Çine çaparı koyunlarda genetik çeşitliliğin RAPD yöntemi ile belirlenmesi

Abstract

Bu araştırma, soyları tükenme eğiliminde olan yerli gen kaynağı Çine Çaparı koyun ırkında ırk içi çeşitliliğin mevcut durumunun DNA düzeyinde RAPD yöntemi ile ortaya konması yanında mevcut sürüler içi ve sürüler arası genetik benzerlik ve uzaklıkların tanımlanması amacıyla yapılmıştır. Mevcut üç Çine Çaparı sürüsünden seçilen 72 hayvanda (Adnan Menderes Üniversitesi Çine Çaparı Koruma Programı (ADÜ-ÇÇKP) sürüsünden 26, Tatarmemişler köyündeki Erdoğan Aktürk'e ait sürüden (EA) 32 ve Dereköy köyündeki Mustafa Vural'a ait sürüden (MV) 14 hayvan) toplam 24 primer kullanılarak genotipleme yapılmıştır. Hayvanların alınan kan örneklerinden DNA izolasyonu yapılmıştır. Elde edilen DNA'lar RAPD-PCR tekniğiyle 10 baz uzunluğunda RAPD primerleri kullanılarak çoğaltılmıştır. PCR ürünleri agaroz jelde yürütülüp etidyum bromid ile boyandıktan sonra fotoğraflanmıştır. Fotoğraflama sonucunda bantların büyüklükleri hesaplanmış ve jeldeki bantların varlığına göre bant varsa 1 yoksa 0 verilerek matris oluşturulmuştur. Elde edilen verilerin analizi Nei'nin genetik benzerlik ve uzaklık formülleri ile yapılmıştır. Bu analizler sonucunda sürü içi bireyler arası genetik benzerlikler; ADÜ-ÇÇKP sürüsünde 0.4468 ile 0,8511 arasında, EA sürüsünde 0.4894 ile 0.8723 arasında ve MV sürüsünde 0.5745 ile 0.8723 arasında bulunmuştur. Sürü içi bireyler arası genetik uzaklıklar ise, ADÜ-ÇÇKP sürüsünde 0.1613 ile 0,8056, EA sürüsünde 0.1366 ile 0.7147 arasında ve MV sürüsünde 0.1366 ile 0.5543 arasında bulunmuştur. Sürüler arası genetik benzerlikler 0.8439 ile 0.9037 arasında, genetik farklılık ise 0.0902 ile 0.1698 arasında bulunmuştur. Bu sonuçlara göre ADÜ-ÇÇKP sürüsü ile EA sürüsündeki hayvanlar genetik benzerlik bakımından MV sürüsüne oranla birbirlerine daha yakın bulunmuşlardır. Bu sonucun elde edilmesinde ADÜ-ÇÇKP sürüsü ile EA sürüsü arasında Çine Çaparı koç alışverişinin olması büyük önem taşımaktadır. Sürü içi hayvanlar arası ortalama genetik benzerlik MV sürüsünde en yüksek değeri almıştır. Bu bulgu MV sürüsündeki lokusların üçte birinin sabitlenmesi sonucu ile de desteklenmektedir.

The aim of this study was to determine within breed genetic diversity in endangered Çine Çaparı sheep by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers and to obtain genetic similarities and distances among animals within flock and also between flocks. Seventy two animals from 3 flocks (26 animals from ADU-ÇÇKP conservation flock, 32 animals from Erdoğan Aktürk?s flock (EA) in Tatarmemişler village and 14 animals from Mustafa Vural?s flock (MV) from Dereköy village) were genotyped with 24 arbitrary primers. Genetic similarities between and within flocks were investigated. DNA was extracted from blood. DNA amplification was realized by PCR using 10?mer RAPD primers. PCR products was separated on agarose gels and photographed after ethidium bromide staining. Band sizes and profiles were obtained from gel photographs and a data matrix including band profiles were generated. Data were analyzed by using the formula of Nei for genetic similarities and distances. The genetic similarities between individuals within a flock are ranged between 0.4468 and 0.8511 for ADÜ-ÇÇKP conservation flock, 0.4894 and 0.8723 for EA flock, and 0.5745 and 0.8723 for MV flock. Genetic distances were ranged between 0.1613 ile 0.8056 for ADÜ-ÇÇKP flock, 0.1366 and 0.7147 for the EA flock, and 0.1366 and 0.5543 for the MV flock. The similarities between flocks were ranged between 0.8439 and 0.9037 and, genetic distances were ranged between 0.0902 and 0.1698. As a result, the similarity was highest between ADU-ÇÇKP conservation flock and the flock in Tatarmemişler than the flock in Dereköy village. This may be stem from higher animal flow between ADÜ-ÇÇKP conservation flock and flock in Tatarmemişler village. Mean genetic similarity between animals within flock were found highest for MV flock. This finding was also supported by fixation of frequency of nearly one-third of the loci in MV flock.