Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11607/4618Full metadata record
| DC Field | Value | Language |
|---|---|---|
| dc.contributor.advisor | Ergin, Kemal | - |
| dc.contributor.author | Çetinkaya, Rahmi | - |
| dc.date.accessioned | 2022-02-04T06:38:46Z | - |
| dc.date.available | 2022-02-04T06:38:46Z | - |
| dc.date.issued | 2022-02-04 | - |
| dc.date.submitted | 2022-01-04 | - |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11607/4618 | - |
| dc.description.abstract | Amaç: Bu çalışmada endoplazmik retikulum stres faktörü olan IRE1α’nın pankreas kanseri üzerindeki etkilerinin belirlenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Araştırma, pankreas kanseri hücre hattı Panc-1 ile in vitro olarak yapıldı. Hücre hattı, hücre kültürü yöntemleri ile çoğaltıldı ve deney ilaçları olan gemsitabin, STF-083010 ve thapsigargin ile muamele edildi. IRE1α inhibitörü olan STF-083010’un pankreas kanseri hücrelerinde sitotoksisite, apoptoz, hücre döngüsü, kaspaz 3/ 7 ve invazyon üzerindeki etkileri test edildi. Ayrıca hücre ölümü ve endoplazmik retikulum stresinin protein düzeyindeki etkilerine western blot deneyi ile bakıldı. Verilerin analizinde One Way Anova testi ve ikili karşılaştırma için ise Bonferroni testi kullanıldı. Bulgular: STF-083010 için IC50 oranı 160 µM, Gemsitabin için 4 mg/ ml olarak bulundu. Ayrıca düşük doz kemoterapi ile STF-083010 tedavisinin sinerjistik etki gösterdiğini bulduk. Kontrol grubunda %6,25 total apoptoz ve %5,42 nekroz saptanırken, gemsitabin grubunda %36,67 total apoptoz ve %3,1 nekroz, STF-083010 grubunda %34,97 total apoptoz ve %0,97 nekroz, Gemsitabin + STF-083010’de ise %43,52 total apoptoz ve %3,5 nekroz saptandı. Bu sonuçlar istatistiksel olarak da anlamlıydı. Kaspaz 3/7 oranı ise kontrol grubunda %9,68 iken Gemsitabin grubunda %27,7, STF-083010 grubunda %26,12, Gemsitabin + STF-083010 %49,84 olarak bulundu. Western blot sonuçlarında ise pro-apoptotik Bak proteininde, kontrol ve gemsitabin grubuna kıyasla STF-083010 grubunda artış gözlendi. Ayrıca anjiyogenez belirteci VEGFR2’de kontrol ve gemsitabin grubuna kıyasla STF-083010 grubunda önemli bir azalış gözlendi. STF-083010’un anti-proliferatif etkisi aynı zamanda klonojenik deneyde de gözlendi. İnvazyon deneyinde, kontrol grubuna kıyasla STF-083010 ve gemsitabin + STF-083010 grubunda metastatik hücre miktarında azalış gözlendi. Sonuç: Bu çalışmada pankreas kanseri hücrelerinin ER stresi altında olduğu ve IRE1 inhibitörü STF-083010’un bu stresin hayatta kalma yanlısı yolağını inhibe ederek hücrelerin apoptoza girmesini sağladığı sonucuna ulaşıldı. Ayrıca tümör anjiyogenezinin (VEFGR2 bağlamında) pankreas kanseri hücrelerinde aktif olduğu, STF-083010 kullanımının VEGFR2 ekspresyonunda azalışa yol açarak anjiyogenezi inhibe edebileceği sonucuna varıldı. | tr_TR |
