Ödemiş bölgesinde üretimi yapılan patates yumrularında PVY,PVX,PVS ve PLRV'lerinin RT-PCR yöntemiyle saptanması

Abstract

Patates yetiştiriciliğinde virüsten temiz tohumluk elde etmek için virüsleri tanılayabileceğimiz hızlı ve hassas testlerin kullanılması önemlidir. Patates yumrularındaki viral etmenleri tanılamakta RT-PCR yöntemi kullanılmaktadır. Ancak patates yumruları birden fazla virüsle bulaşık olduğunda tek seferde hızlı bir şekilde bu karışım virüsleri (Patates Y Virüsü = PVY, Patates X Virüsü = PVX, Patates S Virüsü = PVS, Patates Yaprak Kıvrılma Virüsü = PLRV) tanılamak için multiplex RT-PCR yönteminin kullanılabilirliğinin belirlenmesi bu çalışmanın amacını oluşturmuştur. Bu amaçla, İzmir ? Ödemiş bölgesinde en fazla tohumluk üretimi yapılan Agata, Konsul, Granola, Marabel ve Marfona çeşitlerine ait 25'er yumrudan total RNA'lar elde edilmiştir. Total RNA'lardaki PVY, PVX, PVS, PLRV'leri, bu virüslere spesifik primerler kullanılarak RT-PCR ve multiplex RT-PCR yöntemleri ile belirlenmiştir. RT- PCR yöntemi uygulanarak beş patates çeşidinde dört viral etmenin (PVY, PVX, PVS ve PLRV) varlığı bulunmuştur. Ancak hiçbir yumruda dört viral etmen bir arada bulunmamıştır. Bu nedenle iki (PVX+PVS, PVX+PLRV, PVX+PVY, PVS+PLRV, PVS+PVY, PLRV+PVY) ve üç viral etmenin (PVX+PVS+PLRV, PVS+PVS+PVY, PVS+PLRV+PVY ve PVX+PLRV+PVY) bir arada bulunduğu örnekler için multiplex RT-PCR yöntemi uygulanmış ve örneklerde PVY hariç yöntemin kullanılabilir olduğu belirlenmiştir. 2 Bir yumruda üç viral etmenin multiplex RT-PCR ile belirlenmesinde PVY' ne ait herhangi bir sonuç alınamamış olsa da PVY' ne ait primer çiftleri ilk kez bu çalışmada denenmiştir. RT-PCR ve multiplex RT-PCR sonuçları değerlendirildiğinde ise 125 adet yumrudan 75 adedinin dört viral etmenden en az biriyle enfekteli olduğu, buna karşın sadece 50 adet yumrunun sağlıklı olduğu belirlenmiştir. At potato production, for obtaining virus free seed it was important to use fast and sensitive test which defined viruses. RT-PCR method was used to define viral factors at potato tubers. But when the potato tubers infected more than one virus, at first time for obtaining mixture viruses (Potato Y Virus = PVY, Potato X Virus = PVX, Potato S Virus = PVS, Potato Leafroll Virus = PLRV) quickly, usefulness of multiplex RTPCR method formed this study purpose. For this purpose, in İzmir-Ödemiş region, total RNA?s were extracted from 25 tubers belong to Agata, Consul, Granola, Marabel and Marfona kinds which were used mostly for seed. PVY, PVX, PVS, PLRV at total RNA?s were determined using special primers to these viruses with RT-PCR and multiplex RT-PCR methods. With RT-PCR method, four viral factors were found at five potato kinds. But it wasn?t dedected four viral factor together at any tuber. For this reason multiplex RTPCR method used for samples which have two (PVX+PVS, PVX+PLRV, PVX+PVY, PVS+PLRV, PVS+PVY, PLRV+PVY) and three viral factors (PVX+PVS+PLRV, PVS+PVS+PVY, PVS+PLRV+PVY ve PVX+PLRV+PVY) all together and it was determined that this method can use except PVY. To determine of three viral factors at one sample with multiplex RT-PCR, for the first time it was tested specific primer pairs belong to PVY with the other viruses?es primer pairs in this study. But it wasn?t taken conclusion. 2 To utilize the RT- PCR and multiplex RT-PCR results, it was determined that 75 of 125 tubers were infected with at least one of four viral factors. In spite of this 50 tubers were healthy.