Sağlıklı sığırların nazal boşluk bakteriyel florasının moleküler identifikasyonu

Abstract

Bu çalışmada, klinik olarak sağlıklı sığırların nazal mikroflorasını oluşturan aerobik bakterilerin belirlenebilmesi için, alınan nazal sıvap örneklerinden izole edilen etkenlerin, 16S rRNA dizi analizi ile moleküler identifikasyonlarının yapılması amaçlanmıştır. Çalışmada 15 çiftlikteki 56 sığırdan alınan nazal sıvap örnekleri kullanılmıştır. Nazal sıvaplardan klasik konvansiyonel yöntemler kullanılarak bakteri izolasyonu gerçekleştirilmiş, etkenlerin makroskobik ve mikroskobik morfolojileri incelendikten sonra, identifikasyonları üniversal primerler kullanarak 16S rRNA geninin polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmasıyla yapılmıştır. İzolasyonları yapılan 192 mikroorganizmanın sekans analizi ile 143 (%74,5)'ünün Gram pozitif (Aerococcus sp., Arthrobacter sp., Bacillus sp., Brevibacillus sp., Brevibacterium sp., Corynebacterium sp., Enterococcus sp., Exiguobacterium sp., Micrococcus sp., Staphylococcus sp.) ve 49 (%25,5)'unun Gram negatif (Acinetobacter sp., Citrobacter sp., Comamonas sp., Escherichia sp., Gamma sp., Klebsiella sp., Kluyvera sp., Mannheimia sp., Neisseria sp., Pantoea sp., Pasteurella sp., Proteus sp., Pseudomonas sp., Raoultella sp., Salmonella sp. ve Serretia sp.) olduğu tespit edilmiştir. Koagulaz negatif stafilokoklar (%36,5), Bacillus sp. (%15,6), S. aureus (%11,0), M. haemolytica (%6,3), Enterobacteriaceae sp. (%6,8), P. multocida (%5,2), M. luteus (%4,2), Streptococcus sp. (%2,6), Acinetobacter sp. (%2,6), Pseudomonas sp. (%2,1), Corynebacterium sp. (%1,0) en çok identifiye edilen türler olarak belirlenmiştir. Yaptığımız çalışmada mikrobiyal ve moleküler çalışma sonuçları birbirleri ile paraleldir. Bundan sonra yapılacak olan çalışmalarda, yörede solunum sistemi problemi bulunan sığırların da nazal bakteriyel florasının moleküler identifikasyonlarının yapılması, sağlıklı ve sağlıksız florada bulunan mikroorganizmaların karşılaştırılması, her iki florada da en sık izole edilen etkenlerin virulens ve antibiyotik direnç genlerinin karşılaştırılarak incelenmesinin yapılması önerilmektedir.

This study aimed to carry out the moleculer identification of aerobic bacterial nasal flora of clinically healthy calves, collected by nasal swabs, by using 16S rRNA sequence analysis. Nasal swab samples from 56 calves on 15 farms were used in the study, isolation of bacteria was carried out by using classical conventional methods, after examining the macroscopic and microscopic morphology of the factors, their identifications were carried out by using universal primers duplicating polymerase chain reaction of 16S rRNA gene. With the sequence analysis of the isolated 192 micro-organisms, it was determined that 143 (74.5%) were Gram-positive (Aerococcus sp., Arthrobacter sp., Bacillus sp., Brevibacillus sp., Brevibacterium sp., Corynebacterium sp., Enterococcus sp., Exiguobacterium sp., Micrococcus sp., Staphylococcus sp.) and 49 (25.5%) were Gram-negative (Acinetobacter sp., Citrobacter sp., Comamonas sp., Escherichia sp., Gamma sp., Klebsiella sp., Kluyvera sp., Mannheimia sp., Neisseria sp., Pantoea sp., Pasteurella sp., Proteus sp., Pseudomonas sp., Raoultella sp., Salmonella sp. ve Serretia sp.). Coagulase-negative staphylococci (36.5%), Bacillus sp. (15.6%), S. aureus (11.0%), M. haemolytica (6.3%), Enterobacteriaceae sp. (6.8%), P. multocida (5.2%), M. luteus (4.2%), Streptococcus sp. (2.6%), Acinetobacter sp. (2.6%), Pseudomonas sp. (2.1%), Corynebacterium sp. (1.0%) were the most commonly identified species. In our study, results of classical conventional methods microbial and molecular identification techniques were found to be similar. It was suggested that works related with molecular identification of nasal bacterial flora of the calves with respiratory system problems in the field should be conducted and, comparison of microorganisms bacterial species located in healthy and unhealthy flora should be carried out, and virulence and antibiotic resistance genes of the most common agents isolated from both flora should be determined at the future studies.