşumuna Etkileri. .................................................................................................. 81 6. SONUÇLAR VE ÖNERİLER ........................................................................................ ..83 KAYNAKLAR...................................................................................................................... 85 BİLİMSEL ETİK BEYANI…………………………….…………………………………...97 ÖZ GEÇMİŞ ......................................................................................................................... 98tr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.publisherAydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccesstr_TR
dc.subjectHipoksi, MCF7, Metabolik Stres İndüklü Otofaji, SH-SY5Y, Wip1 fosfataztr_TR
dc.subjectHypoxia, MCF7, Metabolic-Stress Induced Autophagy, SH-SY5Y, Wip1 phosphatasetr_TR
dc.titleOnkogenik Wip1 Fosfatazın Metabolik Stres İndüklü Otofaji Aktivasyonunda Rolünün Araştırılmasıtr_TR
dc.title.alternativeInvestigation Of The Role Of Oncogenic WIP1 Phosphatase In Metabolic Stress-Induced Autophagytr_TR
dc.typemasterThesistr_TR
dc.contributor.departmentAydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Biyoloji Yüksek Lisans Programıtr_TR
Appears in Collections:Yüksek Lisans

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
NazlıcanKaygusuz.pdfNazlıcan Kaygusuz Yüksek Lisans Tez Dosyası3.24 MBAdobe PDFView/Open
Show simple item record


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.