| dc.description.abstract | Objective: In this study, it was aimed to determine the effects of IRE1α, an endoplasmic reticulum stress factor, on pancreatic cancer. Materials and Methods: The study was performed in vitro with the pancreatic cancer cell line Panc-1. The cell line was propagated by cell culture methods and treated with the experimental drugs gemcitabine, STF-083010 and thapsigargin. The effects of STF-083010, an IRE1α inhibitor, on cytotoxicity, apoptosis, cell cycle, caspase 3/7 and invasion in pancreatic cancer cells were tested. In addition, the effects of cell death and endoplasmic reticulum stress at the protein level were examined by western blot test. One Way Anova test was used for data analysis and Bonferroni test was used for pairwise comparison. Results: The IC50 ratio was 160 µM for STF-083010 and 4 mg/ ml for Gemcitabine. We also found that low-dose chemotherapy and STF-083010 treatment showed a synergistic effect. While %6.25 total apoptosis and %5.42 necrosis were detected in the NT group, %36.67 total apoptosis and %3.1 necrosis in the gemcitabine group, %34.97 total apoptosis and %0.97 necrosis in the STF-083010 group, %43.52 total apoptosis and %3.5 necrosis were detected in Gemcitabine + STF-083010. These results were also statistically significant. Caspase 3/7 ratio was %9.68 in the NT group, %27.7 in the Gemcitabine group, %26.12 in the STF-083010 group, and %49.84 in Gemcitabine + STF-083010. Western blot results showed an increase in pro-apoptotic Bak protein in the STF-083010 group compared to the control and gemcitabine groups. In addition, a significant decrease in the angiogenesis marker VEGFR2 was observed in the STF-083010 group compared to the control and gemcitabine groups. The antiproliferative effect of STF-083010 was also observed in the clonogenic assay. In the invasion experiment, a decrease in the amount of metastatic cells was observed in the STF-083010 and gemcitabine + STF-083010 groups compared to the control group. xviii Conclusion: In this study, it was concluded that pancreatic cancer cells are under ER stress and the IRE1 inhibitor STF-083010 inhibits the pro-survival pathway of this stress, causing cells to enter apoptosis. In addition, it was concluded that tumor angiogenesis (in the context of VEFGR2) is active in pancreatic cancer cells, and the use of STF-083010 may inhibit angiogenesis by causing a decrease in VEGFR2 expression | tr_TR |
| dc.description.sponsorship | ADÜ BAP, TPF-19002 | tr_TR |
| dc.description.tableofcontents | KABUL VE ONAY i TEŞEKKÜR ii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ vii ŞEKİLLER DİZİNİ ix RESİMLER DİZİNİ xii TABLOLAR DİZİNİ xiv ÖZET xv ABSTRACT xvii 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 4 2.1 Pankreas 4 2.1.1. Pankreas’ın Yapısı ve Morfolojisi 6 2.1.2. Pankreas Anatomisi 8 2.2. Pankreas Kanseri 9 2.2.1. Pankreas Kanseri Epidemiyolojisi 10 2.2.2. Pankreas Kanseri Risk Faktörleri 12 2.2.3. Pankreas Kanseri Karsinogenezi ve Patogenezi 13 2.2.4. Pankreas Kanserinin Sınıflandırılması 17 2.2.4.1. Pankreas Kanserinin TNM Sınıflandırması 17 2.2.4.2. Pankreas Tümörlerinin Patolojik Olarak Sınıflandırılması 18 2.2.5. Pankreas Kanseri Tanısı 19 2.2.6. Pankreas Kanseri Tedavisi 21 2.2.6.1. Pankreas Kanseri Cerrahisi 22 2.2.6.2. Pankreas Kanserinde Küçük Molekül Temelli Tedaviler 23 2.3. Endoplazmik Retikulum 24 2.3.1. Endoplazmik