Liriomyza sativae Blanchard, 1938 (Diptera: Agromyzidae)'nin DNA barkodlaması

Abstract

Amaç: Bu çalışmada Aydın ilinin Koçarlı ve İncirliova ilçelerinden toplanan Agromyzidae familyasına ait Liriomyza sativae'nin erginlerinden DNA dizisi elde edilerek barkodlamasının yapılması amaçlanmıştır. Materyal ve Yöntem: Çalışma alanından toplanan galerili yapraklar laboratuvarda kültüre alınarak ergin çıkışı sağlanmıştır. Daha sonra örneklerin tür teşhisi yapıldıktan sonra laboratuvarda DNA izolasyonu yapılmıştır. Örneklerin COI gen bölgesinin çoğaltılması için HCO ve LCO evrensel primerleri kullanılmıştır. Çoğaltılan bölgenin DNA dizilimi elde edildikten sonra filogenetik analiz Mega 10 programı vasıtasıyla yapılmıştır. Sonuç: Çalışmanın sonucunda toplamda 612 bç COI bölgesi elde edilmiştir. Çalışmadaki her bir örneğe ait COI DNA dizileri ayrı ayrı NCBI Blast'a girilerek veri tabanına kayıtlı Liriomyza spp. ile benzerlik oranları karşılaştırılmıştır. İnceleme sonucu türlerin L. sativae ve L. trifolii olduğu saptanmıştır. Tarama sonuçları incelendiğinde; L. sativae'de %99-100 arasında sonuç verdiği, L. trifolii'de ise %97-99 arasında sonuç verdiği gözlemlenmiştir. Her bir örnek için NCBI kod numarası alınarak yükleme işlemi gerçekleştirilmiştir. Diziler Mega10 programına aktarılarak filogenetik ilişkileri belirlenmiştir.

Objective: In this study, it was aimed to obtain the DNA sequence from the adults of Liriomyza sativae belonging to the Agromyzidae family collected from Koçarlı and Incirliova districts of Aydın province and to barcode them. Material and Methods: The leaves with galleries collected from the field were brought culture in the laboratory and the adult emergence was achieved. Then, after the species identification of the samples was made, DNA isolation was made in the laboratory. Universal primers HCO and LCO were used for amplification of the COI gene region of the samples. After obtaining the DNA sequence of the replicated region, phylogenetic analysis was performed by the Mega 10 program. Results: As a result of the study, a total of 612 bp COI regions were obtained. The COI DNA sequences of each sample in the study were entered into the NCBI Blast separately and the similarity rates were compared with the Liriomyza spp. registered in the database. As a result of the examination, it was determined that the species were L. sativae and L. trifolii. When the scan results are examined; It was observed that it gave results between 99-100% in L. sativae, and between 97-99% in L. trifolii. The loading process was performed by taking the NCBI GenBank code number for each sample. The sequences were transferred to the Mega10 program and their phylogenetic relationships were determined.