Retikulum Stresi 25 2.3.1.1 UPR (Katlanmamış Protein Cevabı) 26 2.3.2. Kanserde Endoplazmik Retikulum Stresi ve Katlanmamış Protein Cevabı 29 2.3.3 UPR ve Apoptoz 33 2.3.4. UPR ve Metastaz 35 2.3.4. UPR ve Anjiyogenez 35 2.4. Pankreas Kanserinde Endoplazmik Retikulum Stresi ve UPR 37 2.4.1. Pankreas Kanserinde İlaç Direnci ve UPR 38 3. GEREÇ VE YÖNTEM 40 3.1. Gereç 40 3.1.1. Cihazlar 40 3.1.2. Kullanılan Kimyasal Maddeler ve Kitler 40 3.2. Yöntem 41 3.2.1. Hücre Kültürü 41 3.2.1.1. Pasajlama 41 3.2.1.2. Hücre Dondurma ve Çözdürme Prosedürü 42 3.2.1.3. Tripan Mavisi İle Boyama 43 3.2.2. MTS/ PMS Canlılık ve Sitotoksisite Deneyi 44 3.2.3. Hücre Sayımı ve Canlılık Deneyi 44 3.2.4. Kombinasyon İlaç Etkinliğinin Sinerjistik Analizi 45 3.2.5. Klonojenik Deney 47 3.2.6. Matrijel İnvazyon Deneyi 47 3.2.7. Apoptoz Deneyi (Anneksin V) 48 3.2.8. Hücre Döngüsü Deneyi 49 3.2.9. Kaspaz 3/ 7 Deneyi 50 3.2.10. Western Blotlama 51 3.2.10.1. Protein İzolasyonu 51 3.2.10.2. Protein Miktarının Ölçülmesi 52 3.2.10.3 Proteinlerin SDS-Poliakrilamid Jel Elektroforezinde (SDS-PAGE) Yürütülmesi 53 3.2.10.4. Protein Örneklerinin Jele Yükleme İçin Hazırlanması 53 3.2.10.5. Örneklerin Jele Yüklenmesi ve Elektroforez İşlemi 54 3.2.10.6. Blotlama (Protein Örneklerinin PVDF Membrana Aktarılması) 54 3.2.10.7. Membran Bloklama İşlemi 55 3.2.10.8. Membran Üzerindeki Proteinin İmmünolojik Olarak Gösterilmesi 55 3.2.10.9. Membran Görüntüleme İşlemi 56 3.2.10.10 Membranın Tekrar Kullanımı 56 4. BULGULAR 57 4.1. Hücre Kültürü 57 4.2. MTS/ PMS Canlılık Deneyi Bulguları 57 4.3. Hücre Sayımı ve Canlılık Analizi Bulguları 62 4.4. Klonojenik Deney 65 4.5. Sinerjistik Analiz Bulguları 68 4.6. Hücre Döngüsüne Ait Bulgular 73 4.7. Hücre Ölümüne İlişkin Bulgular 77 4.8. Hücrelerin Kaspaz 3/ 7 Aktivitelerine Ait Bulgular 80 4.9. İnvazyon Deneyi 83 4.10. Western Blot ve Protein Ekspresyon Analizleri 87 4.10.1. Protein Konsantrasyon Analizi 87 4.10.2. Western Blot Protein Ekspresyonları 89 5. TARTIŞMA 94 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 99 KAYNAKLAR 100 BİLİMSEL ETİK BEYANI 128 ÖZGEÇMİŞ 129 | tr_TR |
| dc.language.iso | tur | tr_TR |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/restrictedAccess | tr_TR |
| dc.subject | Pankreas Kanseri | tr_TR |
| dc.subject | Endoplazmik Retikulum Stresi | tr_TR |
| dc.subject | Katlanmamış Protein Cevabı | tr_TR |
| dc.subject | Apoptoz | tr_TR |
| dc.subject | İnvazyon | tr_TR |
| dc.title | Endoplazmik retikulum stres faktörü olan ‘IREIα’nın, pankreas kanseri hücrelerinde hücre ölümü üzerindeki etkilerinin araştırılması | tr_TR |
| dc.title.alternative | Investigation of The Effects of IRE1α, The Endoplasmic Reticulum Stress Factor, On Cell Death In Pancreatic Cancer Cells | tr_TR |
| dc.type | masterThesis | tr_TR |
| dc.contributor.department | Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Temel Onkoloji Anabilim Dalı | tr_TR |
| Appears in Collections: | Yüksek Lisans | |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Rahmi Çetinkaya Tez.pdf | Tez dosyası | 6.33 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.